Недоброжелателей у Лысенко в то время в академической среде хватало с избытком. Но здесь была совсем иная ситуация — все прекрасно знали, чьим сыном является Юрий Жданов, поэтому критика Лысенко из его уст на собрании ответственных работников партии воспринималась не как личное мнение или приглашение к дискуссии. Такое выступление можно было расценивать как спущенную свыше команду «фас». Опытный аппаратчик от науки, Лысенко тут же оценил всю опасность и неделю сочинял письмо на имя Сталина и Жданова-старшего с возражениями против выступления Юрия Жданова. Не дождавшись ответа, Лысенко сделал решительный ход — И мая 1948 года поставил вопрос о своей отставке с поста президента Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук. Эта должность входила в номенклатуру политбюро, и такое заявление уже не могло остаться без внимания высших властителей СССР. Тут же подсуетился и главный аппаратный соперник Жданова — из секретариата Маленкова затребовали стенограмму лекции Юрия Жданова в Политехническом музее. Лишь тогда, как позднее вспоминал сам Юрий Андреевич, он «почувствовал недоброе».

В последний день мая 1948 года Сталин в присущей ему манере отреагировал на ситуацию. На заседании политбюро среди прочих обсуждались вопросы сталинских премий по науке и изобретениям, поэтому присутствовал и новый заведующий отделом науки Юрий Жданов. Единственным очевидцем, оставившим воспоминания об этом не спустя десятилетия, а на следующий день после событий, стал заместитель председателя Совета министров СССР Вячеслав Малышев, в годы войны нарком танковой промышленности. Именно он на следующий день описал в своём дневнике то заседание политбюро: «Перед рассмотрением тов. Сталин обратил внимание на то, что Ю. Жданов (сын А. А.) выступил с лекцией против Лысенко и высказал, как подчёркивал сам Ю. Жданов, свои личные взгляды. Тов. Сталин сказал, что у нас в партии личных взглядов и личных точек зрения нет, а есть взгляды партии… Ю. Жданов поставил своей целью разгромить и уничтожить Лысенко. Это неправильно». Сталин подчеркнул, что «Лысенко имеет недостатки как учёный и человек», но нельзя «ставить своей задачей уничтожить Лысенко как учёного».

Сталин молниеносно ухватил суть, не сразу понятую не только молодым Ждановым, но и современными историками — всё публично сказанное высшим партийным чиновником, да ещё и сыном второго в иерархии человека, никогда не будет восприниматься только как личное мнение, а будет считаться «установкой сверху». Поэтому данное высказывание Сталина не столько ставило на место Юрия Жданова (или, по версии конспирологов от истории, его отца), сколько спасало Трофима Лысенко от аппаратной смерти.

Интересные детали тех событий доносят до нас мемуары Дмитрия Шепилова, хотя они написаны спустя десятилетия и автор местами путается в хронологии:

«…Мне позвонил Маленков с просьбой прислать ему стенограмму доклада Юрия Жданова.

Я сказал Маленкову, что стенограмма, как и обычно, будет готова через несколько дней: надо расшифровать, затем автор должен выправить её. Маленков настаивал, говоря, что звонит не только от своего имени:

— Я хочу, чтобы вы поняли, что стенограмма должна быть прислана немедленно и без всякой правки.

Я зашёл к А.А. Жданову и сказал ему о звонке. Андрей Александрович был очень озабочен:

— Маленков достаточно вышколенный человек. Он не звонил бы вам, не имея на то поручение Хозяина. Пошлите стенограмму. Но как вы могли разрешить такой доклад, не посоветовавшись со мной? Мне было бы грех жаловаться на Юрия. Он воспитанный человек и очень почтителен дома, в семье. Но страшно увлекающийся, романтик. Он ни слова не сказал мне о предстоящей лекции. Действовал от чувства. А как вы, зрелый политработник, не оценили, к чему может повести такой доклад?

— Андрей Александрович, но ведь надо же кончать со всем этим позором. Ведь негодуют все ученые. Сельскому хозяйству наносится огромный урон. С лысенковской абракадаброй мы стали посмешищем для всего мира.

— Ах вы, наивная душа. Что вы мне-то доказываете? Я вижу, что вы не научились оставаться на почве реальности».

Дмитрий Шепилов, как и Юрий Жданов, был в числе многочисленных противников Лысенко, и его крайне негативная оценка деятельности «народного академика» всё же страдает предвзятостью. Впрочем, и наш герой относился к Трофиму Денисовичу без пиетета, но куда осторожнее. Как вспоминал Юрий Жданов, «когда отец узнал, что я занимаюсь проблемами биологии, он сказал потрясающую фразу: "Не связывайся с Лысенко: он тебя с огурцом скрестит". Я не прислушался к этому предостережению; он скрестил».

Шепилов так описывает детали заседания политбюро 31 мая 1948 года: «Сталин подошёл к своему столу, взял папиросу и вытряс табак в трубку. Он проделал то же и с другой папиросой. Раскурил трубку и медленно прошёлся вдоль стола заседаний. Опять взглянул на меня долгим взглядом. Затем произнёс очень тихо, но мне послышались в его тоне зловещие ноты:

— Нет, этого так оставить нельзя. Надо поручить специальной комиссии ЦК разобраться с делом. Надо примерно наказать виновных. Не Юрия Жданова, он ещё молодой и неопытный. Наказать надо "отцов": Жданова (он показал мундштуком трубки на Андрея Александровича) и Шепилова. Надо составить развёрнутое решение ЦК. Собрать учёных и разъяснить им всё. Надо поддержать Лысенко и развенчать, как следует, наших доморощенных морганистов. Надо запретить Агитпропу так своевольничать. Кто дал право самостоятельно решать такие вопросы? Кстати, кто у нас Агитпроп?

М. Суслов, поднявшись со стула:

— Я, товарищ Сталин.

— А чего же вы молчите? Вы разрешали ставить такой доклад?

— Нет, не разрешал. Я не занимался этим вопросом. Я был занят другими делами.

— Бросьте вы, мы все заняты многими другими делами. А порученное дело ведём и отвечаем за него».

Хотя критика Жданова-младшего и не свидетельствовала о какой-либо «опале» нашего героя (о чём пишут некоторые исследователи), но для Андрея Жданова это, несомненно, был весьма неприятный момент. В своей записной книжке он, вероятно прямо на заседании или сразу после него, написал и резко подчеркнул слова: «Жданов ошибся».

Вспоминает Шепилов: «Андрей Александрович Жданов в ходе заседания не проронил ни слова. Но, судя по всему, этот эпизод причинил ему глубокую травму. Я не знаю, что происходило в эту ночь после заседания Политбюро. Но в следующий полдень Андрей Александрович вызвал меня. Он выглядел совсем больным, с большими отёками под глазами. Он прерывал беседу длительными паузами: его мучили приступы грудной жабы, астматическое удушье.

Мне показалось очень неожиданным и странным, что Андрей Александрович не только не начал меня распекать за вчерашнее, но не сделал ни одного серьёзного упрёка. Тоном большого сожаления или даже участия он сказал мне:

— Вы очень неосторожно вели себя вчера на Политбюро. Это могло кончиться для вас, а может быть и не только для вас, трагически. Вам теперь всё нужно начинать сначала (я тогда не понял смысл этой фразы). А мне, возможно, придётся поехать полечиться. Что-то сердце начало сдавать».