Все лодки, прибывшие на Дальний Восток, организационно входили в отдельный отряд миноносцев, сформированный приказом от 1 января 1905 года, который, в свою очередь, подчинялся начальнику Владивостокского отряда крейсеров контр-адмиралу Иессену. Непосредственное руководство действиями отдельного отряда возложили на командира «Касатки» лейтенанта Плотто. Для обеспечения боевой деятельности подводных лодок выделялись транспорты «Эрика», «Шилка», «Ксения».

29 января на крейсере «Громобой» состоялось первое в мире совещание по вопросу боевого использования подводных лодок. Председательствовал начальник отряда крейсеров контр-адмирал Карл Петрович Иессен. Лейтенант Плотто доложил, что полностью готова к походам лодка «Сом», почти готов «Дельфин», остальные войдут в строй к марту. Совещание приняло два варианта использования лодок. По первому варианту две лодки на буксире парохода «Эрика» должны были идти в залив Святой Ольги, куда заранее должен подойти транспорт «Шилка». При необходимости во льду пробивается канал. Пополнив запасы, лодки на буксире миноносцев следуют к Сангарскому проливу. Там отряд разделяется: миноносцы идут к порту Отару, а лодки на рассвете атакуют порты Хакодате и Аомори. По второму варианту все боеготовые субмарины идут на буксире миноносцев к корейским берегам, пополняя запасы с приданного парохода. Базируясь на порт Шестакова, лодки должны были вести операции против судоходства в Корейском проливе. Первый план должен был приводиться в действие после получения торпед лодкой «Сом», второй – по готовности всех лодок.

Подготовка масштабных операций наступательного характера была смелым и решительным шагом, но не соответствовала уровню подготовки экипажей и техническому состоянию подводных лодок того времени. По этим причинам оба плана так и не были притворены в жизнь. Никто реально не представлял, на что способны подводные лодки и как они должны были действовать. Командир «Сома» лейтенант князь Трубецкой писал, что, по существу, лодками никто не руководил, а инициативу командиров подавляли.

Командующий флотом вице-адмирал Скрыдлов не скрывал, что является противником использования подводных лодок. Тех же взглядов придерживался и сменивший его вице-адмирал Бирилев. Скрыдлов, посетив одну из лодок, на сообщение, что работы еще не закончены, отчеканил: «Предлагаю вам завтра же выйти в море, а больше никаких объяснений от вас принимать не желаю». 9 февраля 1905 года японский отряд в составе крейсера и большого числа миноносцев показался в районе Владивостока. Комендант крепости приказал всем лодкам немедленно выйти в море и атаковать неприятеля. В этом еще раз сказалось непонимание возможностей подводных лодок того времени, которые к тому же были без торпед.

Все приходилось делать впервые, даже придумывать команды для управления лодкой. В основном их разработали командир «Ската» лейтенант Тьедер и командир «Щуки» лейтенант Ризнич. Многие из них сохранились до настоящего времени. Подводники сами создавали себе запасы горючего на разных островах до залива Посьета, принимая на борт дополнительные канистры с бензином. Жили они на транспорте «Шилка» в тяжелых условиях. В отчете о действиях лодок об этом говорилось так: «Команды лодок были помещены отвратительно скверно… Люди, уставшие на лодке, не имели угла, где бы отдохнуть, постоянно перемещались с одного корабля на другой, часто не получая горячей пищи». Зато на подводников щедро изливался адмиральский гнев, чаще всего без повода. Адмирал Бирилев, посетив лодку «Скат», только что вернувшуюся с моря, дотронулся до смазанного маслом двигателя рукой, обтянутой белоснежной перчаткой, и испачкал ее. Через два часа появился приказ следующего содержания: «Сего числа, посетив отряд миноносцев, нашел его в отвратительном состоянии. Всюду грязь и мерзость. Считая во всем ответственным отрядного механика в злом попустительстве и преступном небрежении, предлагаю ему в трехдневный срок оставить крепость, так как в крепости на осадном положении преступникам не место». Представление адмирала о подводном плавании прекрасно характеризует следующий случай: на требования начальника отряда подводных лодок о выделении 24 французских свечей зажигания к двигателю недрогнувшая адмиральская рука начертала: «Достаточно двух фунтов казенных стеариновых».

Но даже в таких труднейших условиях отряд подводных лодок выполнял свои задачи. 14 февраля «Дельфин» вышел в море на испытания вместе с «Сомом». 21 февраля выполнен боевой выход на поиски неприятеля. 13–16 марта «Дельфин» выходил к острову Аскольд. Девятого апреля «Касатка» совершила семидневный поход к берегам Кореи. В конце апреля русское командование получило агентурные сведения о готовящемся походе японских крейсеров к бухте Преображения. 29 апреля туда срочно направились лодки «Дельфин», «Касатка» и «Сом». Две первые шли вместе, а третья немного отставала и двигалась самостоятельно. В 70 милях от Владивостока, у мыса Поворотного, сигнальщик с «Сома» заметил сначала один, а затем и второй японский миноносец. Князь Трубецкой приказал погружаться, на что требовалось около пяти минут. Миноносцы обнаружили лодку и, открыв огонь, пошли на сближение. Лодка ушла на глубину 12 метров. Трубецкой начал маневрировать для выхода в атаку, видя в перископ, что миноносцы начинают отходить к югу. Подвсплыв в позиционное положение и приготовив торпеды, «Сом» продолжил атаку. Внезапно на море опустился туман, а когда он рассеялся, миноносцы были уже далеко, уходя из опасного района. Так была сорвана одна из японских операций. Это боевое столкновение хотя и не принесло победы, однако сыграло свою роль: японцы убедились, что русские подводные лодки выходят далеко в море.

Событие, произошедшее южнее острова Русского, заслуживает особого внимания и оценки. В этот день подводная лодка русского флота первый раз имела столкновение с реальным противником. Впервые русский офицер-подводник – командир «Сома» лейтенант князь Трубецкой видел в перископ не учебный щит-цель, а корабли врага. Впервые в истории России встретились новые противники – надводные корабли и подводная лодка, начав в тот далекий день противостояние, неоконченное и по настоящее время.

Подводники постепенно приобретали бесценный опыт, совершая все более смелые походы. Восьмого мая «Скат» погрузился и лежал на грунте в течение 5 часов. «Сом» провел в море 8 суток, из них под водой 16 часов, но подряд не более полутора. С учетом технического состояния и качества постройки лодок командиру того же «Ската» Тьедеру, провожая его в боевой поход, в устной форме посоветовали «без нужды не погружаться».

Начальники представляли подводникам действовать на свой страх и риск, чтобы в случае неприятностей сослаться на отданные распоряжения, которые командирами субмарин, естественно, не исполнялись. Отношение офицеров к «советам» своих начальников передалось матросам и привело к несчастью. Четвертого мая «Дельфин» вернулся из похода из-за неисправности вертикального руля. Для проведения ремонта пришлось слить горючее из цистерн и поставить лодку проветриваться – работать внутри было невозможно из-за паров бензина. Высокая пожароопасность вынудила отдать строгий приказ: никого в лодку не пускать. Тем не менее 5 мая в 10:20 вахтенные Сюткин и Хамченко разрешили знакомому матросу с крейсеров спуститься в лодку. В лодке было темно, и Хамченко, провожавший матроса, или зажег спичку, или включил рубильник, и пары бензина взорвались. Над рубкой взлетел огненный столб, а через две минуты рвануло еще раз, и лодка затонула. Матрос, пришедший на «экскурсию», погиб, его провожатый сильно обгорел, а лодка была повторно введена в строй только 8 октября 1905 года.