Ошибку Жданова-младшего должно было исправить запланированное постановление политбюро «О положении в советской биологической науке». Однако такое постановление с критикой доклада товарища Жданова Юрия Александровича так и не появилось. Либо Жданов-старший «подрессорил» ситуацию, либо сам Сталин отказался от слишком уж официального наказания Юрия, которому явно благоволил. Тем не менее проект такого постановления в секретариате Андрея Жданова с критикой его сына был подготовлен.

Спустя некоторое время Шепилов настоятельно посоветовал своему подчинённому Юрию Жданову: «Надо определить своё отношение к тому, что произошло на заседании Политбюро». (Напомним, что Шепилова и Жданова-младшего связывали не только чиновничьи отношения — они познакомились ещё во время войны на 3-м Украинском фронте.) Юрий написал Сталину письмо, где, отметив достижения Лысенко, всё же попытался обосновать свою критику. Спустя десятилетия он вспомнил рассказ отца, как в «узком кругу» членов политбюро Сталин зачитал его письмо вслух. Молотов суховато заметил, что Жданов-младший «недостаточно разоружился», а Берия обратился к Жданову-старшему: «Всё это, Андрей, конечно, крайне неприятно, но надо быть выше отцовских чувств».

Иосиф Сталин явно мог «быть выше отцовских чувств», о чём недвусмысленно свидетельствуют исторические факты. Тут Жданов точно не стал бы с ним соперничать — и, наверное, именно поэтому он был вторым человеком в той жестокой системе и не мог, даже не хотел, быть первым. Именно в те дни 1948 года он сказал сыну: «Я не хочу пережить Сталина».

Состояние здоровья Жданова ухудшалось. Напряжённая деятельность в 1920—1930-е годы, действительно каторжный труд во время войны и не многим меньшие нагрузки в 1946—1948 годах всё тяжелее сказывались на его больном сердце. Врачи настоятельно советовали ему изменить характер работы, предупреждая, что с таким напряжением он ходит по краю пропасти и ему осталось не более года. Свой отказ Жданов сформулировал коротко и афористично, в присущем ему стиле: «Лучше физическая смерть, чем смерть политическая».

Последним политическим действием Жданова стало второе совещание Коминформа (Информбюро коммунистических и рабочих партий). С конца марта 1948 года в переписке руководства СССР и Югославии было уже заметно растущее раздражение сторон. 4 мая в Белград ушло письмо с предложением рассмотреть советско-югославские разногласия «на ближайшем заседании Информбюро». Послание в адрес Тито было подписано Сталиным и Молотовым, но готовилось ими совместно со Ждановым — 2, 3 и 4 мая Сталин, Молотов и Жданов провели в кремлёвском кабинете вождя почти 12 часов, больше никто тот кабинет в эти три дня не посещал. Историки вполне справедливо говорят о «югославском шоке» — для сталинского руководства неожиданный раскол с социалистической Югославией стал не только политическим, но и тяжёлым психологическим ударом.

Обсуждать разногласия публично, в присутствии других компартий, Тито отказался. И Жданов начал готовить второе совещание Коминформа с запланированным осуждением «югославских ревизионистов». Май 1948 года прошёл для него в шифропереписке с лидерами европейских коммунистов. Первоначально совещание планировали провести на Украине, но потом перенесли поближе к Югославии — в румынский Бухарест. Письма лидерам зарубежных партий уходили за подписью Суслова, как начальника Отдела внешней политики ЦК ВКП(б), но готовились лично Ждановым. В архивах ЦК тщательно просматривалась документация Коминтерна, связанная с деятельностью Тито в 1920—1930-е годы. Одновременно Жданов подготовил проект итогового документа будущего совещания Коминформа — резолюцию «О положении в коммунистической партии Югославии».

15 июня 1948 года Сталин, Молотов и Жданов общались с Анатолием Лаврентьевым, вызванным в Москву советским послом в Югославии. На следующий день поздно вечером в кабинете Сталина состоялось заседание политбюро, на котором присутствовали хозяин кабинета, Жданов, Молотов, Микоян, Берия, Булганин, Маленков, Каганович, Вознесенский. Помимо них на заседание пригласили Суслова и лидера греческих коммунистов Захариадиса (ситуация в Греции была тесно связана с югославской и балканской политикой). В ночь с 16 на 17 июня политбюро приняло постановление делегировать на совещание Коминформа трёх представителей ЦК — Жданова, Маленкова и Суслова.

Уже 19 июня 1948 года все трое были в Бухаресте, где вечером под председательством Жданова началось второе совещание Информационного бюро коммунистических партий. Помимо советских представителей присутствовали лидеры компартий Болгарии, Румынии, Венгрии, Польши, Чехословакии, Франции и Италии — те же, что и на первом совещании 1947 года, кроме руководства КПЮ.

Тито от имени Коминформа направили телеграмму с предложением принять участие в собрании. В течение суток ждали ответа из Югославии, откуда утром 21 июня поступил многословный дипломатический отказ. В два часа дня товарищ Жданов огласил собравшимся подготовленный им «Доклад о положении в коммунистической партии Югославии». В течение примерно пятидесяти минут он обвинял партию Тито в тяжких грехах: «отходе от линии марксизма-ленинизма», в «недостойной политике шельмования советских военных специалистов и дискредитации Советской Армии», в «ревизии марксистско-ленинского учения о партии» и т. п. Жданов поставил в вину Тито «отход от позиций рабочего класса» и «марксистской теории классов и классовой борьбы», подобно «оппортунистам типа Бухарина».

«Созданный югославскими руководителями бюрократический режим внутри партии, — говорил товарищ Жданов, — является губительным для жизни и развития Югославской компартии… Такой тип организации Югославской компартии нельзя назвать иначе как сектантско-бюрократическим. Он ведёт к ликвидации партии как активного, самодеятельного организма, культивирует в партии военные методы руководства, подобные методам, насаждавшимся в своё время Троцким».

Многие обвинения были вполне реальными, но с теми же основаниями их можно было предъявить и сталинской компартии. Фактически главной виной югославов было несоблюдение субординации, неподчинение маршала Тито генералиссимусу Сталину Но Жданов искусно маскировал эту понятную всем мысль вязью вполне реальных, но второстепенных практических и теоретических «грехов».

Отметим любопытный абзац в самом конце ждановского доклада: «Югославские руководители, видимо, не понимают или, возможно, делают вид, что не понимают, что подобная националистическая установка может привести лишь к перерождению Югославии в обычную буржуазную республику, к потере независимости Югославии и к превращению Югославии в колонию империалистических стран».

Здесь товарищ Жданов оказался вольным или невольным пророком — даже успешно лавируя между советским блоком и Западом, Югославия к концу правления Тито оказалась обречёнными на распад задворками Европы, с гиперинфляцией, пещерным национализмом и миллионами югославских гастарбайтеров за пределами страны.

В июне 1948 года делегаты европейских компартий без колебаний осудили поведение югославских товарищей, тем более что все присутствовавшие помнили, как на первом совещании Коминформа именно представители КПЮ отличились задорной критикой итальянских и французских коллег. Как высказался Жак Дюкло: «Совершенно нормально, что Информационное бюро должно рассмотреть вопрос о положении в коммунистической партии Югославии. Руководители этой партии должны были бы первыми на это согласиться, тем более что они на предыдущем совещании Информбюро не преминули воспользоваться своим правом критики в отношении других партий».