В плену у джунгаров находился один из сыновей Лхавсан-хана. Его жена бежала в Кукунор и попросила Сюанье освободить от джунгаров Тибет. Просьбу о военной помощи удовлетворили. В 1718 г. в Тибет вступила цинская армия во главе с маньчжуром Эрентэем. Джунгаро-тибетские войска разгромили ее. Почти все цинские солдаты и командиры погибли.

Хошутское влияние в Тибете сменилось джунгарским. Однако джунгары не пользовались популярностью в Тибете: установив свою власть, они казнили четырех высоких лам школы Ньингма и разорили два ее лучших монастыря. По просьбе тибетцев джунгары пробовали убедить маньчжуров доставить в Тибет Келсанга Гьяцо, но не смогли. Джунгары стали еще более непопулярны. Дэси и еще три тибетских чиновника тайно послали письмо в Кумбум, в котором говорилось о признании Келсанга Гьяцо Далай-ламой VII. В ответ в 1719 г. в Тибет вновь двинулись цинские войска, одним из полководцев был сын императора Юнди. По дороге он вернулся на родину, передав командование генералу Ян Синю. Предлогом была доставка в Лхасу Далай-ламы VII. Там началось восстание против джунгаров. Последние, не надеясь на победу, разграбили Лхасу и ушли на северо-запад.

Цинский генерал Ян Синь привез в Лхасу Далай-ламу VII. 27 апреля 1720 г. первый сын императора вручил новому Далай-ламе диплом и золотую печать «Далай-ламы, лидера всего сущего, распространителя учения». Надпись была на маньчжурском, монгольском и тибетском языках (китайской надписи не было). Маньчжурский император так и не признал Далай-ламой ни Цаньяна Гьяцо, ни Еше Гьяцо. Новому Далай-ламе и его сторонникам Сюанье написал письмо, в котором заявлял, что он и потомки Гуши-хана — покровители Далай-ламы, что они обязуются нести все расходы на его помощников и монахов в течение трех лет и что Сюанье просит Далай-ламу убедить монголов Кукунора сохранять единство и верность императору.

Далай-лама VII был возведен на трон в Потале в 1720 г. Было создано временное правительство под началом цинского командира, в которое входили два тибетца и четыре монгольских князя — два халхасских и два хошутских. Весной 1721 г. было создано новое правительство из трех калонов (министров). Главным назначили правителя Западного Тибета — Кангченэя, получившего титул Дайцин-батур («Великий цинский богатырь»). Стены вокруг Лхасы разрушили, а в городе разместили цинский гарнизон под командованием монгола Цэвэн-Норбу, который подчинялся генералу Ян Синю. Цинские войска также разместили в городах Литанг и Чамдо. Тибетские земли к востоку от Литанга и Батанга отторгли от Тибета и включили в состав цинской провинции Сычуань.

В 1723 г. умер Сюанье. Новым императором стал Инчжэнь (девиз правления — Юн-чжэн). Он вывел цинские войска из Лхасы и прислал туда чиновника Орая. Причиной вывода войск была нехватка средств из-за длительной войны с Джунгарским ханством. Чиновник Орай представлял Лифаньюань.

В 1722—1725 гг. в Кукуноре произошло антиманьчжурское восстание хошутов, к которым примкнули 200 тыс. тангутов. Поводом послужило оскорбительное поведение цинских чиновников во время интронизации Далай-ламы VII: они прикуривали от священных светильников. По другим данным, поводом послужило изъятие земель для китайских колонистов и установка межевых столбов от гор Наныпань до Цзяюйгуаня в знак того, что эти земли отошли к Цин. В результате было вырезано китайское население, восстановлена местная власть. Инчжэнь послал карательную армию и чиновников. Цинские войска захватили 100 тыс. пленных, сожгли ряд монастырей (в том числе три крупных), 7 тыс. домов и 17 деревень. Кукунор включили в империю Цин. Между Амдо и Камом провели границы, установленные еще в юаньское время. Глава восстания, бежавший в Джунгарию, был родственником одного из калонов. Маньчжуры боялись волнений в Тибете, поэтому в Тибет из Кукунора вступил 2-тысячный цинский отряд. После того, как бывший руководитель восстания был изгнан из Джунгарии, цинские войска покинули Тибет.

Между калонами была рознь, которая привела к гражданской войне. В результате власть захватил министр Миванг Полханэй, поддержанный маньчжурами. Последние прислали в Тибет войско в 11 тыс. чел. Когда они пришли в Лхасу, маньчжуры устроили суд по делу врагов Полханэя. Трое враждебных ему калонов были подвергнуты казни линьчи — медленному отрезанию от тела множества мелких кусков, пока не наступит смерть.[7] Далай-ламу VII и его отца отправили в монастырь Тартар близ Литанга.

Территории восточнее Литанга и Батанга — а это значительная часть Кама — были включены в провинцию Сычуань, Гьялтанг — в Юньнань, а 40 групп кочевников-тибетцев на севере подчинили губернатору Синина. Так в 1724 г. область Амдо (Кукунор, или Цинхай), населенная в основном тибетцами и монголами, отошла в ведение Синина. На отторгнутой территории Кама было образовано 27 округов. Цанг и Нгари маньчжурский двор подарил Панчен-ламе, а в прямом подчинении тибетскому правительству оказались только У и Чамдо. Несмотря на аннексию маньчжурами части земель Тибета, тибетские иерархи сохранили там высший авторитет.

В Тибет был назначен амбань — маньчжурский резидент. В его функции входили контакты с тибетскими властями и реализация влияния Пекина в Тибете. Амбанями вначале назначали не китайцев, а маньчжуров, реже — монголов, а амбани-китайцы (ханьцы) появились лишь в конце XIX в. Если до назначения амбаней в Лхасу цинское правительство неоднократно отправляло туда чиновников с поручениями по разбору конкретных дел, то теперь устанавливалось постоянное имперское присутствие. Начало постоянного присутствия амбаней в Тибете и формирование института амбаней приходится на 1727—1750 гг. Их функции сводились к надзору за общей ситуацией, контролю за деятельностью тибетского правительства и Далай-ламы, организации обороны Тибета.

В 1728 г. в Лхасе был размещен цинский гарнизон в 1500 чел., находившийся под началом амбаня. Под управление Лхасы передали 14 округов Кама, а 13 оставили в Сычуани. Позже границы территорий Кама, подчиненных Лхасе, часто менялись. В городах на отторгнутых территориях были размещены небольшие цинские гарнизоны, которые несли охранную службу. Была утверждена регулярная посылка подарков в Пекин. Императорские указы, направляемые в Тибет, подлежали исполнению чиновниками (хотя они не всегда делали это). Официальная цинская историография следовала китайской традиции, что Император — над всем миром. Поэтому роль амбаней и Далай-лам обозначали как совместное «распоряжение» высшими тибетскими чиновниками, получавшими из Лифаньюаня «грамоты для управления делами Тибета», а все подарки императору — как «дань».

В Тибете воцарился мир. Новое правительство оказывало поддержку буддизму. Это находило полное понимание цинских властей. Ежегодно из Пекина тибетским монастырям жаловали 5 тыс. ланов серебра, а по инициативе председателя тибетского правительства Полханэя были вырезаны доски для печатания многотомного буддийского канона «Кангьюр».

Несмотря на наличие амбаня и маньчжурского гарнизона, Тибет продолжал управляться собственным правительством и имел свою армию, не являвшуюся частью цинских вооруженных сил. В 1730—1731 гг. Тибет вновь вмешался в междоусобицу в Бутане. Был заключен договор, по которому Бутан обязался присылать своего представителя с данью к тибетскому правительству. Этот обычай сохранялся до 1950 г. В 1732 г. власть тибетского правительства признал Ладак.