Брестский мирный договор между Россией и странами Четверного союза (Германией, Австро-Венгрией, Болгарией и Турцией) был подписан 3 марта 1918 года. В Петрограде 6–8 марта прошел VII Чрезвычайный съезд РКП(б). После долгих дебатов большинство его делегатов проголосовали за утверждение мирного договора. Наряду с этим съезд уполномочил ЦК разорвать все мирные договоры с буржуазными государствами и объявить им войну, когда наступит удобный момент. Резолюция «О войне и мире» сохранялась в тайне, в печати было опубликовано лишь краткое сообщение о поддержке ратификации Брестского мира.

Но еще в январе 1918 года при Чрезвычайном штабе Московского военного округа появился новый Оперативный отдел, который в марте, после заключения Брестского мира, передали в ведение Наркомата по военным и морским делам. Начальником этого отдела был назначен Семен Иванович Аралов (1880–1969). (Первый начальник Регистрационного управления (Региструпра), или военной разведки.)

С. И. Аралов с 1902 года служил в армии, где вступил в кружок социал-демократов. Участвовал в революции 1905–1907 годов, заочно был приговорен к расстрелу. За Первую мировую войну был награжден пятью боевыми орденами, имел звание штабс-капитана. Член РКП(б) с марта 1918 года. В октябре 1918-го — июле 1919 года — военком Полевого штаба РВСР и одновременно начальник Регистрационного управления (военной разведки). Затем по рекомендации Ленина был направлен на международную и дипломатическую работу.

В оперативном подчинении Аралова находился Центральный штаб партизанских отрядов, начальником штаба которого был назначен П. И. Шишко, а помощником — А. И. Ковригин. После подписания Брестского мира штаб был переименован в Особое разведывательное отделение Оперотдела. Отделение отвечало за координацию и руководство действиями партизан в тылу любого противника в интересах Красной армии.

В приказе В. А. Антонова-Овсеенко от 11 марта 1918 года (на тот момент Антонов-Овсеенко был Верховным главнокомандующим советскими войсками Юга России) говорилось, что в тылу неприятеля необходимо всячески терроризировать врага: портить пути сообщения, взрывая мосты, полотно шоссейных и железных дорог; прекращать телеграфное и телефонное сообщение, разрушая линии передач и провода; уничтожать продовольственные и другие запасы, которые могут быть использованы вражескими войсками. Приказ предписывал доставлять в штабы точные сведения о количестве и расположении неприятельских войск, дезорганизовывать вражеские войска путем устной агитации и путем распространения специальной литературы среди солдат противника. Этот приказ является подтверждением того, что тактические (временное сотрудничество с кайзеровской Германией) и стратегические (победа мировой революции) интересы лидеров Советской России были диаметрально противоположны. (Что касается сотрудничества с немцами. В конце августа — начале сентября 1918 года Антонов-Овсеенко был направлен во главе советской делегации в Берлин для заключения соглашения о возможности участия немецких войск в борьбе с воинскими контингентами Антанты, высадившимися на севере России.)

В мемуарах С. И. Аралова приводится его разговор с Лениным: «Однажды (это было, кажется, в начале апреля 1918 года) Ильич во время моего очередного доклада поинтересовался, где я разместил Особый разведывательный отдел. Я сказал, что он пока находится при Опероде на Пречистенке. Ленин очень встревожился и заявил мне: “Как же это вы, батенька, так неосмотрительны, забыли конспирацию? Ведь вы вели подпольную работу. Немедленно найдите отдельное помещение и доложите мне. Надо быть сугубо осторожным. Не все работники Оперода должны знать о помощи, какую мы оказываем партизанам, особенно украинским. Умело соблюдайте тайну, никаких записок и писем не посылать. Действуйте устно через верных людей. По телефону говорите условно, шифром”. Затем, помолчав, Ленин спросил: “А чем занимается сейчас Ковригин?” — “Он комиссар по особым поручениям”, — ответил я. “Вот это правильно! Немцы не должны иметь повода для предъявления нам претензий. Не забывайте, что расхлябанность может привести к гибели наших людей в тылу врага”. Вскоре для Особого разведывательного отделения мы подыскали отдельное помещение в Левшинском переулке». (Аралов С. И. Ленин вел нас к победе. Воспоминания. М., 1989.)

Беспокойство Ленина по поводу строгой конспирации в деятельности специальных структур Оперотдела вызывалось тем, что официально между Россией и Германией был заключен мир. Партизанские отряды по мере возможности снабжались оружием, боеприпасами, взрывчаткой, деньгами и специалистами, имевшими значительный опыт подпольной работы.

По прямому указанию Ленина при Особом разведывательном отделении была создана школа подрывников, ее начальником назначили опытного партийного подпольщика и специалиста по активной разведке Ковригина. Обучение в школе проходили не только прибывавшие с Украины партизаны, но и специально отбиравшиеся кадры из России. В курс обучения входили военная, политическая разведывательная, разнообразная специальная и политическая подготовка. Для проведения практических занятий в распоряжении учеников школы имелись разнообразное стрелковое оружие, специальное снаряжение и даже артиллерийские орудия. Финансирование школы и ее выпускников нелегально осуществлялось в советской и иностранной валюте.

В мае 1918 года сотрудники ВЧК с помощью добровольных заявителей и помощников, а не секретных агентов (!) раскрыли законспирированную офицерскую организацию «Союз защиты Родины и Свободы», возглавлявшуюся Б. В. Савинковым. Один из руководителей организации А. А. Дикгоф-Деренталь впоследствии писал: «Союз к этому времени обладал достаточными силами для того, чтобы неожиданным выступлением захватить Москву… Захватить наиболее важные стратегические пункты страны, арестовать Совет народных комиссаров и т. д. не представляло особых трудностей именно в тот момент. Но, захватив город, нужно еще было в нем суметь продержаться… Первое было чрезвычайно трудно ввиду присутствия в Москве значительного числа организованных и вооруженных германских военнопленных, негласно находящихся под командой германских офицеров, и особенно ввиду возможности немедленного движения на Москву регулярных германских войск…»

В декабре 1918 года в ВЧК был создан Военный отдел, в ведение которого из Регистрационного управления передана вся контрразведывательная работа в Вооруженных силах. В январе 1919 года появляется Особый отдел ВЧК для борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте. Решение о передаче контрразведывательной работы в армии чекистам стало следствием серьезной внутрипартийной и межличностной борьбы в верхних эшелонах РКП(б). Аппарат особых отделов не только выполнял контрразведывательные функции, но и надзирал за лояльностью командного состава Красной армии. К тому времени Л. Д. Троцкий привлек на службу в Красную армию десятки тысяч бывших царских офицеров, но не все из них служили большевикам из принципиальных соображений. Случаи измены военнослужащих, перехода на сторону белых целых подразделений были нередки. В июле 1919 года арестовали на восемь месяцев главнокомандующего Вооруженными силами Республики бывшего полковника русского Генерального штаба И. И. Вацетиса. Ожесточенная борьба за военную контрразведку между группировками Троцкого и Дзержинского фактически являлась борьбой за информацию о настроениях в Красной армии. В форме особых отделов руководство РКП(б) постепенно восстановило в армии систему органов политической полиции, бездумно ликвидированную в свое время