По соглашению между германскими и итальянскими ВВС немцы должны были бомбить Александрию, Каир и Суэцкий канал. Если бы они имели возможность сосредоточить для этого все силы, у англичан возникли бы серьезные проблемы с доставкой снабжения для Армии Нила через Суэцкий канал. Это могло полностью изменить результат боев на суше. Однако из штаба Африканского Корпуса приходили настоятельные требования от генерала Роммеля, который стремился начать вторжение в Египет как можно раньше. Поэтому он требовал помешать доставке снабжения в осажденный Тобрук, а также уничтожить укрепления этой крепости. Роммель намеревался взять эту крепость к началу осени. От X авиакорпуса потребовали слишком много. Он был вынужден раздробить свои силы и в результате не решил полностью ни одной задачи.

Постоянные воздушные налеты на Александрию, Порт-Саид и Суэц вместе с крупными минными постановками в Суэцком канале вызвали серьезные задержки при разгрузке судов в Суэце. Однако перевозка снабжения и подкреплений для Армии Нила не прерывалась ни па один день. Функционирование военно-морской базы и Александрии осложнилось, но тоже не прекратилось. Хотя при доставке снабжения в Тобрук англичане потеряли 25 кораблей и транспортов — в том числе 1 быстроходный минный заградитель, 2 эсминца и 3 шлюпа, — а еще 9 кораблей были серьезно повреждены, движение на этом маршруте не остановилось. Немцы также не сумели серьезно ослабить оборону Тобрука.

Более важным следствием перенапряжения сил X авиакорпуса было прекращение бомбардировок Мальты.

Пока на остров сыпался град бомб, уничтожающий аэродромные сооружения, взлетные полосы, мастерские, самолеты, стоящие на земле, — ударная мощь Мальты как воздушной базы была сведена практически к нулю. Единственным серьезным успехом мальтийской ударной авиации в начале 1941 года стало потопление торпедоносцами «Суордфиш» 3 транспортов водоизмещением 15796 тонн. «Веллингтоны» 148-й эскадрильи совершали беспокоящие ночные налеты на порты Италии и Северной Африки, затрудняя погрузку и разгрузку транспортов, даже повредили несколько судов, но не сумели потопить ни одного. В тяжелейших условиях той поры, даже если бы на острове имелись дополнительные бомбардировочные эскадрильи, обслуживать их было невозможно. В начале марта эскадрилья «Веллингтонов» была отправлена в Египет, так как аэродром Хал Фар подвергался сильным бомбардировкам. В апреле она вернулась, чтобы провести несколько ночных налетов на Триполи. Однако, когда в конце апреля прилетели 6 «Бленхеймов», которые планировалось использовать для дневных торпедных атак против итальянских конвоев, «Веллингтоны» пришлось отправить обратно в Египет.

Недолгая, но потрясающая деятельность флотилии эсминцев капитана 1 ранга Мака была упомянута ранее. Ее преемниками стали крейсер «Глостер» и 5-я флотилия эсминцев лорда Маунтбеттена. Однако они не успели ничего сделать, так как началась битва за Крит, и эти корабли были отозваны с Мальты. Таким образом, Мальта сыграла не слишком большую роль в нарушении вражеских коммуникаций. Все ограничивалось действиями подводных лодок, базирующихся на острове или заходящих на Мальту для пополнения припасов. Это были старые лодки типов «Р» и «R», слишком большие и неуклюжие для действий в мелководных районах возле побережья Туниса. Они охотились у берегов Италии. Начали действовать на итальянских коммуникациях и новые лодки типа «Т». Все они базировались на Александрию.

Сначала мальтийская флотилия подводных лодок состояла из 3 маленьких лодок типа «U», которые прибыли в декабре 1940 года. Вскоре к ним присоединились еще 3 такие же лодки. Небольшие размеры и высокая маневренность лодок типа «U» делали их особенно подходящими для операций на прибрежных маршрутах от мыса Бон до Триполи.

Прежде всего требовалось обнаружить уязвимые точки на маршрутах следования конвоев. Походы лодок «Апрайт» и «Юник» в декабре и январе к банке Керкенна, которая лежит мористее порта Сфакс и помечена множеством навигационных буев, показали, что через этот район проходят все конвои, следующие в Триполи. Именно здесь мальтийские лодки добились первого серьезного успеха при помощи самолетов, базирующихся на острове.

Конвой в Триполи вышел из Неаполя 25 января в 21.00. Он состоял из германского транспорта «Дуйсбург» и итальянского судна «Инго». Их сопровождало вспомогательное судно «Каралис». Конвой обогнул Сицилию с запада и пошел привычным маршрутом, направляясь к мысу Бон. Там он должен был повернуть на восток и проследовать вдоль берега в Триполи. До сих пор это был совершенно безопасный маршрут, и конвои следовали по нему туда и обратно без потерь. Но сейчас у мыса Бон противника караулила подводная лодка «Апхолдер». Она и ее юный командир капитан-лейтенант М.Д. Ванклин вскоре станут настоящим проклятьем для врага, уничтожив множество кораблей Оси.

Это был первый боевой поход Ванклина, однако он сразу показал себя. Незадолго до полуночи 26 января он дал торпедный залп по конвою. Но противник заметил следы торпед и уклонился. Как только враг удалился на безопасное расстояние, лодка немедленно всплыла и бросилась в погоню. Висеть на хвосте у противника — занятие долгое и нудное, особенно если учесть, что в дневное время лодка должна находиться в подводном положении. Но в это время конвой попал под новый удар. Примерно в полдень летающая лодка «Сандерленд» обнаружила его возле банки Керкенна. С аэродрома Хал Фар на Мальте немедленно взлетели 7 «Суордфишей» 830-й эскадрильи, 6 из которых были вооружены торпедами. Их сопровождали 2 «Фулмара» из состава авиагруппы поврежденного «Илластриеса». В 15.50 они заметили конвой и развернулись для атаки. «Дуйсбург» сумел увернуться от нацеленных в него торпед. «Инго» повезло меньше. Он получил попадание и через несколько минут затонул.

Слабо вооруженное эскортное судно «Каралис» ничем не смогло помочь транспортам. Ему осталось лишь выловить из воды остатки экипажа «Инго». Ближе к рассвету вражеские суда подошли к Триполи. Но в 5.58 под покровом темноты «Апхолдер» атаковала их. 2 торпеды попали в «Дуйсбург». Транспорт потерял ход и загорелся, сильно сел носом, но все-таки остался на плаву. Это окончательно вывело из равновесия командира эскортного судна, которое было переполнено спасенными моряками. Он, не раздумывая, полным ходом бросился наутек в Триполи, вызывая по радио военные корабли на помощь «Дуйсбургу». Вскоре прибыл итальянский миноносец «Орионе», который подобрал экипаж и пассажиров «Дуйсбурга», спасающихся на шлюпках. Затем появился буксир, который потащил транспорт в порт кормой вперед.

Это было довольно скромное начало, однако подводники наносили удары по коммуникациям Роммеля, проявляя редкие упорство, терпение и настойчивость. Их атаки были менее зрелищны, чем воздушные. Но в то же время базы подводных лодок меньше страдали от действий вражеской авиации, и они вскоре добились более заметных успехов. Например, в конце февраля британская подводная лодка потопила итальянский легкий крейсер. Дело в том, что итальянское верховное командование для обеспечения перевозок войск Африканского Корпуса привлекло крейсера, но обеспечение сопровождения конвоев было организовано из рук вон плохо, что и привело к плачевному результату.

Начиная с 23 февраля, в Ливию один за другим отправлялись конвои с германскими и итальянским войсками. За их безопасность отвечал итальянский флот. Вечером 23 февраля из Неаполя в Триполи вышли 5 германских быстроходных транспортов в сопровождении 4 и итальянских эсминцев. 24 февраля в море вышли 5 итальянских лайнеров, переполненных немецкими солдатами. На следующий день в путь отправился конвой из 5 итальянских и 5 германских транспортов. Так как в январе на Средиземноморском театре появилась германская авиация, англичане не могли держать на Мальте свои надводные корабли. Поэтому выглядит довольно странной отправка крейсеров «Банде Нере» и «Армандо Диац» в сопровождении 2 эсминцев для прикрытия первого из этих конвоев. Вице-адмирал Мориондо, командовавший дивизией крейсеров, не принял никаких мер для защиты от единственной реальной угрозы — подводных лодок.