На самолете RP+UC (номер 113 на киле) несколько раз летал майор Вольфганг Шнауфер, ас ночной истребительной авиации. В последнем полете при посадке Шнауфер разбился на аэродроме Биндбах в районе Байройта. Разбитая машина попала в руки американцев. В течение многих лет этот самолет идентифицировали как А-6, исключительно по той причине, что на нем летал пилот ночной истребительной авиации.

12 октября 1944 года на RP+UG (на киле 117) летал в Рехлине обер-лейтенант Иоахим Айзерманн. Самолет W.Nr. 240161 (на киле 1/3). Возможно, это был образец (Muster), в таком случае на киле должно было быть написано МЗ. Самолет этот вместе с А-02 отправили в США, где ему присвоили номер FE-1012. W.Nr. 240162 (2/1 на киле) был захвачен в Оберпфаффенхо-фене в небоеспособном состоянии. Рядом стоял W.Nr. 240163 (М7). О двух машинах — W.Nr. 240164 и W.Nr. 240165 — ничего не известно, кроме того, что их собрали во Фридрихсхафене. У одного частного коллекционера в США есть регистрационная табличка с этого самолета. О машинах RP+UE (115), RP+UF (116) и RP+UH (118) не известно ничего.

Упоминавшиеся выше обозначения «М» (Muster) ввели в конце 1944 года вместо традиционного обозначения «V» (Versuch) для прототипов. Первоначальна, эта система использовалась для австрийских машин. На новую систему перешли далеко не все фирмы, а ее введение объяснялось исключительно психологическими соображениями. Слово Muster (модель) отличалось от Versuch (прототип) той коннотацией, что создавало впечатление уже готовой машины. Уже имевшиеся обозначения VI, V2 и т. п. часто закрывали новыми надписями Ml, M2… В случае Do 335 обозначения с буквой М ввели только с четвертого прототипа. Последней переименованной машиной стал Do 335V10/M10. Последующие прототипы от Mil до М23 уже изначально назывались по-новому.

Следующей модификацией, предназначенной к серийному выпуску, была Do 335A-2. Это должен был быть бомбардировщик (Kampfflugzeug), оснащенный двигателями DB 603G с большой степенью сжатия в цилиндрах и стартовой мощностью 1900 Л.С./1396 кВт и 1560 л.с./1146 кВт на высоте 7500 м. Для мотора требовался бензин С3 с октановым числом 100. Бортовое вооружение было таким же, что и на предыдущих модификациях (2xMG 151 и 1хМК 103), но бомбовая нагрузка на внутренней подвеске достигала 1000 кг. Очевидно, ни одного экземпляра А-2 не удалось построить. Аналогичная судьба ждала и Do 335A-3 — тяжелый истребитель (Zerstoerer). A-3 должен был дополнительно оснащаться устройствами форсирования двигателя GM-1 и MW-1. Система GM-1 производила впрыск закиси азота, что позволяло поднять потолок, а система MW-1 впрыскивала воднометанольную смесь, кратковременно форсируя мощность двигателя на низких высотах.

Do 335А-4 должен был стать разведывательным самолетом, концепцию которого разработали еще на прототипе Do 335V3. Инициатором этого проекта стал генерал-майор Карл-Хенниг фон Барзевиш — командующий разведывательной авиацией, который весной 1944 года решил использовать Do 335 в качестве разведчика, оборудованного фотокамерами. «Pfeil» идеально подходил для этой роли — большая скорость спасала самолет от истребителей противника, а большой радиус действия позволял проводить глубокую разведку. Фон Барзевиш предполагал использовать эти самолеты для разведывательных полетов над Великобританией. По его плану прототип Do 335V1 должен был сфотографировать английский флот в Скапа-Флоу, a Do 335V3 провести разведку над Лондоном.

Предложение фон Барзевиша удалось реализовать лишь в малой степени. В июле 1944 года Do 335V3, оснащенный камерой Rb 50/18 передали на испытания в экспериментальную часть 1./Versuchsverband OKL. Основываясь на накопленном опыте, была разработана разведывательная модификация самолета, получившая обозначение Do 335A-4. На разведчик планировалось установить две камеры Rb 50/18 или 50/30, установленные в бомбоотсеке. Предполагалось, что самолет не будет нести вооружения, а его защитой будет большая скорость. А-4 мог брать на внешнюю подвеску дополнительные топливные баки, увеличивавшие дальность полета. Вероятно, на самолете должны были стоять моторы DB 603G. Все говорит за то, что до конца войны ни одного разведчика не построили (в некоторых источниках упоминается о двух-трех построенных самолетах).

О модификации Do 335A-5 можно сказать еще меньше. Очевидно, это был истребитель, оснащенный двигателями Jumo 213. Такие же двигатели предполагалось установить на бомбардировщике А-7, тяжелом истребителе А-8 и разведчике А-9. Тут следует упомянуть о чертеже, составленном на фирме Junkers и датированным 7 декабря 1944 года. На чертеже изображен разрез фюзеляжа с установленными в бомбоотсеке двумя фотокамерами Rb 50/30. Там же находился 250-литровый бак с закисью азота для устройства GM-1. Вероятно, этот чертеж относился к Do 335А-9.

Одновременно с развитием модификаций А-0 и А-1 шли работы над двухместной учебной версией самолета. Необычная схема самолета и его необычные характеристики требовали дополнительной подготовки пилотов. Учебные самолеты, базирующиеся на истребительной модификации, позволяли проводить подготовку летчиков под надзором инструктора. Учебных модификаций было три: Do 335A-10 с двигателями Jumo 213 (не было изготовлено ни одной такой машины), Do 335А-11 на базе А-0 и Do 335A-12 на базе А-1. На учебных самолетах имелась вторая кабина, расположенная за главной кабиной, образуя характерный горб. Во второй кабине имелся набор основных приборов и органов управления. Кресло инструктора, в отличие от кресла курсанта, не было оборудовано катапультой. На учебном самолете уменьшили объем бензобаков, а также сняли вооружение. Самолету присвоили собственное название «Ameisenbaer» (муравьед).

11 октября 1944 года флюгкапитан Аппель совершил первый полет на двухместной машине Do 335M11 (CP+UL, W.Nr. 230011) — прототипе А-11. Самолет создали на базе планера А-0, оснастив его двигателями DB 603А-2. Такие двигатели должны были стоять на серийных А-11. Вскоре в воздух поднялся М12 (RP+UO, W.Nr. 230012), второй прототип А-11. Do 335M11, испытывавшийся в Менгене, повредил при посадке шасси. Одновременно с летными испытаниями, на этом прототипе отрабатывался механизм аварийного сброса заднего винта. Do 335M12, в свою очередь, оснащался винтами Messerschmitt P8 с возможностью реверса. Этот самолет позднее был уничтожен во Фридрихсхафене, чтобы он не попал в руки наступающих союзников. Следует отметить, что после того, как прототип МП получил повреждения и был списан, появился второй самолет с таким же обозначением. Этот новый МП имел серийный номер W.Nr. 240318. Вероятно это был одноместный самолет Do 335В, однако его не закончили.

Ни один учебный «Pfeil» не был собран с нуля. Кроме того, ни один из собранных учебных самолетов не принадлежал к серии А-11. Причина этого была очевидной — нехватка времени. Чтобы ускорить ввод в строй учебных самолетов, их изготовили путем переделки из имевшихся машин Do 335А-1 с двигателями DB 603E-1. Всего переделали восемь машин, все из которых принадлежали серии А-12. Самолет RP+UB после войны попал в Великобританию, а два других (RP+UD и RP+UI) обнаружили на аэродроме Оберпфаффенхофен в небоеспособном состоянии. Четыре остальные машины не успели достроить. Следует упомянуть, что на базе Do 335B также планировали создать учебный самолет Do 335B-5, о чем будет рассказано ниже.