Когда Мурад назначил Мехмеда султаном на свое место, он приказал своему верному визирю Чандарли Халил-паше оставаться с ним в Эдирне. Члены семьи Чандарли были первыми министрами османского дома практически непрерывно со времен правления Мурада I; эти близкие отношения пережили и поражение от Тимуридов и жестокую гражданскую войну, а Чандарли Халил сменил своего отца Чандарли Ибрахим-пашу в середине 30-х годов XV века. Чандарли Халил полагал, что Мехмед еще слишком молод, а его окружение ненадежно. Такие люди как Заганос Мехмед-паша, Саруджа-паша и талантливый военачальник Шихабеддин Шахин-паша были «профессиональными османами». В отличие от пограничных вождей, таких как Эвреносогуллары или старинные мусульманские семьи Малой Азии, такие как Чандарли, они принадлежали к новой породе рожденных в христианских семьях государственных мужей, которые обрели положение в правление Мурада, будь то византийские перебежчики или молодые новобранцы (дань). Восстание шейха Бедреддина показало неустойчивость османского государства и послужило доказательством того, что вера, которую оно исповедует, должна стать его краеугольным камнем. Поэтому султан увеличил дань юношами-новобранцами в качестве надежного источника преданной военной силы, чьи обращенные рекруты исповедовали религию его династии и его двора.

Высокое положение Чандарли Халил-паши вызывало сильную зависть клики, окружавшей Мехмеда, который столкнулся с правлением отличным по характеру от того стабильного баланса сил в Малой Азии и Румелии, к которому его заботливо готовили Мурад и его советники. Чандарли Халил боялся разрешить полному энтузиазма молодому султану возглавить армию против крестоносцев и, будучи обеспокоенным гражданским неповиновением в Эдирне, понял, что выбор у него только один — вернуть Мурада, пребывавшего в Манисе. Отправившись из Малой Азии в Эдирне; Мурад не стал входить в город, а повел свою армию прямо на передовые позиции венгров. Великая битва при Варне на румелийском побережье Черного моря произошла 10 ноября. Флот, доставлявший крестоносцев с Запада, еще не достиг Константинополя, и хотя из-за этого армии короля Венгрии и Польши Владислава и трансильванского воеводы Хуньяди вынуждены были сражаться в одиночку, поначалу они побеждали. Тем не менее к вечеру король Владислав был убит, а его войска бежали. Положительный исход этого сражения был достигнут в равной степени благодаря той эффективности, с которой командующий Мехмеда Шихабеддин Шахин-паша перекрыл балканские перевалы, ведущие в долину Фракии, и полководческому искусству Мурада. Правда, это был еще не конец: на следующий год флот крестоносцев атаковал османские позиции на Дунае в союзе с Хуньяди и валашским воеводой, но снова Шихабеддин Шахин-паша успешно командовал защитой.

В течение первых месяцев своего правления Мехмед доказал свою независимость от отца, предприняв беспрецедентный шаг по девальвации османской денежной единицы, серебряного аспера, более чем на десять процентов. Таким образом можно было чеканить большее количество монет, чтобы покрыть постоянно растущие расходы на управление османской территорией; но в то время как обесцененные деньги принесли доход казне, это имело нежелательные последствия, ухудшив жизнь находящихся на жаловании государственных служащих, которые получали то же число монет, что и раньше, но с более низким содержанием серебра и поэтому более низкого достоинства в реальном исчислении. После битвы при Варне Мурад снова удалился в Манису, но его вторая попытка отойти отдел продолжалась немногим дольше первой. Громче всех из тех, кого затронула девальвация, возмущались янычары, и в 1446 году в Эдирне вспыхнул бунт, спровоцированный, видимо, вмешательством Мехмеда в денежную систему. Чандарли Халил-паша снова вызвал Мурада обратно во Фракию. Шихабеддин Шахин-паша стал козлом отпущения и объектом гнева янычар и укрывался во дворце, пока старый султан не приказал схватить смутьянов. После этого недвусмысленного покушения на его власть Мурад пообещал повысить жалование янычарам в качестве компенсации за нужду, которую они пережили.

Степень независимости, которой наслаждался Мехмед, в то время как его отец был в Манисе, в равной степени интересовала комментаторов того времени и современных историков. Некоторые, в государстве и за его пределами, считали, что Мехмед правит Румелией, а его отец является султаном Малой Азии. Караманиды опасались, что Мехмед нарушит соглашение, которое они с Мурадом заключили в 1444 году, поскольку все постановления предыдущего султана подлежали обновлению при вступлении на трон нового. Хотя де-юре Мехмед был султаном и старался добиться независимости от отца с помощью таких проектов как завоевание Константинополя при первой возможности или девальвация денежной единицы, его реальная власть была ограничена благодаря тому, что Чандарли Халил-паша успешно обуздывал дикие фантазии молодого султана и его клики, хотя и ценой ухудшения отношений. Возможно даже, Чандарли Халил подстрекал к бунту янычар, с тем, чтобы иметь основания вызвать Мурада; и в самом деле, смещение Мехмеда было одним из требований, которые выкрикивали воины. Когда янычары пригрозили поддержать османского претендента, освобожденного Иоанном VIII в 1444 году, который к тому времени вернулся в Константинополь, демонстрация явно стала выходить из-под контроля.

Мехмед отнесся к своему отстранению от власти и вынужденному возвращению в Манису без особой радости. В качестве жеста открытого неповиновения отцу он стал чеканить монету со своим именем на монетном дворе в западной Малой Азии и, нарушив перемирие, напал на венецианские заставы на Эгейском море. Чандарли Халил остался в Эдирне с Мурадом, а в Малой Азии не оказалось в равной степени выдающегося пожилого вельможи, чтобы присматривать за действиями Мехмеда.

Султан Мурад занялся неотложным делом охраны границ. Брат императора Константин, деспот Морей, недавно расширил территории за счет местных латинских властителей и османов. Мурад повел свою армию к югу и со своим военачальником Тураханом прорвал и разрушил, по общему мнению неприступные стены Гексамилиона, еще недавно восстановленные Константином. После того он попытался снова завоевать Албанию, где Скандербег поднимал восстание против османского владычества. Самая значительная победа османов произошла в 1448 году, когда они наголову разбили армию, состоящую преимущественно из венгров и валахов, под командованием неутомимого Яноша Хуньяди во второй битве на Косовом поле, где валашские союзники Хуньяди дезертировали, а сам он бежал.

Император Иоанн VIII умер в 1448 году, освободив трон для своего брата Константина, который правил с 1449 года как Константин XI. В 1451 году умер Мурад, и его сын принял всю полноту власти над султанатом как Мехмед II. Он и его советники теперь стремились к великой победе, чтобы вновь подтвердить свои могущество и независимость.

У османов были серьезные мотивы добиваться Константинополя, центра Восточной Римской империи с IV века. Контроль Византии над Босфором был причиной серьезных проблем с переброской войск для султанов, или потенциальных султанов, и их армий, пересекавших свои владения от Румелии до Малой Азии. К тому же росла стоимость завоеваний и осложнялось управление территориями, попавшими под власть османов, и контроль над доходами от налогообложения прибыльной торговли между областями черноморского бассейна и Средиземноморьем и Европой с лихвой окупил бы любые расходы во имя османского будущего. Уния православной и католической церквей 1439 года имела серьезные последствия для османов, поскольку повысила вероятность будущих крестовых походов и снова воскресила призрак латинского влияния в Константинополе, проклятие и для османов, и для православных. Обладание Константинополем имело также безусловное символическое значение — подтверждение статуса империи и победа веры. Город фигурировал как в священных, так и в светских мусульманских легендах, и завоевание его османами исполнило бы предание о пророке Мухаммеде, слова которого они обожали цитировать: «Они завоюют Константинию! Славой будут покрыты князь и армия, что смогут это». Константинополь был также «Красным яблоком» — выражение, которое османы использовали для описания своих самых заветных желаний. Нанося удар по главному городу Византии, султан Мехмед II стремился изгнать врага из самого сердца своего государства.