Приказ возвести еще два здания свидетельствовал о том, что Стамбул должен был заменить Эдирне в качестве столицы Османской империи, и в то же время отражал претензии султана Мехмеда на место наследника имперских традиций и верховного правителя мусульман. На историческом месте древнего византийского Акрополя в 1459 году был заложен первый камень великолепного дворца, который должен был превзойти недавно законченный дворец в Бычьем форуме; последний известен ныне как Старый дворец. В 1463 году был заложен первый камень в основание монументального комплекса мечетей, носящего имя султана.

Дворец Топкапы, или Новый дворец, как его называли османы до XIX века, окружен высокой стеной и объединяет три больших внутренних двора, каждый со своими величественными воротами и внешними садами, в которых расположено несколько отдельно стоящих павильонов. Два первых двора предназначены для общественных церемоний и дворцовых ритуалов, в то время как за третьими воротами располагалась закрытая зона дня султана и его семьи. План дворца напоминает план османского военного лагеря со святая святых султана в центре множества других строений, расположенных в соответствии с их основной функцией и местом в иерархии. Такая планировка, очень отличающаяся от современных западных дворцов, посредством архитектуры выражала дистанцию между султаном и его подданными. Несмотря на различные перестройки в течение веков, сегодня дворцовый комплекс в основном сохранился в первоначальном виде.

Дворец принес султану Мехмеду возможность уединения. Здесь он создал атмосферу загадочности и могущества власти, положения которой были сформулированы к концу его правления и должны были подчеркивать божественную природу правителя. Новые правила гарантировали, что с этих пор султаны будут еще реже выходить к народу, чем предки Мехмеда, даже к своим придворным. Эти правила составили руководство по дворцовому протоколу, определив иерархию и старшинство государственных мужей и чиновников султана, титулы, с которыми следовало к ним обращаться, порядок, в котором они целовали руку султана на религиозных празднествах. В этом своде не было положения о появлении султана перед подданными: он должен был скрываться за занавесом от пристальных взглядов своих государственных мужей на аудиенциях, назначаемых четыре раза в неделю для вручения прошений. В следующем столетии султан появлялся перед двором только на двух ежегодных религиозных празднествах.

Султан Мехмед украшал свои новые здания в самых различных стилях, которые напоминали его последующие завоевания. Двухэтажный Крытый павильон был построен в дворцовом саду в память об успешном исходе кампании в восточной Малой Азии после смерти в 1464 году караманидского правителя Ибрагим-бея, и в особенности победы, одержанную османами над правителем Аккоюнлу Узун («Высоким») Хасаном. За его отделку отвечали ремесленники из Карамана, поселившиеся в Стамбуле после похода, а его великолепие вдохновило к написанию множества витиеватых поэм.[11]

Комплекс мечети Мехмеда был построен на холме в районе к западу от Золотого Рога и в его честь названном «Фатих» («Завоеватель»). Чтобы освободить место для него, была разрушена церковь Святых Апостолов, усыпальница многих поколений византийских императоров. Мечеть была расположена во внутреннем дворе, к северной и южной сторонам которого примыкало восемь теологических школ, четыре на севере были названы в честь Черного моря, а те, что на юге — в честь Средиземного, по-турецки Ак Дениз («Белое море»). Также там были расположены богадельня, обитель дервишей и караван-сарай, и Мехмед построил рынок, бани и множество магазинов, плата за аренду которых шла на содержание этих учреждений и давала финансовую поддержку их благотворительности. Призванный соперничать с Айя Софией, главный купол мечети в самом центре комплекса Мехмеда был поддерживаем полу-куполами, вздымавшими его высоко над молитвенным залом внизу. Судьба распорядилась так, что архитектор мечети Мехмеда оказался слишком амбициозен в своих попытках превзойти Айя Софию, здание оказалось построено плохо, и легенда утверждает, что он был казнен. Этот храмовый комплекс был закончен в 1470 году и стал прототипом аналогичных комплексов османского «классического периода» в следующем столетии.[12]

Мехмед начал заново заселять Константинополь. Люди всех вероисповеданий были привлечены благоприятными налогами, возможностью лучшей жизни, которые сулила восстановленная столица. Если налоги и другие стимулы оказывались недостаточно привлекательны, османы без колебаний выселяли и переселяли своих подданных, когда это отвечало их экономическим и политическим интересам, и нигде еще переселение не давало более впечатляющего результата, чем в Стамбуле после завоевания. Целые общины — мусульмане, евреи, армяне, греки, латиняне — были принудительно согнаны в город в последующие годы. В соответствии с моделью османских завоеваний мусульмане прибывали исключительно из западной и центральной Малой Азии и из Фракии, в то время как христиане и евреи прибывали из противоположной части Малой Азии и с Балкан. Латинские христиане жили обособленной группой, привезенной из бывшей генуэзской колонии Кафа в Крыму, после того как она была присоединена в 1475 году. Бывшим греческим жителям византийского Константинополя предлагали дома и землю, чтобы побудить их вернуться. Число мусульман в городе увеличилось скорее благодаря депортации мусульман из других частей государства, чем обращению бывших там христиан или евреев в ислам. К концу правления Мехмеда население Константинополя, составлявшее свыше 75 000 человек, вполовину превышало то, которое оставалось в опустошенном городе в 1453 году.

С 1459 года султан Мехмед стал использовать высокоэффективный способ изменения внешнего облика Стамбула так, что наблюдатели сразу понимали, что они находятся в мусульманском городе. В дополнение к очевидным достопримечательностям, таким как его новые мечеть и дворец, а также минареты, которыми он украсил Айя Софию, он приказал своим чиновникам выстроить новые районы, каждый из которых располагался бы вокруг комплекса мечети и который бы предоставлял мусульманским иммигрантам, приезжающим в город, инфраструктуру для организации здесь новой жизни. Помимо мечети такие комплексы, как и его собственный, включали несколько других строений — по возможности школу, теологическое учебное заведение, общественную кухню, баню, караван-сарай или мавзолей учредителя — смесь благотворительных учреждений и коммерческих учреждений, необходимых для обеспечения дохода на их содержание. Примером могут послужить комплексы, построенные Махмуд-пашой Ангеловичем (бывшим византийско-сербским дворянином, дважды назначавшимся великим визирем), которые расположены рядом с Крытым базаром на склоне, спускающемся к Золотому Рогу, а также фаворитом Мехмеда Хасмурад-пашой, новообращенным прозелитом из династии Палеологов, в Аксарае, около того места, где сегодня стоит университет. Практика строительства новых районов была продолжена в правление сына и наследника Мехмеда Баязида II и после него. Новые стамбульские иммигранты зачастую давали своим районам имена тех областей, откуда они приехали. Квартал около мечети Мехмеда II, где поселились приезжие из Карамана, все еще называется Караман Пазары; район Аксарай напоминает область центральной Малой Азии, откуда его жители прибыли после присоединения османами эмирата Караманидов.