9 февраля маленькая армия выступила в поход. Генерал Бонапарт вслед за дивизиями Ланна и Бона покинул Каир 10-го числа. Он оставлял достаточно обеспеченный и хорошо организованный тыл: 2 февраля генерал Дезе взял Асуан, завершив завоевание Верхнего Египта.

Путь французских войск был тяжелым, изнуряющим, даже в феврале жгло солнце, солдат мучила жажда. Но всех воодушевляла надежда: армия шла вперед. Авангард Ренье, преодолев бесплодную пустыню, отбросил на север мамлюков Ибрагим-бея и атаковал Эль-Ариш, но взять город с ходу не смог. На следующий день прибыл Бонапарт и приказал установить артиллерию. Через два дня огонь был открыт и, после пробития бреши в стене, гарнизон пошел на переговоры. 19 февраля Наполеон заключил с осажденными договор о сдаче, согласно которому 3000 человек гарнизона должны были отправиться в Багдад, дав клятву не воевать против французов в течение года.

После четырехдневного отдыха армия двинулась к Газе. Теперь в авангарде была дивизия Клебера. С приближением французов турки оставили Газу. 25 февраля армия Бонапарта вошла в город, здесь ей пришлось пережить четырехдневный проливной дождь, которого солдаты не видели почти год. 1 марта французы двинулись дальше, оставив в Газе госпиталь с заболевшими и ранеными.

Перейдя Суэцкий перешеек, Бонапарт 3 марта осадил Яффу. Гарнизон был блокирован за стенами города. Дивизия Ланна составила левый фланг осадной армии, генерала Бона — правый, Клебер был выдвинут к северу для прикрытия. Траншеи для батарей были готовы к 6 марта. Перед штурмом в город послали парламентеров с предложением сдаться. Офицера и трубача турки приняли, но четверть часа спустя французы увидели их головы, насаженные на пики, а трупы — сброшенными со стен.

В ответ Бонапарт приказал пленных не брать, впрочем, вся армия и так разделяла его мнение. Артиллерия открыла огонь и к 16 часам в одной из башен пробила брешь. Генерал Ланн с полком солдат бросился в нее и захватил цитадель. Ночью состоялся общий штурм: со стороны моря дивизией Бона и с суши — войсками Ланна. После упорного сопротивления город пал. Ворвавшиеся на его улицы солдаты принялись истреблять буквально всех, кто попадался на пути. Дома и лавки были отданы на разграбление.

Спустя некоторое время, когда грабежи и избиение уже подходили к концу, главнокомандующему доложили, что около 4000 уцелевших турецких солдат при полном вооружении заперлись в одном обширном, со всех сторон загороженном месте и что когда французские офицеры подъехали и потребовали сдаться, эти солдаты объявили, что выполнят приказ только в том случае, если им будет гарантирована жизнь, а иначе будут обороняться до последней капли крови. Французские офицеры обещали выполнить условие, турки вышли из своего укрепления и сдали оружие. Пленников французы заперли в сарае, среди них оказались и те, кто под честное слово были отпущены из Эль-Ариша.

Бонапарт был всем этим очень разгневан. Он считал, что совершенно незачем было обещать туркам жизнь. «Что мне теперь с ними делать? — кричал он. — Где у меня припасы, чтобы их кормить?» Не было ни судов, чтобы отправить их морем в Египет, ни достаточно свободных войск, чтоб конвоировать 4000 сильных солдат через все сирийские и египетские пустыни в Александрию или Каир. Командующий раздумывал три дня, однако на четвертый отдал приказ расстрелять всех турок. 4000 пленников были выведены на берег моря и здесь убиты все до единого. «Никому не желаю пережить то, что пережили мы, видевшие этот расстрел», — писал один из французских офицеров.

Вслед за Яффой пала и Хайфа. К середине марта в сражениях с турками была завоевана вся Палестина.

Чем дальше па восток продвигалась армия Бонапарта, тем становилось труднее. Население Сирии, на поддержку которого он надеялся, было так же враждебно к «неверным», как и арабы Египта. При взятии Яффы французы проявили крайнюю жестокость к побежденным. Но ни арабов, ни друзов, ни турок нельзя было ни запугать, пи привлечь на свою сторону. В Яффе обнаружились первые признаки заболевания чумой. Болезнь вызвала страх у солдат, но эпидемии пока надеялись избежать.

Бонапарт шел впереди армии — молчаливый, хмурый. Война складывалось несчастливо, все шло не так, как он ожидал, все оборачивалось против него. Судьба ему больше не благоприятствовала. Его угнетало еще и другое: в самом начале Сирийского похода у Эль-Ариша Жюно, неизвестно зачем, рассказал, что Жозефина ему неверна. Ярость Бонапарта была беспредельна, он осыпал имя жены солдатской бранью, это было едва ли не самое сильное потрясение последних месяцев. На время оно заслонило все остальное.

Чтобы не остаться в долгу перед Жозефиной, он сошелся с молоденькой женой одного из офицеров, прокравшейся в Тулоне на корабль в мужском платье. Полина не устояла перед льстившими ей ухаживаниями главнокомандующего армией. Лейтенанту, ее мужу, во избежание осложнений было дано срочное поручение во Францию. Вскоре Бонапарт взял себя в руки. Он был солдат и командующий, и на нем одном лежала ответственность за этих людей, под палящим солнцем двигающихся на восток.

18 марта армия вышла к стенам старинной крепости Сен-Жан д'Акр. Турки называли ее Акка. Надо было сломить сопротивление этой твердыни — «судьба заключена в этой скорлупе». За Акрой открывались дороги на Дамаск, на Алеппо, Бонапарт уже видел себя идущим великими путями Александра Македонского. Выйти только к Дамаску, а оттуда стремительным маршем к Евфрату, Багдаду — и путь в Индию открыт.

Крепость располагалась в северной части бухты. С двух сторон город Хайфа выходил к морю, с третьей, на Туронском плато стала лагерем французская армия. Между дивизией Ренье, имевшей приказ обложить Акру, и гарнизоном, который засел в старых развалинах впереди города, не желая укрываться за стенами, завязалась оживленная артиллерийская и ружейная перестрелка. К вечеру 19 марта Репье загнал турок в крепость, блокировав гарнизон во главе с Джеззар-пашой. Началась правильная осада.

Дивизия Ренье составила левый фланг французских войск, Клебера — правый, Ланна и Бона — центр. Кроме того, Бонапарт выделил четыре небольших наблюдательных отряда — всего около 2000 человек — под командованием Мюрата, Ламбера, Жюно и Виаля для патрулирования окрестностей и прикрытия осадной армии.

На следующий день инженеры генерала Кафарелли произвели рекогносцировку. Крепость, с двух сторон окруженную морем, со стороны суши огораживали две стены. Восточная с шестью башнями, протяженностью около 600 метров, и северная, длиной 1000 метров, имевшая семь башен. Эти две стены образовывали почти прямой угол, в его вершине находилась большая старая башня, которая господствовала над ними и над городом. Вид стен позволял надеяться на скорое падение крепости, французы решили, что 12-фунтовых орудий окажется вполне достаточно, чтобы пробить брешь, и что взять город будет также несложно, как и Яффу. Инженеры предложили атаковать восточную сторону как более легкодоступную, пробить брешь в большой башне и произвести штурм.