Неизбежность столкновения с Японией, которую адмирал Макаров предсказал еще в 1895 году, натолкнула его на мысль о возможности использования подводных лодок в системе обороны баз флота на Дальнем Востоке.

Видный специалист в области минно-торпедного оружия контр-адмирал В.К. Витгефт писал: «Вопрос о подводных лодках в настоящее время настолько продвинулся вперед, к кратчайшему его решению, что уже обращает внимание всех флотов. Не давая еще вполне удовлетворительного решения в боевом отношении, подводная лодка, однако, является уже орудием, производящим сильное нравственное влияние на противника, раз он знает, что такое оружие имеет против него. Русский флот в этом вопросе шел впереди других, но, к сожалению, остановился после первых более или менее удачных опытов. Но следом работы остались имеемые лодки Джевецкого. Лодки эти не совершенны, но в известном случае могли бы иметь значение при защите рейдов».

Одну из лодок Джевецкого отремонтировали, испытали погружениями в Купеческой гавани Кронштадта и 27 октября 1900 года погрузили на уходящий в Порт-Артур пароход «Дагмар». Витгефт предлагал везти лодки в Порт-Артур на верхней палубе парохода и считал, что «необходимо, чтобы в портах их было видно, причем пароход, везущий эти лодки, должен непременно зайти в Нагасаки, чтобы лодки там были замечены, но внутреннего осмотра их не должно допускать ни в коем случае».

При доставке подводных лодок в Порт-Артур пароход «Дагмар», действительно, зашел в Японию, где умышленно «засветил» находившуюся на его борту лодку. Японцы приняли это к сведению. А когда в апреле 1904 года у Порт-Артура подорвались на минах два японских броненосца («Ясима» и «Хацусе»), противник был убежден, что корабли стали жертвой русских подлодок, которые они видели на борту «Дагмара». Тем более, что была перехвачена радиограмма контр-адмирала Витгефта, который благодарил подводников «за успешно проведенную операцию».

Кстати, после гибели «Петропавловска» некоторыми историками высказывались предположения, что его атаковали японские подводные лодки, но эти предположения таковыми и остались.

Неудачи, начавшие преследовать русский флот с первого дня войны, заставили Морское министерство изменить отношение к подводным лодкам. Кроме порученной Балтийскому заводу постройки усовершенствованной подводной лодки типа «Касатка» 24 февраля 1904 года последовал заказ еще на четыре такие лодки, а 26 марта – на пятую, в счет средств Комитета по усилению флота на добровольные пожертвования. В тот же день Невскому заводу, уже не считаясь с секретностью, выдали заказ на шесть лодок Холланда. На этом возможности отечественного судостроения считали исчерпывающими. Французские союзники отказали России в помощи, запретив приехать в Петербург инженеру Лобефу, собиравшемуся наладить здесь выпуск подводных лодок французского типа.

Первые лодки могли быть построены не ранее лета, поэтому пришлось закупать готовые лодки за границей. У фирмы Холланда, уже связанной договором с японцами, 6 июня 1904 года удалось купить только одну готовую лодку «Фултон», служившую эталоном продукции этой фирмы. В русском флоте лодка получила название «Сом». Зато основной конкурент Холланда в США – фирма Саймона Лэка – уже в апреле предложила приобрести у нее не менее шести лодок ее системы. Одна из них, предлагавшая России еще в 1902 году («Протектор»), могла быть доставлена немедленно, другие пять фирма обещала полностью закончить в шестимесячный срок. В апреле 1904 года был заключен договор, и «Протектор», переименованный затем в «Осетра», тайно был доставлен на пароходе в Россию. В мае 1904 года состоялся заказ трех лодок заводу «Германия». По этому случаю завод подарил Морскому министерству свою опытную электрическую лодку водоизмещением 17 тонн, получившую название «Форель». 14 июня ее доставили в Петербург и после испытаний в августе отправили по железной дороге во Владивосток.

Несмотря на завершение зимой 1903–1904 гг. всех работ по вводу в строй подводной лодки «Дельфин», Морское министерство отклонило просьбу Беклемишева, поддержанную ходатайством командующего флотом в Тихом океане Макарова, отправить его вместе с лодкой в Порт-Артур. Препятствием, как объяснялось в документах Морского технического комитета, была проблема с транспортировкой лодки через Байкал. Постройку шести лодок типа «Касатка» Балтийский завод завершил в оговоренный восьмимесячный срок. Последнюю из них («Налим») собрали 7 мая 1904 года. После ускоренной достройки, испытаний, включая торпедные стрельбы, лодки частично разбирали и устанавливали на транспортеры. По нарастанию объема сложности разборки лодки составили следующий ряд: лодки Холланда, «Дельфин», «Касатка», «Осетр».

Одновременно с размещением заказов встал вопрос о транспортировке лодок на Дальний Восток. Морской путь исключался: буксировку на столь длительное расстояние подводные лодки того времени не выдержали бы, а отправлять их на палубе большегрузных пароходов представлялось делом, весьма рискованным, из-за возможности нападения японского флота. Оставался единственный путь – Транссибирская магистраль. Но железная дорога принимала только те грузы, которые при установке на платформы вписывались в нормальные габариты, гарантирующие сохранность как самого груза, так и станционных зданий, мостов, туннелей и пр. В результате кропотливых расчетов пришли к выводу, что строящиеся подводные лодки по своим габаритам пригодны для перевозки, но необходимо уменьшить их массу до 100 тонн, чтобы сохранить в целости железнодорожное полотно.

Корабельный инженер Бубнов блестяще справился с несвойственной ему задачей – в кратчайший срок разработал специальный железнодорожный транспортер для перевозок лодок различных типов. Заказ для изготовления пяти транспортеров получил Путиловский завод, имевший опыт в строительстве подвижного железнодорожного состава. В октябре 1904 года транспортеры были готовы. 21 октября началась подготовка восьми лодок к отправке на Восток.

Каждый эшелон формировался из двух транспортеров с лодками и штабного вагона-«теплушки» для личного состава. Наиболее тяжелые механизмы – двигатели, аккумуляторные батареи, воздушные баллоны – отправлялись отдельно, обычными грузовыми эшелонами. В конце октября началась пробная прокатка транспортеров. Морское министерство торопило с отправкой: вот-вот могло прерваться паромное сообщение через Байкал, а обходная Кругобайкальская железная дорога была еще не готова. Кроме того, существовала опасность выхода японских войск на участок дороги, проходившей через Маньчжурию, что сделало бы доставку лодок во Владивосток вообще невозможной. 2 ноября 1904 года в путь двинулся первый эшелон № 633 с подводными лодками «Скат» и «Налим» под общим командованием командира «Ската» лейтенанта Тьедера. 4 ноября отправился второй эшелон № 634 с подводными лодками «Касатка», и «Фельдмаршал граф Шереметев».

Несмотря на все трудности первые эшелоны № 633 и 634 благополучно прибыли во Владивосток. Подводная лодка «Форель», отправленная из Петербурга в собранном виде, прибыла к месту назначения несколько раньше – 29 сентября. Сразу же по прибытии лодки снимали с транспортеров, которым предстоял обратный путь за оставшимися кораблями. Таким образом, до конца лета 1905 года во Владивосток доставили подводные лодки «Сом», «Дельфин», «Щука», «Осетр» и «Кефаль». Всего в связи с началом Русско-японской войны к концу лета 1905 года во Владивосток было транспортировано по железной дороге 13 подводных лодок. Лодки были построены различными фирмами: 5 – Лэка, типа «Осетр»; 2 – Холланда, типа «Сом»; 1 – Круппа, типа «Форель»; 1 – Балтийского завода, типа «Дельфин» и 4 – Балтийского завода, типа «Касатка».