Захват Крита был со стратегической точки зрения логичным следствием стремительного захвата германской армией Греции. Германское верховное командование этот логичный шаг сделало. Однако полностью наладить взаимодействие 2 видов вооруженных сил и добиться более серьезного успеха противнику не удалось. Отчасти этому помешали разногласия между партнерами по Оси, отчасти — плохое взаимодействие между Люфтваффе и Кригсмарине.

Германский флот полностью осознавал стратегическое значение Крита в борьбе за контроль над Средиземным морем. Но по соглашению между партнерами по Оси остров находился в итальянской зоне ответственности. Для германского флота настало время вмешаться, послав подводные лодки и малые корабли в Средиземное море. Одновременно германский Морской генеральный штаб попытался надавить на итальянцев, требуя более активных действий флота, но не преуспел. Люфтваффе уже в течение 5 месяцев играли главную роль в Средиземноморской кампании. Захват Крита был для них очень важен, так как остров мог служить промежуточной базой для воздушного моста в Киренаику. Он также позволял установить контроль над Восточным Средиземноморьем, включая Египет.

Поэтому совершенно понятно, что именно Люфтваффе в середине апреля предложили Гитлеру захватить Крит. Однако предложенная операция не предусматривала совместных действий всех 3 видов вооруженных сил, когда флот перевозит армейские части под прикрытием авиации. Люфтваффе хотели захватить остров в одиночку, используя свои парашютно-десантные части. Только тяжелое вооружение, вроде танков и орудий, а также боеприпасы должны были доставляться по морю под прикрытием итальянских кораблей.

Автором этого плана был генерал Курт Штудент, командир XI авиакорпуса (парашютные и воздушно-десантные войска), расквартированного в центральной Германии. Гитлер дал свое разрешение на операцию, при условии, что она будет быстро завершена, и войска успеют освободиться к намеченному на конец июня вторжению в Россию. Он не консультировался ни с армией, ни с флотом. Воздушную поддержку должен был оказать VIII авиакорпус — 228 бомбардировщиков, 205 пикирующих бомбардировщиков, 114 двухмоторных и 119 одномоторных истребителей, 50 разведчиков — всего 716 самолетов. Также планировалось использовать часть сил X авиакорпуса, которые были переведены из Сицилии в Грецию. При таком огромном количестве авиации высадка обычного десанта почти наверняка принесла бы успех при отсутствии всякого риска. Но Люфтваффе и их честолюбивый командующий маршал Геринг не желали делиться лаврами ни с кем.

Немцы с огромным рвением начали готовить аэродромы в Греции и на островах Эгейского моря к приему воздушной армады. Принимались энергичные меры, чтобы избежать давки на аэродромах и обеспечить снабжение самолетов горючим. 16 мая подготовка была завершена. В Грецию прибыли также 500 транспортных самолетов и 72 планера XI авиакорпуса. Общее командование операцией принял на себя командующий 4-м воздушным флотом генерал Лёр. Датой начала операции было назначено 20 мая.

Решение британского правительства любой ценой удерживать Крит является прекрасным примером полнейшего непонимания ситуации и возможностей армии и флота при полном господстве противника в воздухе. Когда генерал Мэйтланд Уилсон прибыл на Крит из Греции, генерал Уэйвелл поинтересовался его мнением относительно дальнейших перспектив. Уилсон ответил, что «если все 3 вида вооруженных сил не будут готовы задействовать крупные силы, то попытка удержать остров станет крайне рискованной». «Крупных сил» авиации просто не существовало. Вероятно, кабинетных стратегов в Англии ввело в заблуждение наличие на аэродромах Ираклиона и Малеме 3 истребительных эскадрилий КВВС и 1 эскадрильи ВСФ. На деле в конце апреля все эти эскадрильи в общей сложности имели полдюжины «Харрикейнов» и десяток устарелых «Гладиаторов». Причем это количество ежедневно уменьшалось, так как летчикам приходилось сражаться против огромных сил противника. Особенно неравными бои стали после 14 мая, когда немцы начали регулярные налеты, чтобы «размягчить» оборону острова перед высадкой парашютистов. К 19 мая остались лишь 4 «Харрикейна» и 3 «Гладиатора». По распоряжению генерала Фрейберга, который отвечал за оборону острова, они были отосланы в Египет. Таким образом, на рассвете 20 мая, когда началась высадка противника, защитники Крита вообще не имели истребительного прикрытия.

Тем не менее, генерал Фрейберг, хотя и не питал иллюзий относительно возможности удержать Крит имеющимися силами, особенно при отсутствии авиации, заявил премьер-министру, что не боится высадки только воздушного десанта. В общем, он не сильно ошибся. Однако если бы противник попытался одновременно высадить морской десант, трудности англичан возросли бы многократно.

Было совершенно ясно, что определяющим моментом обороны Крита станет вопрос о высадке или отражении морского десанта. На решение правительства удерживать остров повлияло глупое убеждение, что флот сможет действовать без поддержки с воздуха в районе, где противник имеет более 500 горизонтальных и пикирующих бомбардировщиков. Каннингхэм представлял ситуацию гораздо лучше. Все его просьбы о посылке подкреплений остались без ответа. Его единственный авианосец «Формидебл» не мог участвовать в операции, так как его истребительная эскадрилья сократилась до 4 «Фулмаров». Однако адмирал понимал свой долг. 20 мая, когда противник начал высадку на Крит, его крейсера и эсминцы начали патрулирование вокруг острова. Ночью они находились севернее Крита, прикрывая подходы к нему, а утром отходили на юг, если было ясно, что встречи с противником не последует.

20 мая в 6.00 началась свирепая двухчасовая бомбардировка окрестностей аэродромов в Малеме и Кании. Примерно в 8.00 в разрывах туч показались идущие на посадку планеры. Выше в небе были видны сотни германских бомбардировщиков и истребителей, готовых обрушиться на любые британские части, которые станут видны. Тем не менее, десантники генерала Штудента встретили гораздо более ожесточенное сопротивление, чем ожидалось. К концу первого дня боев, когда обе стороны понесли большие потери, аэродром Малеме, который немцы собирались захватить сразу, так и остался ничейной землей. В Кании немцы вообще не добились никакого успеха.

Аэродромы Ираклиона и Ретимо немцы планировали захватить во второй половине дня 20 мая. Но и здесь англичане сумели удержать свои позиции. Парашютисты понесли тяжелые потери и сумели захватить Ираклион только ночью 28 мая, когда англичане оставили город, так как началась общая эвакуация с Крита. В Ретимо были окружены 2 батальона австралийцев под командованием полковника И.Р. Кэмпбелла. Они сопротивлялись до 30 мая и сдались, лишь когда у них кончились боеприпасы и продовольствие.

До полудня второго дня операции немцы не пытались доставить по морю на Крит тяжелую технику, артиллерию и танки. Поэтому уверенность генерала Фрейберга в том, что его войска сумеют справиться с воздушным десантом, выглядела оправданной. Немцы бросили в бой последних парашютистов, однако англичане прочно удерживали свои позиции. Положение немцев выглядело отчаянным, надежды им успех почти полностью развеялись. Генерал Штудент получил приказ генерала Лёра находиться в штабе Люфтваффе. Штудент заподозрил, что это делается, чтобы заполучить подсудимого для заседания поенного трибунала. Исход битвы решался в боях вокруг аэродрома Малеме, куда транспортные самолеты Ju-52 доставляли части 5-й горно-егерской дивизии. У англичан возле Кании находились в резерве 2 новозеландских батальона. Они могли быстро выбить немцев с аэродрома, если бы командование сразу бросило их в бой. И тогда весь ход боев на Крите мог приобрести иной характер. Но Фрейберг, опасаясь высадки морского десанта, не решился трогать эти войска. Он приказал атаковать австралийскому батальону, находящему в Георгиополисе, то есть в 20 милях от Малеме.