Хотя рыцари Святого Иоанна и владели церковью и монастырем в Венеции (которые они унаследовали от рыцарей ордена тамплиеров после его распада в 1312 году), жители Венеции в течение веков искренне их недолюбливали, а те отвечали им взаимностью. И в этом нет ничего удивительного. С тех пор как этот орден стал весьма влиятельным во всей христианской Европе, рыцари-монахи с презрением относились к торговле и коммерческой деятельности.

Как люди, посвятившие себя Богу и связанные обетами монашества, которые предполагали бедность, безбрачие и смирение, они не одобряли присущую жителям Венеции привязанность к жизненным благам и любовь к удовольствиям. В конце концов, как воители и приверженцы «священной войны», они открыто преследовали свою цель, которая помимо лечения больных заключалась в том, чтобы бороться с неверными повсюду. И они сокрушались по поводу стремления венецианцев к миру с султаном, такое поведение они считали постыдным предательством христианского дела.

К середине XVII века рыцари ордена иоаннитов были жалким подобием того, кем они являлись в те героические дни, всего 80 лет назад, когда благополучно защищали свой остров от Сулеймана I Великолепного. Они продолжали работать в своих знаменитых госпиталях, где по-прежнему поддерживали самый высокий уровень гигиены и ухода за больными; но их благочестивый запал начинал угасать, а морские операции все более походили на обычное пиратство, нежели на благородную войну. И они не только не ограничивались грабежами мусульманских судов, но и беспричинные нападения на венецианские и другие христианские торговые суда, повод для которых был незначителен, становились обычным делом.

Одним словом, для жителей Венеции мальтийские рыцари превратились в угрозу, хоть и менее страшную, нежели ускоки в прошлом. Хуже всего то, что они переняли старую ускокскую тактику, нападая на турецкие корабли в Адриатическом море, — практика, за которую султан неизменно считал ответственной Венецию. Все это привело к весьма закономерным неприятностям для дружеских отношений между Риальто и Высокой Портой, которые были очень важны.

Не один раз дож вынужден был посылать за местными представителями правопорядка, чтобы выразить гневный протест куда более неистовый, чем в сентябре 1644 года, когда он зашел так далеко, что угрожал наложением ареста на все имущество рыцарей ордена иоаннитов на территории республики, если они не изменят свое поведение к лучшему. Однако рыцари, как и прежде, не обратили на это внимания. Вместо этого, примерно месяц спустя, они легкомысленно спровоцировали тот самый инцидент, который стал отправной точкой и в итоге привел к большим несчастьям в Венеции.

Путешествуя по Эгейскому морю в начале октября, эскадра из 6 кораблей напала и захватила богатый турецкий галеон, на борту которого находились высокопоставленные паломники, направлявшиеся в Мекку, среди которых были: старший евнух султанского двора, кадий Мекки, около 30 женщин из гарема и примерно 50 греческих рабов. Потом они уплыли со своей добычей на Крит, где высадились в неохраняемом месте на южном побережье, пополнили запасы воды, высадили рабов и несколько лошадей. Вскоре вернулся местный венецианский чиновник и, не желая быть вовлеченным в это чистой воды пиратство, приказал им покинуть это место. Они несколько раз пытались высадиться в различных портах острова, но каждый раз встречали категорический отказ. В конце концов они бросили турецкое судно (которое больше не годилось для плавания) на произвол судьбы и вернулись на Мальту.

В то время турецкий трон занимал полубезумный султан Ибрагим, который всю свою жизнь, до вступления на престол в 1640 году, провел в турецком дворце фактически как узник; за свое короткое правление он запомнился как жестокий, легкомысленный и безнравственный правитель, которому суждено было погибнуть от рук своих же разгневанных подданных в 1648 году. Узнав о судьбе судна, он пришел в бешенство и приказал немедленно убить всех христиан в его империи. К счастью, позднее его убедили отменить этот приказано вскоре стало ясно, что он обдумывал карательную экспедицию. Венецианские агенты сообщили, что в Босфоре снаряжается огромный военный флот. Сначала предположили, что этот флот направят на Мальту, предположение это было подкреплено официальным заявлением в марте 1645 года; однако депеша от венецианского байло пришедшая в Венецию из Константинополя, содержала срочное предупреждение о том, что это обманный маневр. Султан, утверждает он, убежден, что за всей той историей стояли венецианцы — иначе зачем пираты стояли прямо у Крита? Венеция, а не рыцари ордена иоаннитов, была его настоящим врагом; Крит, а не Мальта — его непосредственная цель.

Вскоре выяснилось, что байло прав. 30 апреля турецкий флот в составе четырехсот парусных судов, с примерно 50 000 воинов на борту, прошел через Дарданеллы. Сначала они двигались на Мальту, как и было объявлено, проходя как раз мимо Крита и направляясь к Наварино (современный Пилос, на юго-западной границе Пелопоннеса) для пополнения боеприпасов и продовольствия. И только на обратном пути 21 июня выяснилось, что курс изменился. Через три дня флот скрылся из виду у мыса Спата, и 25 июня армия захватчиков высадилась чуть западнее Ханьи и вошла в город. Начался первый этап сражения.

Крит — или, как венецианцы стали именовать его по названию столицы, Кандида — был первым венецианским приобретением, став колонией с 1211 года; остров отошел к Венеции после того, как франки захватили Константинополь. Его правительство состояло из местных граждан, а его глава носил титул дожа (однако состоял на службе только 2 года). Существовали местная синьория и Большой совет, но эта система никогда не работала так же, как в Венеции. Самые богатые районы острова находились на территории обширных феодальных поместий, которыми владели знаменитые венецианские семейства, чьи несметные состояния и занимаемое положение помогли завоевать любовь местного греческого населения. Эти семейства по очереди жаловались на отсутствие реальной политической власти; все главные чиновники, занимающие ключевые посты, присланы из Венеции, где принимались все важные решения. Оборону в мирные времена поддерживали благодаря феодальным отрядам (которые набирали и содержали за счет крупных землевладельцев) и местного народного ополчения из горожан и крестьян; однако обе стороны хотели отделаться от своих обязанностей, и дисциплина явно страдала. Взяточничество и коррупция были обычным явлением, казна всегда пустовала, а сама колония являлась неизменным источником ресурсов Венеции. В 1574 году дело дошло до того, что прислали некоего Джакомо Фоскарини, чиновника с особыми полномочиями, чтобы тот провел реформы. Очень скоро он добился значительных успехов: ввел более точную систему учета и справедливые методы налогообложения, уничтожил коррупцию, возродил набор рекрутов и народное ополчение, привел в порядок разрушенные укрепления. Однако после его отъезда жители Крита постепенно вернулись к прежнему укладу. А теперь, когда нависла угроза турецкой атаки, венецианское правительство приказало провести новую, очень решительную программу, отправив вместе с армией в две с половиной тысячи человек, включая военных инженеров, флотом, насчитывавшим 30 галер и 2 галеаса, своего главного проведитора — Андреа Корнаро. Команду предполагалось набрать уже на самом острове. Потом начали готовить флот, который должен был как можно скорее выйти в море. Это произошло 10 февраля 1645 года. С флотом отправили дополнительную сумму в размере 100 тысяч дукатов и распоряжения Корнаро, чтобы тот принял все необходимые меры для отражения противника. Корнаро, подобно Фоскарини, действовал разумно и эффективно; однако средств, которыми он располагал, не хватало для выполнения порученного ему задания, не хватало и времени. Даже когда он спешил к береговому плацдарму в роковой июньский день, он должен был знать, что Шансов удержать остров практически нет.