В течение пары лет султан Мехмед в значительной степени вернул бывшие османские владения в Малой Азии, и император Мануил обнаружил, что его позиции настолько же ослабели. Он не мог позволить себе потерять инициативу, захваченную в период османского междуцарствия, помогая тому или иному претенденту на престол. Единственным инструментом, оставшимся в его руках, был сын Сулеймана Орхан. В последней отчаянной попытке поддержать разногласия внутри османского дома он отправил Орхана в Валахию, чей воевода Мирча оставался непримиримым врагом османской державы. Тем не менее это означало конец полезности Орхана в качестве альтернативного фокуса османской лояльности, поскольку Мехмед поспешил встретиться с ним, пока он не зашел слишком далеко, и ослепил его. Затем, внезапно и достаточно неожиданно в 1415 году пропавший брат Мехмеда принц Мустафа, или очень правдоподобный подражатель — он был известен как «Лже»-Мустафа — объявился в Валахии в качестве византийского посла в Трабзоне на северо-восточном побережье Малой Азии. По сообщениям, Мустафа был захвачен в плен вместе со своими отцом и братом Мусой в 1402 году, но его местонахождение в течение всех этих лет оставалось неясным. Надо полагать, что он был пленником при дворе Тимуридов, а его освобождение Шахрухом, сыном и наследником Тамерлана, умершего в 1405 году, было рассчитано на то, чтобы вновь развязать борьбу за османский трон. В 1416 году Шахрух написал Мехмеду, протестуя против убийства его братьев. Мехмед демонстративно предложил оправдание: «В одном государстве не может быть двух падишахов… враги, которые окружают нас, постоянно ищут удобный случай». Шахрух сам пришел к власти только после более чем десятилетней борьбы против других претендентов и, как и его отец, хотел, чтобы государства на его внешних границах были слабыми.

Казалось, что недавно восстановленная власть Мехмеда в Румелии будет вынуждена столкнуться с вызовом, брошенным его братом Мустафой, чьи послы начали переговоры с императором Мануилом и Венецией. Решение Мехмеда назначить айдынского Джунейда для защиты дунайской границы от Валахии оказалось неблагоразумным, поскольку его бывший противник вскоре переметнулся к Мустафе. Тем не менее оба были побеждены, и, когда они искали убежища в византийском городе Фессалоники, император Мануил обязался держать их в заключении в течение всей жизни Мехмеда.

Появление харизматических личностей и их способность привлекать сторонников во времена острых экономических и социальных кризисов было такой же действенной силой в османской истории, как и в европейской. В 1416 году, в том же году, в котором он одержал победу над братом Мустафой, султан Мехмед столкнулся с новым сопротивлением его попыткам управлять балканскими провинциями. Этим восстанием руководил шейх Бедреддин, высокопоставленный представитель исламской религиозной иерархии, родившейся в смешанной мусульманско-христианской семье в городе Симавне (Кипринос), к юго-востоку от Эдирне. Шейх Бедреддин был мистиком. Получив богословское образование в Конье и Каире, он отправился в Арбадил в Азербайджане, который находился под властью Тимуридов и служил местопребыванием мистического ордена Сафавидов. Там он нашел благоприятную обстановку для развития своих пантеистических идей, и в особенности доктрины «единства бытия».

Учение о единстве бытия было направлено на уничтожение противоречий, составляющих основу жизни на земле, таких как противоречия между религиями, а также между привилегированными и неимущими слоями — которые, как считалось, препятствуют единству человека и Бога. Борьба за «единство» поручила мистику важную роль, поскольку именно он, а не ортодоксальное духовное лицо, обладал мудростью, следовательно, миссией вести человека к единению с Богом. Это учение было потенциально губительно для нараставших османских усилий основать путем завоеваний государство с суннитским исламом в качестве религии и своей династией во главе.

В атмосфере противостояния султану Мехмеду шейх Бедреддин, видимо, увидел возможность проповедовать свои убеждения. В 1415 году он внезапно покинул место своей ссылки в Изнике, куда он был сослан после смерти принца Мусы, при котором он занимал пост верховного судьи в Эдирне, и направился в Валахию через Синоп, расположенный на побережье Черного моря. Шейх Бедреддин стал знаменем для тех, кто, как сторонники Мустафы и Джунейда, разочаровались в Мехмеде; основным районом, на который он опирался, был регион «Дели Орман» («Дикий лес»), лежащий к югу от дельты Дуная. Здесь, где междоусобная борьба прошлых лет еще более усилила противоречия, воспринимаемые как результат османского завоевания, он нашел сторонников среди недовольных пограничных властителей и их подданных, чья власть на местах была подорвана введением османского сюзеренитета, равно как и среди других мистиков и крестьян. Материальные интересы пограничных властителей и их воинов были ущемлены, когда Мехмед отменил дарственные на земли, которые шейх Бедреддин пожаловал от имени Мусы во время пребывания в должности верховного судьи.

Шейх Бедреддин писал синкретические послания, а его ученики Бёрклюдже Мустафа и Торлак Кемаль распространяли учение в западной Малой Азии к ужасу османских чиновников. Будучи когда-то терпимым к практике христианства в собственных рядах, на этот раз правительство приняло жесткую позицию, пытаясь опорочить в своих указах тех, кто выражал недовольство языком религии. Понося их как «деревенщин», «невеж» и «негодяев», и государство и его летописцы объявляли вспышки народного недовольства противозаконными и недопустимыми. Эти проявления народного недовольства вынудили Мехмеда направить на их подавление ресурсы и энергию, которые он надеялся использовать более продуктивно для других целей.

Восстание шейха Бедреддина в Румелии было скоротечным: воины султана Мехмеда вскоре задержали его и привезли в Серее, где судили и казнили на базарной площади, обвинив в нарушении общественного порядка проповедями о том, что все имущество должно быть общим и что нет различий между религиями и их пророками. Несмотря на это, учение шейха Бедреддина продолжало оставаться влиятельным. До конца XVI века, да и впоследствии к сектантам относились как к врагам государства, а принципы, которые он проповедовал, стали разменной монетой среди анархических мистических сект в течение всей истории империи. Более всего их придерживался Бекташи, дервишский орден, с которым были связаны янычары.

Имя шейха Бедреддина живо и в современной Турции. Особенно оно близко тем, кто находится на левом крыле политического спектра благодаря эпической поэме о шейхе Бедреддине («Дестане о шейхе Бедреддине, сыне кадия Симавне»), длинной повествовательной поэме, написанной турецким коммунистом Назымом Хикметом, приписывавшем шейху Бедреддину собственное вдохновение и мотивацию в антифашистской борьбе в 30-е годы XX века. Кульминации поэма достигает, когда провозглашающие единство последователи шейха Бедреддина встречаются с армией султана:

Современные последователи шейха Бедреддин а настолько опасались враждебной реакции со стороны турецких властей, что хотя его останки были эксгумированы и привезены из Греции во время обмена греко-турецкого населения в 1924 году, они не находили своей окончательной могилы до 1961 года, когда были похоронены на кладбище, расположенном вокруг мавзолея султана Махмуда II, около Крытого базара в Стамбуле.