На переигровку, проведенную 17 мая на том же стадионе, Алекс Фергюсон поставил в ворота «Юнайтед» Леса Сили. Сменили и форму. Вместо белых футболок, в котором «Юнайтед» проводил первый матч, игроки вышли на поле в своей традиционной красно-белой форме. Смена голкипера и формы помогла – «МЮ» победил соперника со счётом 1:0, благодаря голу флангового защитника Ли Мартина на 59-й минуте игры. Это был первый трофей Алекса Фергюсона в качестве главного тренера «МЮ» и именно с этой виктории началась «золотая» эра в истории «Манчестер Юнайтед».

В первом финальном поединке цвета «МЮ» защищали: Джим Лейтон, Майк Фелан, Стив Брюс, Гари Паллистер (Марк Робинс), Ли Мартин (Клейтон Блэкмор), Нил Уэбб, Дэнни Уоллес, Пол Инс, Брайан Робсон (капитан), Брайан Макклер, Марк Хьюз. В переигровке ворота защищал Лес Сили, а замен по ходу матча не было. Фергюсон стал первым в истории британским тренером, сумевшим выиграть и Кубок Англии, и Кубок Шотландии.

Перед началом сезона 1990/1991, кроме ирландского защитника Денниса Ирвина из «Олдем Атлетик» (сумма трансфера 625 тысяч фунтов) и пары совсем юных воспитанников реформированной по инициативе Алекса Фергюсона молодежной Академии, среди которых были валлийский вингер Райан Гиггз и Даррен Фергюсон (сын главного тренера), команда никого не приобрела. После успеха в Кубке Англии Фергюсон поверил в своих ребят и считал, что добиться большего сможет именно с этим коллективом.

Купленный у донецкого «Шахтера» за 650 тысяч Андрей Канчельскис, провел за «МЮ» в этом сезоне лишь один лиговый матч. В августе 1990 года покинул коллектив Майк Даксбери, а в январе следующего года в «Шеффилд Уэнсдей» отправился Вив Андерсон (69/4, 1987–1991). Джима Лейтона, проведшего за «МЮ» 94 официальных матча, в марте 1991 года отдали в аренду «Арсеналу».

Сезон команда начала 18.08.1990 матчем против «Ливерпуля» за Суперкубок Англии. Игра завершилась вничью со счётом 1:1. Первый гол в матче на 44-й минуте забил Клейтон Блэкмор, но Джон Барнс в начале второго тайма сравнял счёт с пенальти. Трофей по очереди получили обе команды, каждая – на шесть месяцев. Это был последний розыгрыш Суперкубка Англии, в котором обоим клубам была присуждена «разделённая» победа.

В чемпионате Англии «Юнайтед» занял 6-е место, из розыгрыша Кубка ФА вылетел в пятом раунде, проиграв со счетом 1:2 «Норвич Сити», и во второй раз в своей истории вышел в финал Кубка Футбольной лиги, где уступил клубу «Шеффилд Уэнсдей» (его главным тренером был бывший главный тренер «красных» Рон Аткинсон) со счетом 0:1.

Сезон 1990/1991 стал первым после возвращения английских клубов в еврокубки Дисквалификация, наложенная УЕФА в связи с действиями болельщиков «Ливерпуля» в Эйзельской трагедии, завершилась. «Манчестер Юнайтед» стартовал в розыгрыше Кубка обладателей кубков, где поочередно переиграл клубы «Печ» из Венгрии (2:0, 1:0), «Рексем» Уэльс (3:0, 2:0), «Монпелье» Франция, с Карлосом Вальдеррамой, Лораном Бланом и Венсеном Гереном в составе (1:1, 2:0), и «Легия» Варшава (3:1, 1:1), который в 1/4 финала выбил из борьбы действовавшего обладателя Кубка обладателей кубков «Сампдорию». Соперником англичан в финале стала испанская «Барселона». По пути к финалу дружина Йохана Круиффа во главе с Микаэлем Лаудрупом, Рональдом Куманом, Христа Стоичковым и целой россыпью звезд сборной Испании победила киевское «Динамо» и «Ювентус».

Финальная игра состоялась 15.05.1991 на стадионе «Де Куип» в Роттердаме и завершилась победой «Манчестер Юнайтед» со счётом 2:1. В этом матче «МЮ» прессинговал и действовал очень атлетично. На 67-й минуте манкунианцев вывел вперед Марк Хьюз, игравший против своей бывшей команды – он замкнул передачу Стива Брюса после розыгрыша штрафного.

Спустя семь минут Хьюз нанес мощнейший удар, и резервный вратарь испанцев Карлос Бускетс (основной голкипер Андони Субисарета был дисквалифицирован, как и Гильермо Амор) не смог выручить «гранатово-синих» – 2:0. За десять минут до финального свистка Рональд Куман метким выстрелом со штрафного отквитал один гол, вернув игре интригу. После этого каталонцы всей командой пошли на штурм и создали достаточно моментов для взятия ворот Леса Сили, но подопечные шотландского специалиста выстояли и завоевали Кубок кубков, достойно отпраздновав возвращение английских клубов на европейскую арену.

За победителей, выступавших на этот раз во всем белом с красной отделкой, играли: Лес Сили, Денис Ирвин, Стив Брюс, Гари Паллистер, Клейтон Блэкмор, Майк Фелан, Брайан Робсон (капитан), Пол Инс, Ли Шарп, Брайан Макклер, Марк Хьюз. В запасе в тот день остались голкипер Гари Уолш, Мэл Донахи, Нил Уэбб, Марк Робинс и Дэнни Уоллес.

Фергюсон стал первым тренером с Туманного Альбиона, который с двумя разными командами побеждал в Кубке обладателей кубков. По окончании сезона Марк Хьюз был признан игроком года в Англии по версии футболистов, а Ли Шарп получил награду лучшего молодого игрока.

19.11.1991 «Манчестер Юнайтед» завоевал свой четвертый трофей за последние полтора года, обыграв в матче за Суперкубок Европы обладателя Кубка чемпионов «Црвена Звезду» с минимальным счетом 1:0 благодаря голу Макклера. Сначала предполагалось, что будет сыграно два матча, по одному на домашнем стадионе каждого из клубов, но из-за начавшейся в Югославии гражданской войны, УЕФА приняла решение не проводить второй матч, присудив победу англичанам по результатам игры на «Олд Траффорд».

За «Манчестер Юнайтед» в матче за Суперкубок УЕФА играли: Петер Шмайхель, Денис Ирвин, Стив Брюс (капитан), Гари Паллистер, Ли Мартин (Райан Гиггз), Андрей Канчельскис, Нил Уэбб, Пол Инс, Клейтон Блэкмор, Брайан Макклер, Марк Хьюз.

Сезон 1991/1992 стал для «Манчестер Юнайтед» последним, проведенным в Футбольной лиге, и завершился завоеванием титула вице-чемпиона Англии. Ставший чемпионом «Лидс Юнайтед» в упорной борьбе опередил «красных» на четыре очка. «Манчестер Юнайтед» в этом сезоне пропустил в свои ворота лишь 33 мяча, обойдя по этому показателю всех участников турнира. В ворота соперников «красные» забили 63 гола, уступив «Арсеналу» (81), «Лидсу» (74), «Шеффилд Юнайтед» (65), и показав одинаковый результат с занявшим 17-е место «Олдем Атлетик». Лучшим бомбардиром команды в этом сезоне стал Брайан Макклер, забивший во всех турнирах 25 голов, в т. ч. 18 в чемпионате.

В розыгрыше Кубка Футбольной лиги «Юнайтед» переиграл клубы «Кембридж Юнайтед» (3:0, 1:1), «Портсмут» (3:1), «Олдем Атлетик» (2:0), «Лидс Юнайтед» (3:1), «Мидлсбро» (0:0, 2:1 в дополнительное время), а в финале, который прошел 12.04.1992 на «Уэмбли», со счетом 1:0 победил «Ноттингем Форест». Победный гол на 14-й минуте забил Брайан Макклер. Эта победа стала первой для «красных» в розыгрыше Кубка Футбольной лиги.

В турнире Кубка обладателей кубков англичане, обыграв «Афинаикос» (0:0, 2:0), дошли лишь до второго раунда, где уступили мадридскому «Атлетико» (0:3, 1:1).

Из дебютантов «Юнайтед» отметим датского вратаря из клуба «Брёндбю» Петера Шмайхеля и английского защитника Пола Эндрю Паркера, купленного за два миллиона фунтов в «Куинз Парк Рейнджерс». Юный валлийский вингер Райан Гиггз пробился в этом сезоне в основной состав, проведя 51 официальный матч и забив 7 голов, и получил награду «Молодой игрок года по версии ПФА». Закрепился в составе и Андрей Канчельских, на счету которого 42 матча и 8 забитых голов.