Отдельные исключения связаны с работами, посвященными большевистскому подполью, облик и роль которого, в соответствии с жесткими идеологическими установками советского времени, однозначно героизировались. Советские исследователи не могли обойти вниманием белогвардейские карательные структуры. Так, И.Ф. Плотников писал о создании при правительстве А.В. Колчака органов контрразведки, политического сыска и милиции. Серьезным исследованием о большевистском подполье и партизанском движении в Сибири на основе обширной источниковой базы стала монография М.И. Стишова. Несмотря на обязательные для той эпохи идеологические штампы, историк отметил малочисленность и политическую пассивность пролетариата Сибири, растворившегося в массе крестьянского и «мелкобуржуазного» городского населения. Объективно отражены в монографии причины провалов ряда подпольных организаций, вызванных, по мнению автора, бдительностью и профессионализмом белогвардейских спецслужб.

Вместе с тем, как в этих, так и в других работах советского периода спецслужбы Белого движения не являлись объектом самостоятельного научного исследования, а рассматривались «попутно», в контексте изучения большевистского подполья и как антитеза ему. Иному подходу препятствовали жесткие идеологические догмы и практическая недоступность засекреченной источниковой базы.

Начало современной российской историографии фактически было положено демократическими реформами в СССР на рубеже 1980–1990-х гг. и отмечено поиском новых методологических подходов к изучению прошлого страны. Рассекречивание ранее недоступных исследователям архивных документов послужило основанием для формирования историографии отечественных спецслужб. Тем не менее, несмотря на новые тенденции в мировоззренческом восприятии, в российской исторической науке прослеживается, по мнению авторов, искусственное разделение единого процесса эволюции отечественных контрразведывательных служб на два хронологических этапа: дореволюционный и советский. Лишь в некоторых работах исследователей история царской военной контрразведки, Департамента полиции (ДП), Отдельного корпуса жандармов (ОКЖ) и советских органов безопасности в соответствии с принципом историзма рассматривается как единый процесс. Историк А.А. Иванов, в частности, предлагает Гражданскую войну рассматривать как один из этапов развития отечественных органов безопасности.

На основе анализа литературы авторы выделяют четыре направления в российской историографии, в разной степени касающиеся объекта и предмета исследования: 1) органов контрразведки и политической полиции Российской империи; 2) советских органов государственной безопасности; 3) Гражданской войны и Белого движения; 4) контрразведывательных служб Белого движения в целом, а также контрразведки и государственной охраны колчаковского режима.

Контрразведка и государственная охрана в ходе своего становления воспользовалась кадрами, опытом строительства и нормативно-правовой базой спецслужб Российской империи, поэтому авторы обращались к трудам по истории контрразведки и политической полиции.

В немногочисленных работах по истории ВЧК антибольшевистские спецслужбы рассматриваются, как и ранее, лишь попутно, а их авторы, обращаясь к уже известным фактам, акцентируют внимание на борьбе чекистов с контрреволюцией и саботажем, антисоветским подпольем, а также на карательных функциях советских органов госбезопасности в годы Гражданской войны.

В книге И. Симбирцева анализируются действия ВЧК в Советской России, на фронтах и в тылу белых армий. Автор акцентировал внимание на том, что ВЧК по масштабам и жестокости проведения карательных акций значительно превосходила белогвардейскую контрразведку.

Дальневосточный историк А.Д. Показаньев в книге «На крутых поворотах» рассмотрел роль советских, белогвардейских и японских спецслужб в борьбе за власть в Приамурье в 1917–1922 гг., привел примеры внедрения белогвардейской агентуры в большевистские подпольные организации на Дальнем Востоке.

В газетном очерке, посвященном 84-й годовщине образования регионального управления ФСБ по Иркутской области, Г. Белоусов описал оперативную игру зафронтовой разведки штаба и особого отдела 5-й армии Восточного фронта РККА с белогвардейской разведкой.

Среди обширной литературы следует выделить двухтомник «Империя ГРУ: Очерки истории российской военной разведки», охватывающий период с начала XIX века по настоящее время, в котором авторы А. Колпакиди и Д. Прохоров ввели в научный оборот и систематизировали огромный фактический материал, эпизодически затронули историю белогвардейской контрразведки, привели примеры успешных действий советских военных разведчиков в тылу колчаковских войск.

Вместе с тем в отечественной историографии не обнаружены комплексные фундаментальные работы по истории ВЧК и военной разведки Красной армии, в которых получили бы надлежащее отражение структура, организация и деятельность контрразведки и политической полиции белогвардейских государственных образований.

Ликвидация идеологической цензуры, рассекречивание архивных документов способствовали появлению монографий, диссертаций и научных статей непосредственно по истории Белого движения. При комплексном изучении представлявших его правительств и армий, их внешней и внутренней политики, военных и карательных действий, повстанческого движения ученые так или иначе затрагивали деятельность белогвардейских спецслужб.

В монографии Е.В. Волкова, посвященной офицерскому корпусу армии А.В. Колчака, отражены основные направления деятельности колчаковской контрразведки.

Представляют интерес кандидатская диссертация и статьи Л.Н. Варламовой, в которых критически рассмотрены проблемы военного строительства армии А.В. Колчака. Среди прочего, в них отражен процесс формирования и развития контрразведки и «военного контроля» уфимской Директории и колчаковского режима.

Устойчивый интерес к истории контрразведывательных органов Белого движения, как к самостоятельному объекту изучения, у отечественных ученых начал проявляться на рубеже 1990-х — 2000-х гг. и продолжается по настоящее время. Его результатом являются несколько монографий, десятки научных статей, докторская и кандидатские диссертации.

Для данной работы представляют повышенный интерес исследования, посвященные спецслужбам и органам политического сыска Белой Сибири. Так, в диссертации А.А. Реца рельефно показана зависимость работы белогвардейской контрразведки от внутренней политики антибольшевистских правительств, проанализировано несовершенство системы государственного и военного управления. В то же время вне поля зрения историка оказалось такое важное направление работы контрразведки, как противодействие советскому и иностранному шпионажу. Кроме того, хотя работа и называется «Формирование и функционирование органов контрразведки, военного контроля, МВД антибольшевистских правительств Сибири», фактически освещает лишь деятельность военной контрразведки — государственная охрана хоть и упоминается в ней неоднократно, но лишь вскользь; автор даже не разобрался в ее структуре, говоря о параллельном существовании некоего Департамента государственной охраны и особого отдела Департамента милиции МВД.