Гуши-хану Фулинь пожаловал титул «Почтительный в действиях, просвещенный, верный долгу и мудрый Гуши-хан». В дипломе, выданном Гуши-хану вместе с титулом, говорилось: «Еще больше старайся проявить искренность и верность, широко распространяй (наше императорское влияние) славой и поучением, стань моим помощником и заслоном (на границах) так, чтобы мир воцарился и в уделах, и в метрополии». При этом император игнорировал тот факт, что в то время ни Тибет, ни Кукунор не были даже зависимы от него. Потому их нельзя было рассматривать как «границу» его государства. Сами тибетские монголы-хошуты считали пожалованные им титулы и дипломы обменом дипломатическими любезностями, а не инвеститурой (акт введения вассала сеньором во владение титулом и земельным наделом).

Весной 1653 г. Далай-лама V уехал из Пекина, так и не посетив съезд монгольских князей. На прощальной церемонии император даровал ему титул «Преемник учения Благословенного Будды, Миротворец Запада, Объединитель буддийской веры под небесами, Далай-лама, Держатель ваджры». Сам диплом, где был написан этот титул, построен в конфуцианском стиле, в нем отсутствуют упоминания об установлении и характере отношений ламы и императора. Впоследствии в монастыре Хуансы придворный конфуцианский ученый Нин Ваньво по приказу императора составил надпись, перевод которой допускает разные толкования. В том числе — что Далай-лама приезжал «обеспечить благоденствие государству и принести благодать народу». Однако сам обмен почетными титулами формально закреплял отношения «наставник — покровитель» между ламой и императором.

Туши-хан умер в 1655 г. После этого монголами-хошутами в Кукуноре и Центральном Тибете правили его дети. Отношения тибетских ханов с цинским императором рассматриваются как отношения номинального вассалитета. Однако высшая власть принадлежала Далай-ламе. Хошутские феодалы разделились на две линии — кукунорскую и тибетскую, но полного разделения не произошло: тибетские хошуты продолжали рассчитывать при необходимости на военную поддержку кукунорских. Хошуты, связанные отношениями «наставник — покровитель» с тибетскими иерархами, вмешивались в тибетские дела. Но их власть постепенно слабела. В то же время усиливались централизация и власть Далай-ламы. К нему прислал своего посланника даже правитель далекой Бенгалии Шах-Шоджах. Тибет посылал войска в Бутан, вмешиваясь в междоусобицы. В 1659 г. Далай-лама послал своего представителя в Монголию, чтобы попросить князей прекратить междоусобицы и сохранить единство страны. В ответ монгольские князья прислали ему клятвенные письма, заверенные своими печатями. Далай-лама неоднократно урегулировал конфликты между монголами и маньчжурами.

Между тем маньчжуры завершали присоединение Китая к своей империи. В 1658—1659гг. китайский генерал У Саньгуй, один из инициаторов приглашения маньчжуров в государство Мин, занял территории современных провинций Сычуань и Юньнань, где все еще правили императоры рода Чжу. В 1662г. У Саньгуй казнил последнего минского императора вместе с сыном. В том же году умер Фулинь. Маньчжурским императором стал Сюанье (девиз правления — Кан-си). Его бабушка происходила из рода Чингис-хана. В 1673 г. он издал указ о роспуске войск, подчинявшихся трем наместникам южных провинций. Тогда У Саньгуй поднял восстание. В 1678 г. в г. Ханчжоу он провозгласил себя императором под девизом Чжао-у, восстановив тем самым независимое Китайское государство. Во время своего правления он поддерживал связь с Далай-ламой. Тот написал Сюанье, что в случае упорства У Саньгуя просит цинского монарха оставить за ним земли и заключить мир. При этом тибетские войска заняли два небольших города в Юньнани, которые раньше были тибетскими и управлялись последователями Карма-Кагью. Сюанье предложил тибетцам принять участие в подавлении мятежа, но получил мягкий отказ под предлогом того, что для тибетцев и монголов жаркий климат Юньнани непривычен, а народ и лошади голодают. Сюанье не мог приказать Тибету: последний находился вне его управления и даже интересов.

В 1663 г. император Сюанье пригласил в Пекин духовного главу Амдо и даровал ему титул Чжанчжа-хутухта. Впоследствии маньчжурские, а затем китайские власти старались заручиться его поддержкой для того, чтобы установить свое господство над кукунорскими монголами.

В 1680 г. возник конфликт между Тибетом и Ладаком. Ладак решил помочь Бутану, которому угрожал Тибет. Тогда тибето-монгольские войска захватили Ладак и западно-тибетские владения Туге, Пуран и Руток. В 1684 г. Тибет и Ладак заключили договор, по которому эти три территории отошли к Тибету. В 1681 г. маньчжуры захватили Туйчжоу и Юньнань, разгромив войска У Шифаня, сына У Саньгуя, который возглавил борьбу против маньчжуров после смерти отца и объявил девиз правления Хун-хуа. Последние очаги сопротивления китайцев были подавлены в 1683 г. Итак, отдельное Китайское государство просуществовало 10 лет.

В 1682 г. в возрасте 68 лет скончался Далай-лама V, за свои деяния прозванный «Великим Пятым». Глава тибетского правительства Сангье Гьяцо скрыл его смерть и объявил, что иерарх удалился в затвор для глубокого созерцания на неопределенный срок. Для тех, кто не мог не встретиться с Далай-ламой, он подобрал двойника, который вел все беседы, надев большую шапку, закрывавшую почти все лицо. Предполагают, что Сангье Гьяцо стремился властвовать единолично. Но более правдоподобно другое объяснение, которое позже он дал Панчен-ламе: был приказ самого Великого Пятого, который боялся, что дело его жизни погибнет. Причиной могла быть молодость Сангье Гьяцо (ему тогда было 30 лет), разногласия при поисках нового перерожденца, неясность, в чьи руки попадет последний, малолетство Панчен-ламы, разброд в монгольском мире, недовольство Сюанье тем, что Тибет не усмирил мятежного китайского генерала. Вероятно, однако, что маньчжурский император тоже знал о смерти Далай-ламы V, но молчал. Секретность ему была нужна для того, чтобы ссылаться на авторитет иерарха в отношениях с монголами.

Действительно, Сюанье использовал эту дипломатию для подчинения монголов, которых раздирала междоусобная война. В своих письмах он просил Далай-ламу V помирить джунгаров с халхасцами — жителями Центральной и Северной Монголии. Это вело к переговорам, но мир не наступал. Джунгары продолжали нападать наХалху. Экспансию на восток джунгарский Галдан-хан объяснял желанием объединить монголов, вернуть Китай и сместить династию Цин: маньчжуры происходят от чжурчжэней, а последние когда-то были покорены монголами. Вряд ли стоит обвинять джунгаров в агрессивности: маньчжуры сами вели захватническую политику. Было ясно, что рано или поздно они войдут в конфликт с Джунгарией.

Пока же князья Халхи искали у маньчжуров защиты от джунгаров. В 1691 г. в районе оз. Долон-нор состоялся съезд князей Халхи, признавший главенство маньчжурского хана. Сюанье известил об этом Далай-ламу V (то есть Сангье Гьяцо) и высказал пожелание, чтобы Галдан-хан удалился в Тибет. В то же время он просил Галдана информировать его о том, что ему пишут из Тибета.

В 1694 г. Сюанье разгромил Галдан-хана, предал огласке смерть Далай-ламы V и потребовал допустить к власти Панчен-ламу. Весной 1695 г. Сангье Гьяцо попросил Сюанье не лишать Галдана ханского титула и одновременно потребовал отвести цинские войска от границы Кукунора с Тибетом.