В 1987 году поисковый корабль «Тенгар» компании «Пасифик Си Ресорсес инкорпорейтед» под руководством Била Мэтьюса бросил якорь у берегов Сайпана. Первоначальное исследование прибрежной полосы дало исследователям ключ к тому, в каком именно месте следует искать остов галеона — там были обнаружены мелкие черепки бело-голубого фарфора, явно указывавшего на то, что он был произведён в первой половине XVII века. Аэрофотосъёмка позволила обнаружить на дне аномалии и более точно локализовать место крушения. Только после этого начались подводные работы, продолжавшиеся в течение двух лет — 4 месяца в 1987 году и шесть месяцев в 1988-м.

Уже в первые недели погружений ныряльщики обнаружили обломки керамики и балластные камни, разбросанные на различной глубине возле рифа. За 350 лет тайфуны не раз проходили над районом работ и разметали предметы на огромном пространстве. Интернациональная команда из 30 человек совершила более 10 тысяч погружений, чтобы добраться до груза затонувшего судна.

Первые золотые находки стали попадаться ныряльщикам в начале второго сезона работ. Был найден фрагмент золотого блюда ручной работы. На нем была изображена женщина в струящемся платье с вазой с цветами. В левой руке она держала букет роз. Маленькая собачка прыгала у её ног. Цветочный орнамент украшал фрагмент по краям. Впоследствии было найдено большинство из осколков блюда. Согласно документам Севильского архива по делам Индии, галеон вез подарок короля Испании японскому императору — блюдо из чистого золота и набор с кувшинами. Во время официального расследования гибели судна испанские власти обвинили губернатора Манилы в незаконном присвоении этих предметов и попытке их возвращения в Испанию в качестве личного груза. Золотое блюдо с женщиной было важной находкой, но были и другие, которые впечатляли гораздо сильнее. Так, ныряльщик Энт Навин, сварщик с Борнео, нашел маленькую золотую туфельку, инкрустированную алмазами и бриллиантами. В туфельке могли храниться духи или другая парфюмерия — это уникальное ювелирное изделие китайских мастеров XVII века, не имеющее аналогов.

Повезло и Майклу Флэкеру, инженеру и подводному оператору из Австралии, который поднял 32 золотые цепи, каждая из которых была по полтора метра длиной. Все цепи лежали вместе и были скручены золотой проволокой. Они были погребены под двумя метрами осадков под узким выступом так, что его руки с трудом смогли до них дотянуться.

Аквалангистами были подняты более чем 1300 единиц золотых ювелирных изделий: цепи, кресты, четки, пряжки, филигранные пуговицы, кольца и броши с драгоценными камнями. Некоторые из менее ценных находок также были очень интересны. Например, 156 кувшинов для хранения пищевых продуктов, найденных на глубинах от 45 до 60 м, каждый весил более сорока килограммов. Реставраторы тщательно проанализировали содержимое кувшинов. В двух из них была застывшая восточная ароматическая смола, использовавшаяся как ладан-фимиам, а в других — мелкие кости, до сих пор сохранившие следы ножа бакалейщика. На кувшинах были выгравированы имена владельцев или испанские и китайские символы, указывающие на их содержимое: соль, уксус, селитра и вино. Но большинство кувшинов содержало питьевую воду, так как манильские галеоны не делали остановок в пути по пять — восемь месяцев.

Для обследования дна на глубинах, недоступных аквалангистам, «Тенгар» имел двухместный водолазный колокол. Также использовался робот с видеокамерой, управляемой с поискового корабля. А там, куда не могли спустить колокол, применяли обитаемый подводный аппарат, вмещавший двух пилотов и наблюдателя. Данные глубоководных исследований подтвердили, что обломки крушения за несколько веков сбросило с рифа на глубину до 80 метров.

Работа по консервации находок велась круглые сутки. После очистки каждый предмет был измерен, сфотографирован, зарисован на бумаге. Все детали, включая точное местонахождение предмета, были включены в компьютеризированную базу данных для итогового отчета.

Раскопки «Нуэсгра Сеньора де ла Консепсьон» стали одним из самых успешных подводных археологических проектов в Тихом океане.

Одним из самых известных галеонов, затонувших в Карибском море, являлась «Нуэстра Сеньора де ла Консепсьон». Именно ему было суждено стать объектом охоты множества подводных охотников за сокровищами на протяжении нескольких веков.

История «Консепсьон» мало отличается от истории других кораблей подобного класса. Построенное в 1620 году в Гаване, это судно изначально предназначалось для перевозок ценностей испанской короны из Нового Света, в качестве флагмана одного из испанских флотов. Оно несло 40 орудий и экипаж из 500 человек и имело водоизмещение 600 тонн.

Полное название галеона «Нуэстра Сеньора де ла Пурия и Лимпия Консепсьон» было слишком витиевато, поэтому обычно его называли просто «Консепсьон». За свою историю он не раз пересекал Атлантический океан, благополучно избегая опасных столкновений с пиратами и рифами.

В 1639 году Каса де Контратасьон направила в Америку очередную армаду из 20 кораблей. В качестве капитаны выступал «Консепсьон», как наиболее крупный и хорошо вооруженный галеон. Загрузившись в Веракрузе и переждав в порту зиму, 23 июня 1641 года флот направился в обратный рейс. К тому моменту на борту флагмана находилось по разным оценкам от 1 до 4 миллионов песо в серебряных монетах, небольшое количество золота, 1200 сундуков кошенили, индиго и другие колониальные товары.

Переход до Гаваны прошёл относительно удачно, если не считать шторма, в который попали испанцы. Возраст флагмана дал о себе знать, и в корпусе «Консепсьон» образовалась течь. Чтобы её заделать, пришлось задержаться в Гаване. Это и стало фатальной ошибкой командующего флотом дона Хуана де Виллавиченцио.

Только 20 сентября флот продолжил плавание, однако время было упущено. Начался сезон ураганов. Через восемь дней после отбытия из порта начался невероятной силы шторм. Он застал испанскую армаду во Флоридском проливе, в самом опасном месте на всём маршруте плавания. 9 кораблей не выдержали натиска стихии и были выброшены на рифы. Только два галеона продолжили плавание, однако ураган не пощадил и их.

1 октября ветер изменил направление на южное. Как ни старались испанские моряки держать прежний курс, им пришлось подчиниться воле стихии и следовать в Пуэрто-Рико. Потеряв почти все мачты и паруса, «Консепсьон» стал беспомощной игрушкой в руках стихии. 31 октября 1641 года он на полном ходу налетел на рифы к северу от Гаити, примерно на 23°40' с.ш. (ныне Серебряная банка).

Агония судна продолжалась несколько дней. К тому времени никто точно не знал, где именно они находятся. Одни полагали, что у берегов Кубы, другие — что недалеко от Испаньолы. Несколько дней волны разбивали корпус галеона. 33 моряка, спустив единственную шлюпку, смогли достичь берега Гаити. Ещё приблизительно 240 человек соорудили из обломков плот и достигли на нём острова. На борту полуразбитого галеона осталось около 30 человек. Их положение было наиболее бедственным. Риф при отливах обнажался настолько, что вода доходила лишь до пояса, и можно было ходить по дну, но акулы не позволяли испанцам подобных вольностей. Всю провизию и кое-какие ценности испанцы разметили на той части «Консепсьон», которая оставалась выше воды. Однако вскоре стало ясно, что спасения ждать не приходится. Соорудив некое подобие лодки, оставшиеся испанцы направились к ближайшему берегу. Но в пути их ждало новое крушение к северу от Испаньолы. Только один человек смог достичь обитаемых земель, остальные погибли. Сам остов галеона был окончательно разбит волнами и вскоре погрузился в воду.