Мурад-бей предпринял нескольких атак в надежде восстановить связь со своим укрепленным лагерем и облегчить отход находившимся там войскам, но все они были отбиты. К ночи он отступил и приказал поджечь флот.

Из 12 000 мамлюков только 3000 человек во главе с Мурад-беем отступили в Верхний Египет; 1200 остались вместе с Ибрагим-беем для обороны Каира и впоследствии отошли в Сирию. Потери египтян составили убитыми, ранеными, утонувшими и пленными около 10 000 человек и все пушки. Мурад-бей в бою был ранен. Французская армия потеряла 300 человек. При свете пожаров солдаты всю ночь обшаривали трупы в поисках золота в мамлюкских поясах.

24 июля Бонапарт вступил в Каир, где нашел массу съестных припасов. Его армия отдохнула после тяжелых переходов. Правда, неприятно было то, что жители слишком уж были напуганы, и командующий издал специальное воззвание с призывом сохранять спокойствие. Но так как он же одновременно приказал разграбить и сжечь село Алькам, заподозрив его жителей в убийстве нескольких солдат, то страх арабов еще более усилился. Такие приказы в подобных ситуациях Наполеон не колеблясь отдавал всюду, где бы он ни воевал: его войско должно было видеть, как страшно карает их начальник всех и каждого, кто посмеет поднять руку на французского солдата.

Поход в Египет

1 августа произошла катастрофа. Перед французским флотом, стоявшим в Абукирском заливе, внезапно предстала ожидаемая давно, но все же не в этот момент, эскадра адмирала Нельсона. Хотя французы имели превосходство в количестве орудий, Нельсон захватил инициативу в свои руки и к 11 часам утра 2 августа французский флот перестал существовать. Адмирал Брюэс погиб в бою.

Абукирская катастрофа повлекла за собой трагические последствия для армии в Египте — она оказалась надолго отрезанной от Франции. Бонапарт узнал о происшедшем только две недели спустя от курьера, посланного Клебером. Человек сильного характера, главнокомандующий, как это всегда бывало с ним в момент опасности, испытал прилив огромной энергии. Его письма Гантому, Клеберу и Директории динамичны, трезвы, в них нет ни тени колебаний; он уверенно намечает ряд неотложных мер, призванных спасти то немногое, что осталось от флота, он готов восстанавливать его, собирая по кораблю во всех средиземноморских портах. О его сильном душевном волнении можно лишь догадаться по настойчивости, с которой он доказывает Директории, что счастье его не покинуло.

Однако на армию известие разгроме французского флота около Абукира Абукирском заливе произвело гнетущее впечатление. Собственно, разочарование и даже недовольство началось еще раньше. Египет в действительности оказался очень не похож на тот волшебный мир восточных красот и чудес, который рисовало воображение солдат на пути из Тулона в Александрию. После Италии это было разительным контрастом. Бесплодные, выжженные солнцем пустыни, бедность, убогость, темный народ, видевший во французах врагов, отсутствие денег, нехватка воды, постоянно мучающая жажда и все испепеляющий зной! Катастрофа в Абукире приумножила эти настроения. Бонапарт должен был поддерживать дух своей армии, и он это делал, но, оставаясь наедине, сам давал волю мрачным чувствам. Когда Бурьенн высказал надежду, что Директория придет на помощь, Бонапарт не дал ему договорить: «Ваша Директория — это кучка дерьма. Они меня ненавидят и оставят здесь погибать!»

На Директорию он не надеялся, понимая, что может рассчитывать только на самого себя.

В целом к осени 1798 года положение французов в Египте было стабильным. Они имели достаточно продовольствия, установив правильно действующую систему снабжения и реквизиций. Самое жаркое время прошло, страна сделалась совсем иной. Армия отдохнула и усилилась. Кавалерия энергично пополнялась лошадьми.

Генерал Дезе с 5000 человек и речной флотилией был направлен в Верхний Египет преследовать Мурад-бея и нанес ему поражение в битве при Седимане. Клебер успешно завоевывал дельту Нила. Пользуясь затишьем, Бонапарт активно занимался созданием благоприятных условий для своей армии. На побережье возводились новые батареи, укреплялась Александрия, войска готовились к новым боям, опираясь на опыт, полученный в прошедшей кампании.

Пехотинцы обучались обороне против всадников маленькими группами по 2—8 человек, образуя своего рода каре. Для прикрытия пехоты от кавалерийских атак стали применяться специальные колья с острыми металлическими наконечниками. Колья, воткнутые в песок, скреплялись между собой цепочками, образуя длинные частоколы перед фронтом каре. В кавалерии, получившей 3000 прекрасных арабских коней, также полным ходом шла подготовка к предстоящим сражениям. Лошадей приучали к ружейной и артиллерийской пальбе, изготавливались седла арабского типа. Артиллерия занималась переустройством своих упряжек для использования верблюдов, мулов и даже буйволов.

С огромной энергией Бонапарт взялся и за общественное переустройство Египта, но оказался в состоянии полной изоляции от населения. Он вел переговоры с духовенством о возможности принятия всей его армией магометанства, но арабы отнюдь не были восхищены «освобождением от тирании мамлюков». В конце октября дело дошло до попытки восстания в самом Каире. Несколько человек из оккупационной армии были убиты, и в течение трех дней восставшие оборонялись в нескольких кварталах. Усмирение было беспощадным. Кроме множества перебитых жителей при самом подавлении, несколько дней потом шли показательные казни: от 12 до 30 человек в день. Головы мятежников водружались на колья в назидание остальным мятежникам. «Это окажет на них благотворное действие. Мягкостью здесь много не добьешься».

Но армия-победительница беев оказалась заложницей своих побед. Бонапарт искал выхода из мышеловки, в которой он оказался. Надо было вырваться из Египта, пробиться к необозримым плодородным просторам Востока, и тогда все будет переиграно. Бонапарт не отказался от своих грандиозных планов. В сентябре у него появился новый противник. Турецкое правительство решило ни в коем случае не поддерживать распространенный Бонапартом вымысел, что он не воюет с Оттоманской (Османской) империей, и, отчасти под впечатлением победы англичан над французским флотом около Абукира, объявило войну Франции. В Сирию выдвинулась турецкая армия под командованием сераскера (главнокомандующего) Ахмеда Джеззара-паши, по прозвищу Мясник. Другая армия, при поддержке британской эскадры, готовилась к вторжению в Египет с острова Родос.

Французский полководец решил, не дожидаясь начала действий противника, самому нанести удар по турецкой армии в Сирии, вооружить сирийских христиан и прорваться к Дамаску.

К концу 1798 года численность французской армии в Египте составляла 29 700 человек, из них 1500 были небоеспособны. Для похода в Сирию главнокомандующий мог выделить только 13 000 солдат. В этот экспедиционный корпус вошли дивизии Клебера, Ланна, Бона и Ренье, кавалерия Мюрата в составе двух бригад, артиллерия и вспомогательные части. Это количество Бонапарту представлялось вполне достаточным для начальных наступательных операций. К тому же он весьма низко оценивал боеспособность турецких войск. Сирия должна была быть лишь первым актом в широко задуманном плане действий. Как позднее писал Наполеон, он рассчитывал, «если судьба будет благоприятствовать, несмотря на потерю флота, к марту 1800 года во главе 40-тысячной армии достичь берегов Нила».