Предусмотрительного Жданова смутили и некоторые чисто научные темы будущего конгресса. Так, он предупредил, что тема «Общность славянских народов по данным этнографии» может привести к нежелательным последствиям, задеть некоторые болезненные вопросы межславянских отношений: «На что тут будут акцентировать? Надо ли нам заниматься такими вопросами, как, скажем, вопрос о том, стоят ли галицийские украинцы ближе к великороссам или к западным славянам, какая степень родства между великороссами и украинцами, великороссами и белорусами или нет ли у великороссов примеси татарской крови и т. п. На что будут делать упор — на различия или же на самую общность? Надобно ли, чтобы мы, русские, взяли эту тему и её скандировали? Пойдут разговоры о "младших братьях" и т. д.».

Интересно, что Жданов выступил против приглашения на конгресс учёных-славистов из США, Великобритании и Франции с характерным обоснованием: «Пусть эти учёные обуздают сначала своих правителей и заслужат честь быть приглашёнными Советским Союзом».

Естественно, в ходе подготовки к конгрессу славистов из славянских стран не остался без внимания и актуальный вопрос о возможном политическом союзе этих родственных народов. Андрей Жданов, учитывая международную обстановку, сформулировал проблему следующим образом: «Нельзя так, неправильно говорить, что на определённом этапе главным врагом славян была Германия, а теперь, поскольку её разгромили, главный враг славян — Америка. Мы можем дать этим повод американской пропаганде для обвинения нас в том, что славянство объединяется против США. Могут сказать, что Конгресс есть звено в цепи подготовки славян к столкновению с Америкой. Это, конечно, не значит, что мы фактически не объединяем славян, это объединение идёт. Но не надо выступать сейчас с этим, пусть пальма первенства в объединении блоков принадлежит самим американцам. США и Англия ищут сейчас всякого повода для того, чтобы обвинить нас в объединении славян против них. Зачем мы будем давать им в руки этот козырь?»

Несложно заметить, что Жданов всячески одобрял объединение всего славянства вокруг сталинского Кремля, но он предлагал временно отказаться в этом деле от всяческих формальностей, дабы не давать в руки геополитических соперников лишние пропагандистские доводы.

На совещании 27 марта 1948 года из уст Жданова впервые за пределами «узкого круга» политбюро прозвучала и пока ещё осторожная критика руководства Югославии. Жданов осудил «неправильные концепции», распространённые в некоторых странах народной демократии, «как, например, в Югославии», где утверждается, что есть путь «более верный и более надёжный, чем тот путь, по которому шёл Советский Союз». «В речах некоторых руководителей этих стран отсутствует марксистский анализ», — пояснил товарищ Жданов.

В итоге подготовку конгресса славистов сочли недостаточной, и решением политбюро, с подачи Жданова, мероприятие перенесли с апреля на июнь 1948 года. К тому времени раскол между СССР и Югославией станет публичным и похоронит идею «славянского съезда» — московский конгресс учёных-славистов так и не состоится.

Но апрель 1948 года всё же запомнится Андрею Жданову одним научным мероприятием, которое неожиданно испортит ему немало нервов. И связано это будет с его сыном Юрием.

Майор Жданов, демобилизовавшись из армии, осенью 1945 года стал ассистентом на кафедре органической химии МГУ и одновременно учился в аспирантуре Института философии под руководством уже известного нам химика и философа Бонифатия Кедрова. Молодого учёного привлекали проблемы на стыке наук, и в 1945—1947 годах Юрий Жданов опубликовал в журнале «Октябрь» две статьи о взаимосвязи биологии и эволюции человечества. Журнал регулярно читал Сталин, и небанальная статья сына ближайшего соратника привлекла внимание всесильного вождя. Произошло это в октябре 1947 года, когда Сталин отдыхал на даче в Сочи. Там же в это время отдыхала и семья Жданова — консилиум кремлёвских врачей отправил Андрея Александровича в лечебный отпуск в связи с обострившейся болезнью сердца. Отпуск Жданов использовал и для личного доклада вождю о ходе первого совещания Коминформа. Вместе с женой на госдачу в Сочи отправились сын и старшая сестра Жданова Анна Александровна.

Иосиф Сталин дважды — 18 октября и 10 ноября — приглашал к себе на дачу Юрия Жданова. Тот приезжал в гости к вождю вместе с тётей, работавшей, кстати, в редакции того самого журнала «Октябрь», где печатался Юрий. Живший одиноко Сталин к многочисленной женской родне своего ближайшего приятеля Андрея Жданова относился несколько иронично, называя кремлёвскую квартиру Ждановых «бабьим царством». Но сын нашего героя явно импонировал стареющему вождю — Юрий Жданов действительно был эталонным представителем «золотой молодёжи», воспитанной в советском духе: с детства серьёзно учился, в годы войны не прятался от фронта, но в отличие от того же Василия Сталина (с ним Юрий был в приятельских отношениях) не был замечен в шумных гулянках и скандалах, наоборот, усердно и успешно занимался наукой. В беседе с молодым учёным, хорошо знакомым ему с детства, Сталин хотел из первых уст получить сведения о проблемах химии и биологии, а также о положении в главном университете страны.

Итог встреч получился довольно неожиданным — Сталин предложил Юрию Жданову поработать в аппарате ЦК, в отделе, курирующем науку. Жданов-старший был против, он явно предпочитал для сына куда более спокойную и надёжную карьеру советского учёного. Однако активно сопротивляться пожеланию старшего товарища наш герой не хотел, да и не мог. К тому же Юрий Жданов с честолюбием молодости и под впечатлением лестных оценок вождя был совсем не против поработать на политической ниве в столь солидном учреждении.

1 декабря 1947 года Юрий Жданов был назначен на должность заведующего отделом науки Управления пропаганды и агитации ЦК ВКП(б). В принципе, это была испытанная кадровая политика сталинизма — бросать на ответственную работу замеченного свыше молодого специалиста и смотреть, справится или нет. Но здесь была существенная разница: новый выдвиженец состоял в родстве со вторым человеком в сталинской иерархии.

Как всякий «неофит» на высокой должности, Юрий Жданов сразу развил кипучую деятельность и в целом удовлетворял строгим требованиям того непростого времени. Так, именно он активно участвовал в реализации проекта нового комплекса МГУ на Ленинских (Воробьёвых) горах в Москве. Но уже в апреле 1948 года Юрий совершил одну аппаратную ошибку, споткнувшись на так увлекавшей его биологии — по неопытности он забыл, что является крупным партийным чиновником, а не молодым учёным, и неосторожно влез в биологические дискуссии вокруг академика Лысенко.

Сам Юрий Андреевич вспоминал об этом так: «Подмываемый молодым задором, 10 апреля 1948 года я выступил на семинаре лекторов обкомов и горкомов ВКП(б) в зале Политехнического музея с лекцией на тему "Спорные вопросы современного дарвинизма". К интригам я и тогда не очень был приспособлен, да и сейчас плохо в них плаваю, и не знал, что, пока я читал лекцию, за спиной в подсобном помещении музея меня слушали и записывали Т.Д. Лысенко и М.Б. Митин».

Лекция Юрия Жданова действительно содержала умеренную критику концепций и действий Трофима Лысенко. Последний знал о том, что новый куратор науки к нему не благоволит, и прослушал выступление Жданова-младшего по репродуктору в одном из кабинетов музея. Марк Митин, хотя лично и распинался в преданности по итогам «философского съезда», был противником группировки Жданова-старшего.