В 1969 году Фишер начал шестнадцатилетний поиск сокровищ «Аточи» и «Санта Маргариты». В этом ему помогли отчёты экспедиции Мелиана, которые с большим трудом удалось заполучить в Севилье.

Весь период 1971—1972 годов прошёл в бесплодных поисках. Средств для подводных работ катастрофически не хватало. Только в мае 1973 года удача наконец улыбнулась Фишеру. Были найдены первые серебряные слитки и монеты. Вскоре их число превысило несколько тысяч. Среди них были монеты из Мехико, Потоси и Лимы. Одна невзрачная монета стала настоящей сенсацией. На ней чётко выделялась надпись — «NR», что означало «Nuervo Reino do Granada» — старинное название территории современной Колумбии. Она стала первой монетой, доказавшей, что монетный двор располагался еще и в Новой Гранаде, следовательно, она была уникальной и бесценной.

Среди других находок были самые различные предметы. Например, астролябия, изготовленная, по всей видимости, в 1560 году лиссабонским мастером Лопо Хомемом, маленькие чётки, украшенные золотом и кораллами, золотой диск весом 4,5 фунта, слитки серебра. Последние имели клейма, которые позволили в точности датировать их и, сравнив с грузовым манифестом погибших галеонов, доказать, что найденные ценности действительно располагались на борту галеонов, погибших в 1622 году.

Однако впечатление от удачных находок было порядком испорчено трагедией. 19 июня 1975 года, во время подводных работ, затонуло экспедиционное судно «Северный ветер». Восемь человек были выброшены в море, трое находившихся на нижней палубе — Дирк и Анджел Фишер и член команды Рик Гейдж — утонули.

Гибель сына и невестки не остановили Мэла Фишера. Приобретя новое судно, он продолжил подводные работы.

В 1980 году была обнаружена недостающая часть корпуса «Санта Маргариты» с золотыми слитками, ювелирными изделиями и монетами. 12 мая того же года сын Мэла Фишера Кейн нашёл основную часть корпуса с балластными камнями, орудиями и различными артефактами, относящимися к началу XVII столетия.

Только на «Санта Маргарите» за четыре года подводных работ было найдено 380 серебряных слитков, 37 тысяч серебряных монет и 8 бронзовых орудий.

20 июля 1985 года один из аквалангистов команды Фишера наконец обнаружил останки «Аточи». В течение нескольких недель Фишер поднял несколько сотен серебряных монет и слитков. К октябрю того же года было поднято 130 000 серебряных монет, 956 больших серебряных слитков, 115 золотых слитков и сотни изумрудов и золотых ювелирных предметов. После 17 лет поиска и прочёсывания 500 000 океанских миль настойчивость Фишера была наконец вознаграждена Всего было найдено более 200 тысяч предметов конца XVI — начала XVII века

Значительную часть коллекции составляло оружие — 34 мушкета с фитильными замками и аркебузы со свинцовыми пулями к ним, фрагменты 44 сабель и 15 кинжалов, 6 каменных ядер и 120 свинцовых. Из 12 найденных бронзовых пушек одну Фишер подарил королеве Испании Софии.

Поиски Фишера имели огромное значение. Благодаря этому были открыты новые страницы колониальной истории Америки. Получены ценнейшие данные о характере грузов, направлениях торговых путей испанских галеонов, быте моряков тех лет. Все находки были строго зафиксированы и обработаны профессиональными археологами. Большая часть находок попала в созданный Фишером морской музей, остальная продана на аукционе.

Общая стоимость поднятых ценностей не разглашалась, однако по приблизительным подсчётам, она составляла около 600 миллионов долларов, причём значительная часть ценностей, по признаниям самого Фишера, так и осталась на дне.

После гибели «Санта Маргариты» несколько десятилетий манильская торговля функционировала бесперебойно, вплоть до 20 сентября 1638 года, когда у острова Сайпан, расположенного в архипелаге Северных Марианских островов, напоролся на рифы и затонул испанский галеон «Нуэстра Сеньора де ла Консепсьон». Большинство из 400 человек, находившихся на его борту, погибли, как и драгоценный груз, который он перевозил.

«Консепсьон» направлялся из Манилы с грузом китайского фарфора, шёлка, ювелирных изделий, слоновой кости из Камбоджи, хлопка из Индии, перца и гвоздики с Молуккских островов, драгоценных камней из Бирмы, Цейлона и Сиама.

Для своего времени это было крупное судно длиной 140—160 футов и водоизмещением около 2000 тонн, осадкой 18—22 фута. При таких размерах он мог перевозить до тысячи человек и ценный груз. Естественно, что его гибель вызвала негативную реакцию испанских властей, началось расследование.

Оказалось, что плавание началось неудачно с самого начала. После отплытия с Филиппин на борту начался мятеж, поскольку манильский губернатор Коркуэра назначил капитаном своего молодого двадцатидвухлетнего племянника дона Хуана Франциско, мало понимавшего в навигации и чрезмерно заносчивого.

Учитывая сложность маршрута, которым предстояло пройти галеону, было вполне очевидно, что это вызовет недовольство. Однако жадность губернатора была сильнее подобных опасений. После выхода в открытое море офицеры, находившиеся в подчинении у Франциско, отказались выполнять его приказы. Пока на судне царило замешательство, начался шторм, который сломал мачты и свалил их за борт, разорвав такелаж и лишив корабль возможности управления. Результатом стало крушение на рифах Сайпана.

Получив пробоину, «Нуэстра Сеньора» некоторое время оставалась на рифе, разбиваемая волнами прибоя. Этого времени хватило для того, чтобы часть пассажиров и команды выбралась на берег. Однако тех, кому посчастливилось выбраться из моря, уже ждали на берегу островитяне. Они расправились с беззащитными моряками. Лишь несколько десятков человек смогли выжить и рассказать о крушении.

Через несколько дней галеон разломился. Нос остался на рифе, а корма и центральная часть судна, рассеивая по дну свой груз и балластные камни, затонули на большой глубине.

Ещё до гибели галеона, в 1636 году в Манилу прибыл таможенный агент Кирога с целью проведения следствия о законности перевозок по манильской трассе. Выяснив, что практически на все манильские галеоны власти, в обход королевских указов, грузят свои личные грузы, не указывая их в грузовом манифесте, он доложил об этом в торговую палату Севильи. Но манильские коммерсанты в ответ вообще перестали предоставлять сведения о своих грузах, мотивируя это преследованиями со стороны таможенных агентов. Именно поэтому «Консепсьон» был отправлен в плавание без каких-либо конкретных судовых документов. Учитывая размеры судна, можно предположить, что груз, перевозившийся им в 1638 году, был невероятно богат. Учитывая контрабанду на борту, за которой и поставил приглядывать своего племянника губернатор, стоимость перевозимых ценностей была просто колоссальна.

Результатом расследования стало выдвинутое против Коркуэры в 1644 году обвинение по 59 пунктам. Именно он был признан главным виновником морской катастрофы.

Только в 1684 году испанцы снарядили спасательную экспедицию к месту гибели «Нуэстра Сеньора де ла Консепсьон». Им удалось поднять со дна 35 из 36 пушек и 7 из 8 якорей. Однако остальной груз разбросало по рифам на достаточно большой глубине, и поднять его не смогли, не обладая соответствующим оборудованием. После этого в течение нескольких столетий интерес к галеону не проявлялся.