Среди тех, кого «Манчестер Юнайтед» потерял, отметим нападающих Альберт Куиксолла (184/56, 1958–1964), которого в сентябре 1964 года продали в «Олдем Атлетик» за 7000 фунтов, и воспитанника клуба Джона Филлипа («Фил») Чизнелла (47/10, 1961–1964), проданного за 25 тысяч «Ливерпулю».

В июне 1965 года умер председатель ФК «Манчестер Юнайтед» Харолд Пейн Хардман. С 1900 по 1913 год этот уроженец Манчестера играл нападающим за «Блэкпул», «Эвертон», «Манчестер Юнайтед», «Брэдфорд Сити» и «Сток». В 1908 году стал олимпийским чемпионом в составе сборной Великобритании. После завершения футбольной карьеры Хардман стал футбольным администратором, а впоследствии и директором клуба «Манчестер Юнайтед». В 1951 году он стал председателем клуба и пробыл на этом посту до 1965 года. В течение его правления «Юнайтед» пережил мюнхенскую авиакатастрофу и трижды становился чемпионом Англии.

Новым председателем клуба стал бизнесмен Луис Чарльз Эдвардс, владевший сетью магазинов по продаже мяса. После мюнхенской трагедии он занимал пост директора клуба и владел 17 % пакета акций. С начала 60-х годов компания Эдвардса начала активно скупать на бирже акции «Манчестер Юнайтед» и к началу 1964 года Луис Эдвардс владел 2223 акциями, что обеспечивало ему контрольный пакет и единоличный контроль над клубом. Вся схема по скупке акций стоила ему от 30 до 40 тысяч фунтов.

14.08.1965 матч за Суперкубок Англии, в котором сошлись «Манчестер Юнайтед» и «Ливерпуль», завершился со счетом 2:2, и оба коллектива стали обладателями этого, «разделенного», трофея. В чемпионате Англии «Юнайтед» опустился на 4-е место, а в розыгрыше Кубка ФА вновь дошел до полуфинала, где уступил «Эвертону» со счетом 0:1.

Относительно удачно выступил «Манчестер Юнайтед» в Кубке европейских чемпионов. В ходе турнира англичане переиграли клубы ХИК Хельсинки (3:2, 6:0), «Форвертс» Берлин (2:0, 3:1), а в четвертьфинале – португальскую «Бенфику» (3:2, 5:1). В полуфинале «красные» встретились с югославским «Партизаном» и по итогам двух матчей были вынуждены уступить футболистам из Белграда (0:2, 1:0).

В сезоне 1966/1967 «Манчестер Юнайтед» вернул себе чемпионский титул. «Ноттингем Форест» и «Тоттенхэм Хотспур» отстали на четыре очка. Футболисты «Юнайтед» стали самой результативной командой чемпионата (в 42-х матчах было забито 84 гола), а по надежности обороны своих ворот (45 пропущенных мячей) показали третий результат после «Ноттингема» (41) и «Лидса» (42). За весь сезо «красные» проиграли всего 6 матчей (лучший результат).

В чемпионском составе «Манчестер Юнайтед» выступали: Бобби Чарльтон (42 матча, 12 голов), Джордж Бест (42/10), Тони Данн (40), Пат Креранд (39/3), Нобби Стайлз (37/3), Денис Лоу (36/23), Дэвид Сэдлер (36/5), Алекс Степни (35), Билл Фоулкс (33/4), Джон Астон-младший (30/5), Бобби Нобл (29), Дэвид Херд (28/16), Шей Бреннан (16), Джон Коннелли (6/2), Дэвид Гаскелл (5), Джимми Райан (5), Ноэл Кантуэлл (4), Джон Фицпатрик (3), Гарри Грегг (2), Вилли Андерсон (1).

Надежный и стабильный голкипер Александр («Алекс») Сирил Степни ранее выступал за клубы «Миллуолл» и Челси». В мае 1966 года «Манчестер Юнайтед» купил Степни за рекордные для вратарей 55 тысяч фунтов. Алекс Степни дебютировал за «Юнайтед» 17.09.1966 в манчестерском дерби против «Манчестер Сити» на «Олд Траффорд» и смог сохранить свои ворота «сухими». Сэр Мэтт Басби позже говорил, что «единственная причина нашего успеха в чемпионате Англии 1967 года – это то, что мы заключили контракт с Алексом Степни». Этот человек защищал ворота «красных» до 1978 года, проведя 545 матчей и даже забив два гола с пенальти в сезоне 1973/1974. А бывший основной вратарь «МЮ» Гарри Грегг летом 1967 года перешел в «Сток Сити».

12.08.1967 «Юнайтед» начал сезон 1967/1968 с матча на Суперкубок Англии против «Тоттенхэм Хотспур» на «Олд Траффорд». Двумя голами в ворота «шпор» отметился Бобби Чарльтон, а Денис Лоу забил третий. Однако «Тоттенхэм» также забил три мяча, и матч завершился вничью со счётом 3:3. Так Суперкубок стал «разделённым» и каждый из клубов хранил его на протяжении шести месяцев.

В чемпионате страны команда Мэтта Басби заняла 2-е место, на два очка отстав от «Манчестер Сити» и на очко опередив «Ливерпуль». При этом «Юнайтед» стал самой результативной командой турнира, забив в ворота соперников 89 голов. Лучшим бомбардиром команды стал Джордж Бест, забивший в 53 матчах 32 гола (в т. ч. 28 голов в 41 лиговом матче). 20 голов на счету Бобби Чарльтона, 17 – воспитанника клуба Брайана Кидда. По итогам сезона Джордж Бест стал лауреатом приза «Золотой мяч», вручаемому лучшему футболисту Европы. Из дебютантов сезона отметим еще одного воспитанника молодежной академии – шотландского защитника Фрэнсиса Бернса (156/7, 1967–1972).

В Кубке чемпионов «Юнайтед» на пути к финалу преодолел сопротивление клубов «Хибернианс» Мальта (4:0, 0:0), «Сараево» (0:0, 2:1), «Гурник» Забже (2:0, 0:1) и «Реал» Мадрид (1:0, 3:3). В финале соперником англичан, которые в этот день играли во всем синем, стала португальская «Бенфика».

Решающий поединок за главный европейский клубный трофей состоялся 29.05.1968 на стадионе «Уэмбли» в Лондоне. На 53-й минуте Бобби Чарльтон вывел «МЮ» вперед, но на 75-й минуте Жайме Граса восстановил статус-кво. Под занавес поединка кипер англичан Алекс Степни отразил удар мощнейший Эусебио в упор, и судья Кончено Ло Белло был вынужден назначить дополнительное время. В самом начале овертайма Джордж Бест вывел англичан вперед, а через минуту Брайан Кидд, которому в день финала исполнилось 19 лет, закрепил успех своей команды. На 99-й минуте свой второй гол забил Бобби Чарльтон, принеся манкунианцам убедительную победу со счетом 4:1!

Так «Манчестер Юнайтед» стал первым английским клубом, выигравшим Кубок европейских чемпионов, спустя год после победы шотландского «Селтика», ставшего первым британским клубом, выигравшим этот турнир в 1967 году. Победа в турнире также ознаменовала завершение десятилетнего периода перестройки «Манчестер Юнайтед» после мюнхенской авиакатастрофы 1958 года. Мэтт Басби создал свою третью великую команду, в которой достойно играли двое выживших под Мюнхеном – Билли Фоулкс, забивший решающий гол в полуфинале «Реалу», и герой финала Бобби Чарльтон.

В этом историческом поединке цвета «Манчестер Юнайтед» защищали: Алекс Степни, Шей Бреннан, Билл Фоулкс, Дэвид Сэдлер, Тони Данн, Пат Креранд, Бобби Чарльтон (капитан), Нобби Стайлз, Джордж Бест, Брайан Кидд, Джон Астон-младший. В запасе остался воспитанник клуба вратарь Джон Джеймс («Джимми») Риммер.

В поединке за Межконтинентальный кубок «Юнайтед» по итогам двух матчей, которые состоялись 25 сентября и 16 октября 1968 года, уступил аргентинскому «Эстудиантесу» (0:1, 1:1). Единственный английский гол в этих встречах забил шотландский вингер Вилли Морган, купленный у «Бернли» за рекордные 117 тысяч фунтов. В обоих матчах судьи удаляли футболистов с поля. В первом матче красную карточку получил Нобби Стайлз, не выдержавший постоянных провокаций со стороны аргентинцев, а во втором после жёсткой стычки и драки поле покинули Джордж Бест и Хосе Уго Медина.

В очередном розыгрыше Кубка чемпионов «Манчестер Юнайтед», обыграв ирландский «Уотерфорд Юнайтед» (3:1, 7:1), «Андерлехт» (3:0, 1:3) и венский «Рапид» (3:0, 0:0), на сей раз добрался лишь до полуфинала, гду уступил итальянскому «Милану» (0:2, 1:0). В чемпионате Англии сезона 1968/1969 «Манчестер Юнайтед» опустился на 11-е место, а из розыгрыша Кубка ФА выбыл в 6-м раунде, проиграв «Эвертону» (0:1). В июне 1969 года команду покинул голкипер Джон Дэвид Гаскелл (119, 1957–1968), а через год ушли ветераны Билл Фоулкс и Джеймс «Шей» Бреннан (359/6, 1958–1970).