1869 г. (март-май) – путешествие на берега Красного моря для исследования морской фауны.

1869 г. – возвращение в Россию; работа в Зоологическом музее Академии Наук по определению и исследованию коллекции губок. Разработка проекта экспедиции в Тихий океан. Представление в совет Географического общества «Программы предполагаемых исследований во время путешествий на острова и прибрежья Тихого океана». Одобрение программы, назначение пособия в 1350 руб. в год и исходатайствование разрешения «принять путешественника на корвет «Витязь» для совершения путешествия к берегам Тихого океана».

1869–1870 гг. – поездка в Иену для ликвидации дел.

1870–1871 гг. – путешествие на Новую Гвинею на корвете «Витязь». Маршрут: Кронштадт (8 ноября 1870 г.) – Копенгаген – Плимут – о. Мадейра – о. С. Винсенте – Рио-де-Жанейро – Магелланов пролив – Пунта Аренас – Талькахуано – Вальпараисо – о. Пасхи – Питкайрн – Мангарева – Папеити (о. Таити) – Апия (о-ва Самоа) – о. Ротума – Порт Праслин (Новая Ирландия) – зал. Астролябии (19 сентября 1871 г.).

1871 г. (20 сентября) – 1872 г. (22 декабря) – пребывание на Новой Гвинее, на побережье залива Астролябии (Гарагаси близ дер. Бонгу).

1872–1873 гг. – отъезд на клипере «Изумруд» с берега Маклая. Посещение о-вов Тернате, Тидор, Целебес, Люсон. Во время стоянки клипера в Маниле экскурсия внутрь о. Люсон для изучения негритосов. Поездка через Гонконг и Сингапур – в Батавию (о. Ява).

1873 г. (май-декабрь) – пребывание в Батавии и Бюйтензорге (резиденция генерал-губернатора Голландской Индии).

1873 г. (декабрь) – 1874 г. (июнь) – второе путешествие на Новую Гвинею (берег Папуа-Ковиай). Маршрут: Бюйтензорг – Амбоина – Гессир.

1874 г. (23 февраля) – отправление из Гессира на берег Папуа-Ковиай. Поселение на мысе Айва. Экскурсии вглубь острова, открытие озера Камака-Валлар и папуасов вуоусирау. 28 марта, во время отсутствия Маклая, – разбойничье нападение местных «капитанов», убийства мирных жителей и разграбление имущества Маклая. 23 апреля – арест Маклаем главного виновника нападения «капитана» Мавары. 30 апреля – прибытие на о. Кильвару. 30 июля – возвращение в Батавию. Меморандум генерал-губернатору Нидерландской Индии о разбойничьих нападениях малайцев на туземцев Папуа-Ковиай и о работорговле на этом побережье Новой Гвинеи.

1874 г. (ноябрь) – 1875 г. (февраль) – первое путешествие по п-ову Малакке. Маршрут: Батавия – Сингапур – Иохор-Бару – р. Муар – устье р. Индау – Иохор-Бару.

1875 г. (июнь – октябрь) – второе путешествие по п-ову Малакке. Маршрут: Сингапур – Иохор-Бару – Пахан – Келантан – Патани – Кеда – г. Малакка – Сингапур.

1875 г. (октябрь-ноябрь) – пребывание в Сингапуре. Письма в Россию, постановка вопроса о необходимости взятия папуасов под покровительство России ввиду угрозы аннексии Новой Гвинеи Англией.

1875 г. (ноябрь) – 1876 г. (февраль) – пребывание в Бюйтензорге. Обработка научных материалов, подготовка статей к печати, письма. Подготовка к новой экспедиции на Новую Гвинею.

1876 г. (февраль) – 1877 г. (июнь) – путешествие в западную Микронезию и северную Меланезию и второе посещение берега Маклая (на шхуне «Морская Птица»). Маршрут: Черибон (о. Ява) – Бонтхейм (о. Целебес) – о. Гебе – о. Яп (март 1876 г.) – о-ва Пелау (15–28 апреля 1876 г.) – о-ва Адмиралтейства (май – июнь 1876 г.) – о-ва Агомес – берег Маклая.

1876 г. (27 июня) —1877 г. (10 ноября) —2-е пребывание на берегу Маклая. Изучение быта папуасов береговых деревень и ближних островков. Экскурсии в горные деревни.

1878 г. (январь – июль) – пребывание в Сингапуре. Планы возвращения в Россию. Тяжелая болезнь и денежные затруднения. По выздоровлении и получении денег от Русского географического общества – отъезд по требованию врачей в г. Сидней.

1878–1882 гг. (февраль) – жизнь в Сиднее. Вступление в члены Линнеевского общества и участие в его работе. Поездки в Брисбейн, Мельбурн и вглубь страны. Организация зоологической станции в Сиднее (1881 г.) и поселение там. Подготовка и издание ряда научных статей.

1879 г. (март-ноябрь) – путешествие по о-вам Меланезии (на шхуне «Сэди Ф. Келлер»). Маршрут: Сидней – Нумея (Новая Каледония) – о. Лифу – Новые Гебриды – Бэнксовы о-ва – о-ва Адмиралтейства – о-ва Агомес – Ниниго – Тробриандовы о-ва – Соломоновы о-ва – о. Базилаки. Письмо верховному комиссару Западной Океании сэру Артуру Гордону о работорговле в Океании.

1880 г. (январь-апрель) – путешествие на южный берег Гвинеи. Маршрут: о. Базилаки – о. Тесте – порт Моресби – о-ва Торресова пролива – Соммерсет – Брисбейн.

1881 г. (август) – второе путешествие на южный берег Новой Гвинеи. Маршрут: Сидней – Порт Моресби – Кало – бухта Кеппель – Порт Моресби – Сидней. Маклай предотвратил карательную экспедицию против папуасской деревни.

1882 г. (февраль-ноябрь) – поездка из Сиднея в Россию на русском военном судне. Маршрут: Сингапур – Суэцкий канал – Александрия (задержка в Александрии из-за бомбардировки ее англичанами) – Генуя – Кронштадт. Сентябрь-октябрь – выставка материалов путешествий и лекции Миклухо-Маклая в Географическом об-ве (СПб). Оживленные отклики русской печати. Многочисленные письма от друзей и единомышленников. Письмо от Л. Н. Толстого с высокой оценкой деятельности Маклая. 15 октября – лекция в Москве. Денежная дотация Маклаю (2 200 ф. ст.) на уплату долгов и издание трудов.

1882–1883 гг. – поездка в Берлин (доклад в Берлинском Антропологическом об-ве 16 декабря), в Париж (встреча с Тургеневым, знакомство с Лавровым, получение сведений о ссыльных коммунарах), Лондон.

1883 г. – возвращение в Океанию через Батавию. 3-е посещение берега Маклая (на корвете «Скобелев») (12–23 марта). Возвращение в Сидней (июнь).

1884–1886 гг. (апрель) – жизнь в Сиднее; женитьба на Маргарите Робертсон (февраль 1884 г.). Продолжение научных работ.

1885 г. (9 января) – телеграмма канцлеру Бисмарку с протестом от имени папуасов против захвата Новой Гвинеи Германией.

1886 г. (апрель) – поездка в Россию. Выдвижение проекта организации русской колонии на Новой Гвинее. Аудиенция у Александра III в Ливадии (23 апреля). Одесса, Киев, Петербург (10 июня). Газетная полемика, общественная кампания в пользу организации вольной русской колонии в Океании. Отклонение проекта царским правительством. 7 публичных лекций Маклая (ноябрь-декабрь).

1886 г. (13 декабря) – передача в дар Академии Наук этнографических коллекций, собранных во время путешествий 1870–1885 гг.

1887 г. (март – июль) – поездка за семьей в Австралию. Переезд с женой и двумя сыновьями из Сиднея в Петербург. Болезнь (острая невралгия и ревматизм).

1888 г. 2 (14) апреля – смерть. 5 (17) апреля – похороны на Волковом кладбище.

пред нами, Иоганном-Рудольфом Клейном, нотариусом, проживающим в Батавии, кавалером ордена Нидерландского Льва и св. Сильвестра, в присутствии свидетелей, поименованных ниже и нам известных, предстал г. Николай Миклухо-Маклай, натуралист, русский дворянин, проживающий в С.-Петербурге, в настоящее время проездом в Батавии, нам известный, – каковой, желая сделать завещание, продиктовал нам свои распоряжения, как то следует: —