Довольно быстро опричники осознали свое особое положение в обществе и, чувствуя полную безнаказанность, творили в отношении остального населения ничем не прикрытый произвол. Судиться с опричниками было бесполезно – согласно запискам одного из них, немца Генриха Штадена, царь разослал во все суды распоряжение: «Судите праведно, наши бы виноваты не были». Даже в случае судебного поединка («поля», наподобие того, что описан Лермонтовым в «Песне о купце Калашникове»), побежденный опричник всегда признавался победителем.

Остальная часть Московского государства, не вошедшая в опричнину, называлась земщиной. С земщины Иван Грозный потребовал себе «на подъем» 100 тысяч рублей – сумму, составлявшую примерно десятую часть годового дохода страны. В земщине верховным властителем также оставался Иван IV, но здесь ему приходилось еще мириться с существованием прежней Боярской думы и приказов. Впрочем, особыми условностями в отношении земщины и земцев царь себя не связывал. Казни, состоявшиеся в Москве зимой 1565 г., наглядно это продемонстрировали. Первыми жертвами опричного террора стали боярин князь Александр Борисович Горбатый-Шуйский, отличившийся при взятии Казани, а также его пятнадцатилетний сын Петр. Их не спасло даже свойство с царем (дочь казненного, Евдокия, была замужем за Никитой Романовичем Захарьиным, братом покойной царицы Анастасии). Вслед за ними на плаху возвели окольничего Петра Головина, князей Ивана Куракина и Дмитрия Немого-Оболенского. Не забыл Иван Грозный и о помилованном десятью годами ранее князе Семене Ростовском: опричники схватили его на воеводстве в Нижнем Новгороде, обезглавили и привезли голову «государева изменника» царю.

Новые порядки, введенные царем в Московской державе, вызвали широкое недовольство земцев. Одним из первых несогласие с действиями Ивана Грозного выразил митрополит Афанасий – в мае 1566 г., сославшись на старость и слабое здоровье, он оставил митрополичью кафедру и удалился в монастырь. На место митрополита царь прочил казанского и свияжского архиепископа Германа, но тот стал требовать от Ивана отмены опричнины и был им отвергнут. Тогда сан митрополита был предложен настоятелю Соловецкого монастыря Филиппу. Этот кандидат был человеком с «политическим прошлым»: в миру он принадлежал к одной из известных в стране фамилий Колычевых. Его родственники в 1537 г. оказались замешаны в мятеже князя Андрея Старицкого, и это заставило молодого тогда Федора Колычева тайно бежать на север и принять монашеский постриг. Само выдвижение на пост митрополита человека из семьи, близкой к Старицким, возможно, свидетельствует о попытке земцев противостоять опричной политике самодержца. Тем более что и Филипп, подобно Герману, в качестве условия согласия возглавить церковь потребовал отмены опричнины. Однако сопротивление Филиппа Иван Грозный преодолеть сумел – старец согласился стать митрополитом, поклявшись при этом «в опричнину и в царский домовый обиход… не вступаться, а по поставлении из-за опричнины… митрополии не оставлять».

Одновременно царю пришлось столкнуться с еще одним проявлением недовольства, на сей раз массового. В июне 1566 г. в Москву прибыло литовское посольство, предлагавшее заключить перемирие в продолжающейся Ливонской войне. Для обсуждения литовского предложения в столице был собран Земский собор. Участники собора высказались за продолжение войны, заявив: «Мы, холопи его государевы, за одну десятину земли Полотцкого и Озерищского повету головы положим, за его государское дело с коня помрем». Однако, дав царю согласие на продолжение войны, участники собора решили подать царю челобитную с прошением об отмене опричнины. Под челобитной поставили подписи («руки приложили») около 300 человек. Все они были схвачены и брошены в тюрьму. Большинство из них вскоре были отпущены, но 50 человек при этом подверглись «торговой казни» (были биты палками на торгу), а троих, признанных главными зачинщиками, казнили.

Однако земщина не оставляла надежды избавиться от власти неугодного ей царя. К осени 1567 г. в ее среде созрел заговор, участники которого намеревались убить Ивана Васильевича и возвести на престол его двоюродного брата, князя Владимира Андреевича Старицкого. Ключевой фигурой в готовящемся перевороте должен был стать молочный брат царя, боярин Иван Петрович Челяднин, занимавший пост конюшего и возглавлявший Боярскую думу в земщине (и, судя по всему, причастный к составлению челобитной об отмене опричнины). Организаторы заговора поддерживали тайные контакты с польским королем Сигизмундом II Августом. Впрочем, планы заговорщиков выдал Ивану IV сам князь Владимир Старицкий. В сентябре 1568 г. царь и его опричники расправились с боярином Челядниным: Иван Грозный силой заставил опального облачиться в царские одежды и сесть на трон. Паясничая, Иван Васильевич бил боярину поклоны, заявляя, что пожаловал его царским величием, которого тот так домогался, после чего сам заколол Челяднина ножом. Труп боярина был брошен в навозную яму у Неглинной, в чем проявил себя черный юмор Ивана IV, заставившего Челяднина, в противоположность поговорке «из грязи в князи», проделать обратный путь «из князей в грязь». Вослед убитому боярину последовали многие из его слуг, перебитых по распоряжению царя опричниками.

Вскоре после расправы с Челядниным пришел черед митрополита Филиппа, который с весны 1568 г. выступал с обличающими проповедями против опричной политики Ивана Грозного. В ответ царь организовал церковный собор, участники которого послушно осудили митрополита; подоспели также и специально командированные на Соловки люди, привезшие необходимый для доказательства прежнего недостойного жития Филиппа Колычева «компромат». Результатом стало решение о низложении митрополита. В ноябре 1568 г. опричники с Алексеем Басмановым во главе во время богослужения ворвались в Успенский собор, сорвали с Филиппа его облачение, нарядили в рваную рясу и, избив метлами, в простых санях отправили в заточение в монастырь. Митрополитом был избран престарелый настоятель Троице-Сергиева монастыря Кирилл, который, наученный горьким опытом своих предшественников, с царем конфликтовать не отваживался.

Своего апогея опричные казни достигли в 1569–1570 гг. Этому способствовали как неудачи на внешнеполитическом поприще, так и очередная потеря в личной жизни. В конце 1568 г. Иван Грозный отправил в Швецию посольство, которое должно было договориться с королем Эриком XIV о военном союзе против Польско-Литовского государства; залогом союза должна была стать выдача Ивану IV его несостоявшейся невесты Екатерины Ягеллон. Однако, когда переговоры в Стокгольме были уже близки к финалу, король Эрик оправдал свое прозвище Безумный: назвав себя своим собственным братом Юханом, он сознался в предполагаемых преступлениях брата и приказал заточить себя в темницу. Результатом стало вступление на шведский престол Юхана Финляндского, который, завершив в следующем, 1570 г. войну с Данией, объявил войну России. Ивану Грозному оставалось лишь изливать свою досаду в язвительных словах в адрес шведского монарха: «А то истинная правда… что вы мужичий род, а не государский»; «воровство ваше все наруже, опрометывается, как бы гад, разными виды»; «А если ты, взяв собачий рот, захочешь лаять для забавы – так то твой страдничий обычай… а перелаиваться с тобой – горше того не бывает на этом свете; а если хочешь перелаиваться, так ты найди себе такого же страдника, какой ты сам страдник, да с ним и перелаивайся. Отныне, сколько ты не напишешь лая, мы тебе никакого ответа давать не будем».