В 1734 г. маньчжурский император послал своего младшего брата навестить Далай-ламу, все еще находившегося в Тартаре. Он предложил профинансировать строительство монастыря у границы, обеспечить его содержание и выделил средства на оплату кирпичного чая для монастырей всего Тибета. В 1735 г. Далай-ламе разрешили вернуться в Лхасу, которую полностью контролировал Полханэй. Он прибыл туда в сентябре. В октябре умер Инчжэнь. Маньчжурским императором стал Хунли (девиз правления — Цянь-лун).

В 1740 г. бутанцы вторглись в Сикким. Поскольку его правитель был еще подростком, его слуга отправился в Лхасу, чтобы просить Полханэя прислать кого-нибудь в помощь для управления страной. Оттуда для Сиккима был назначен регент. После того, как правитель достиг совершеннолетия, его возвели на трон Сиккима в присутствии чиновника, присланного из Тибета. В 1740 г. Хунли присвоил Полханэю титул цзюнь-вана — один из высших в империи Цин. В 1747 г. Полханэй умер от болезни. Период его правления сохранился в памяти тибетцев как спокойное время, а сам он — как сильный правитель. Но его сотрудничество с маньчжурами послужило основой для их претензий на власть над Тибетом.

Младший сын Полханэя, живший в Лхасе и по наследству получивший титул цзюнь-вана, Далай Батур Тьюмэ Намгьял решил изгнать маньчжурские войска из Тибета. Он послал в Пекин письмо о том, что тибетский гарнизон сможет нести службу не хуже маньчжурского, а польза будет в том, что прекратится похищение женщин и лошадей. В конце письма было сказано, что маньчжурские амбани вмешиваются в дела Тибета. Хунли согласился и сократил до 100 чел. лхасский гарнизон, охранявший амбаней, а последним запретил вмешиваться в тибетские дела. Однако не разрешил поставить в Лхасе тибетский гарнизон.

Тьюмэ Намгьял написал в Джунгарию письмо, в котором пригласил джунгаров вступить в Тибет. И это в то время, когда Хунли готовился к большой войне с Джунгарским ханством… Письмо перехватили люди, подкупленные амбанями. В ноябре 1750 г. последние пригласили в свой замок Тьюмэ Намгьяла якобы для вручения императорских подарков, а там вероломно убили его вместе со всеми сопровождавшими тибетцами. Сумел бежать лишь один лама. Он собрал тибетцев, которые напали на замок. Амбани были убиты, в Лхасе перебили большинство китайцев и маньчжуров. Лишь немногие нашли убежище в Потале у Далай-ламы. В январе 1751 г. цинские войска, спешно переброшенные из Сычуани, быстро подавили восстание. Семь его руководителей были казнены самой жестокой казнью — линьчи, остальные пленные — самой легкой: обезглавлены или удавлены; некоторым аристократам разрешили покончить с собой, некоторых посадили в тюрьму. Император поручил маньчжурскому командующему выбрать «хороших, способных людей» и снова распределить правление между четырьмя калонами. Они должны были следовать указаниям амбаней и Далай-ламы. В Лхасе снова разместили цинский гарнизон.

Вместе с тем, предусматривалось создание тибетской армии. Каждая семья, владевшая землей, должна была выставить одного человека в случае мобилизации. В У и Цанге поставили тибетские гарнизоны, соответственно в тысячу и две тысячи человек. Вновь была проведена реорганизация власти. Правительством стал Кашаг — совет министров. По китайским источникам, во главе него встали Далай-лама VII и два амбаня, которые считались равными по положению.,[8] В «Тибетском уложении» 1752 г. было отражено введение войск и изменение характера управления. Согласно «Уложению», Далай-лама стал главой Тибета — духовным и светским. Расширилось влияние амбаней: им подчинялся цинский гарнизон, они обеспечивали безопасность почтовой службы между Чэньду и Лхасой и получили право участвовать в управлении страной как советники Кашага.

По тибетским же источникам, страной правили калоны, которые приносили Далай-ламе клятву верности, а сам первоиерарх принял на себя полную духовную и светскую власть над страной. Калоны не имели четкого распределения обязанностей. Поэтому чиновники более низких рангов, не желая брать на себя ответственность, могли отдать дело на рассмотрение калонам. Это вело к путанице, затягиванию дел, нежеланию брать на себя инициативу. Такая система, просуществовавшая 200 лет, препятствовала прогрессу страны.

Маньчжурское правительство опасалось консолидации монголов между собой и с тибетцами. Особенно их беспокоило Джунгарское ханство, которое становилось центром силы, противостоящим империи Цин. Имперские власти запретили Тибету поддерживать связь с этим государством. Были приняты меры на случай вступления джунгаров в Тибет. В 1754— 1757 гг. Джунгарское ханство было завоевано маньчжурами. В 1755 г. Хун-ли уведомил Далай-ламу и Панчен-ламу о поражении и близком разгроме этой страны.

В октябре 1755 г. Хунли заявил: «Люди различных племен Джунгарии убивают друг друга. Народ потерял покой. Я, объединяя всю Поднебесную, не могу смотреть [на это] сложа руки. Поэтому специально посылаю крупные силы по двум дорогам для покорения [их]». Исходя из доктрины всемирной власти императора, цинское руководство смотрело на Джунгарское и Яркендское ханства как на свои законные владения, а на их правителей — как на своих вассалов. Поскольку эти правители не желали признать себя вассалами сына Неба, их обвиняли в невежестве, непонимании «небесных законов», обязанности подчиняться маньчжурскому императору и действовать в соответствии с его указаниями. Антицинские выступления жителей этих стран расценивались императором как разбой и грабеж, а цинская агрессия — как вынужденная карательная мера.

В результате семь десятых населения Джунгарского ханства было истреблено цинскими войсками и эпидемиями. Всего погибло от нескольких сот тысяч до миллиона человек, осталось в живых лишь несколько десятков тысяч, из которых многие бежали в Россию.

Так был исполнен приказ Хунли о поголовном истреблении джунгаров и присоединении их земель к Цинской империи. По современным понятиям, это был геноцид и военное преступление. Но не по архаичным понятиям о «непокорных варварах». Идеолог великоханьского шовинизма Ван Чуаныпань, живший на рубеже минской и цинской эпох, так озвучил эти взгляды: «Любую борьбу с варварами Срединное государство не должно называть войной, так как их уничтожение не является жестокостью, обман их не является вероломством, занятие их территории и конфискация их собственности не являются несправедливостью».

Больших полководческих талантов для разгрома «варваров» не требовалось. Джунгарское ханство, когда-то славившееся боевой мощью, к этому времени погрязло в междоусобицах и практически развалилось. В отличие от джунгаров, маньчжуры имели много огнестрельного оружия — мушкетов и пушек. Захватив чужую территорию, маньчжуры вновь сильно расширили свое «жизненное пространство». В 1760 г. из Восточного Туркестана и Джунгарии было создано цинское наместничество Синьцзян (Новая территория, или Новая граница). «Освободившиеся» земли Джунгарии стали заселять другие народы. Коренное население почти исчезло. В 2000 г. монголов в Синьцзяне было менее 1%, а китайцев — более 30% (более 6 млн. чел.).