Суд, проведённый по результатам подъёмных работ, отправил в тюрьму несколько высокопоставленных должностных лиц ответственных за отправку золота и серебра из колоний. Согласно отчёту прокурора Эквадора за 1656 год, «Капитана» затонула окончательно «в четырёх с половиной морских саженях от маленькой бухты в форме лошадиной подковы», неподалёку от мыса Санта Елена.

Однако история поднятых ценностей на этом не закончилась. Судьба сыграла злую шутку с сокровищами «Капитаны». Спасённые ценности были перевезены на Кубу, где были загружены на борт другого галеона — «Нуэстра Сеньора де ла Маравильяс», который затонул 4 января 1656 года и также стал объектом спасательной операции.

Спасательное судно, посланное к «Нуэстра Сеньора де ла Маравильяс», чтобы перевезти сокровища обратно на Кубу, также затонуло.

Оставшиеся на борту «Иисус Мария де ла Лимпия Консепсьон» ценности стали настоящей Меккой для подводных кладоискателей в наши дни. Попытки обнаружить место крушения безуспешно предпринимались в 1972—1973 и 1986—1992 годах, но только в 1996 году Герман Моро и его команда смогли локализовать местонахождение «Ла Капитаны». Со дна были извлечены различные артефакты, относящиеся к периоду 1648—1654 годов, включая редчайшую золотую монету, отчеканенную в 1652 году в Севилье, единственную в своём роде, а потому бесценную.

В настоящее время на судне периодически проводятся подводные изыскания.

Ночью 4 января 1656 года 22 испанских корабля проходили опасные мели Флоридского пролива. Все эти корабли входили в состав Флота Материка под командованием маркиза Монтеалегре. Внезапно, тишину моря нарушил пушечный выстрел — это был условный сигнал об опасности. Альмиранта флота «Нуэстра Сеньора де лас Маравильяс», замыкавшая строй флота, оказалась на рифах.

Выяснилось, что в темноте кормчий не заметил опасных мелей и рифов и вывел прекрасный галеон прямо навстречу опасности. Получив сильнейший удар в днище, судно раскололось. Две половины начали медленно тонуть, дрейфуя по воле течения и рассыпая по дну свой драгоценный груз золота и серебра, пока обе не скрылись под водой.

Вскоре испанцы организовали спасательную экспедицию на место гибели. Им удалось поднять со дна несколько тонн серебра и 40 фунтов золота — всё, что они смогли найти на носовой части галеона, затонувшей на относительном мелководье. Основная же часть, оставшаяся на корме, пропала, как казалось, навсегда.

Сокровища «Маравильяс» числились пропавшими в течение почти трёх веков. Периодически рыбаки вылавливали несколько серебряных монет, покрытых кораллами. Однако все попытки найти сокровища неизменно заканчивались неудачей, поскольку пески засыпали остатки галеона, надёжно храня его от непрошеных гостей.

В 1960-е годы история «Маравильяс» заинтересовала молодого подводного исследователя Роберта Маркса. Проведя расследование в морском архиве в Севилье, он сумел найти документы, открывшие ему приблизительный район гибели галеона. К тому времени у него уже имелся богатый опыт подводных археологических работ практически на всех морях и океанах и его не пугали сложности.

В 1968 году он вместе с Кипом Вагнером организовал совместное предприятие и искал испанские корабли, затонувшие в 1715 году у берегов Флориды, не забывая при этом и о «Маравильяс». В 1972 году, получив поддержку от финансистов Уолл-стрит, он на судне «Грифон» отправился на поиски. После четырёх месяцев долгой и безрезультатной работы удача улыбнулась ему, подарив груду балласта, который явно принадлежал испанскому кораблю XVII века. Дальнейшие изыскания принесли исследователям серебряную монету, датированную 1655 годом, которая подтвердила правильность направления поисков. Следующие шесть недель Маркс и его исследователи доставали со дна серебряные слитки, монеты, драгоценные камни и различные предметы, общая стоимость которых составила, приблизительно 15—20 миллионов долларов.

Вскоре ныряльщики обнаружили и кормовую часть галеона. Она располагалась в трёх милях от носовой. Её местоположение указал якорь, найденный на морском дне. Однако не успел Маркс начать работы на новом месте, как багамские правительственные чиновники пригрозили наложить арест на всё поднятое имущество. Исследователям пришлось срочно сворачивать работы. Сокровища «Маравильяс» снова стали легендой.

Очередную попытку достать сокровища предпринял в 1986 году Герберт Хэмфри-младший. Вооружившись современными приборами, он исследовал 161 квадратную милю океанской поверхности и побережья. Он установил местоположение кормы корабля и извлёк на поверхность изумруды, китайский фарфор династии Минь, оружие, драгоценные украшения, золотые и серебряные слитки и монеты.

В апреле 1681 года три больших галеона покинули Кальяо, направляясь в Панаму с золотом и серебром, которое должно было быть переправлено в Портобелло. Они затратили около месяца в Кальяо в ожидании другого небольшого судна — «Санта Мария де ла Консолатасьон». Этот корабль задерживался, так как поздно доставили серебряные слитки с копей в Потоси. Ко времени появления в Кальяо Флот Южного моря уже покинул гавань. Вице-король Перу, несмотря на официальные известия о появлении пиратов в этих водах, приказал галеону следовать одному. Официальный груз судна составляли 146 000 серебряных песо и золотые слитки, оцениваемые в 34 000 песо.

«Консолатасьон» был 440-тонным галеоном, вооружённым 26 бронзовыми орудиями, с экипажем из 147 человек. Его капитаном был Хуан де Лерма, владельцем — Франциско Валлес

Путешествие первоначально было относительно удачным, однако возле входа в залив Гуаякиль испанцы заметили шесть пиратских кораблей под командованием капитана Бартоломео Шарпа, которые нагоняли их с явным намерением захватить ценный груз. «Санта Мария» изменила курс и попыталась достичь Гуаякиля. Но, как оказалось, пираты ожидали этого и устроили засаду у острова Санта Клара (ныне Исла де Муэрте). В суматохе возле острова корабль напоролся на риф и начал тонуть.

Офицеры, команда и пассажиры покинули судно, после того как устроили на нём пожар, чтобы сокровища не достались пиратам. Все испанцы были захвачены в плен возле острова Роки-Айленд. Люди Шарпа были чрезвычайно злы на них, поскольку добыча, которую они желали заполучить, сгорала у них на глазах. Особенно их разозлило то, какой груз ушёл из их рук, когда пленники сообщили им об этом. Дальнейшая судьба испанцев была незавидной — все они были убиты.

В течение нескольких дней пираты оставались на месте гибели галеона и при помощи местных индейцев-ныряльщиков пытались достать хотя бы часть сокровищ. Однако всё оказалось напрасно. Индейцы не смогли проникнуть в трюмы судна, где хранились ценности. Поняв бесполезность дальнейших попыток поднять золото и серебро, пираты отплыли далее в поисках новой цели.

После нескольких попыток спасти груз испанские власти оставили все попытки добраться до ценностей и забыли о месте крушения на 320 лет, пока в 1998 году обломки судна снова не были обнаружены.