Четырнадцатого августа в Киев, где Александр Васильевич пребывал с женой, прискакал курьер. Приунывший генерал вскрыл пакет. Главнокомандующий переслал ему высочайшее повеление прибыть в Москву для «употребления против возмутительного бунтовщика». Удачливого генерала императрице рекомендовали многие, в том числе племянник братьев Паниных князь Н.В. Репнин. Сам граф Петр Иванович просил себе опытного и авторитетного заместителя. Полагаем, что Суворов новым назначением больше всего был обязан возвысившемуся Потемкину, который полновластно распоряжался в Военной коллегии. Поначалу Александр Васильевич был назначен состоять при Московской дивизии, то есть выведен из непосредственного подчинения Панину. Тот запротестовал, и, поскольку острота кризиса миновала, Екатерина пошла на уступку. Мир с Турцией позволил высвободить военные силы для подавления мятежа. Императрица приказала Военной коллегии считать Суворова до окончания мятежа «под командою Генерала Графа Панина».

Суворов скакал в Москву, не подозревая о той борьбе, которая развернулась вокруг его назначения. 25 августа Панин из села Ухолова донес Екатерине о приезде Суворова «в одном только кафтане, на открытой почтовой телеге». Получив наставления, генерал-поручик «тот же момент и таким же образом поскакал с моим предписанием для принятия главной команды над самыми передовыми корпусами». «Таковую неутомленность и усерднейшее рвение в службе Вашего Императорского Величества, — писал Панин, — я справедливое -тию принял представить к монаршему Всемилостивейшему воззрению». Государыня отвечала, что Суворов своим приездом доказывает «давно уже известную его ревность и великую охоту к службе», и послала верному слуге Отечества две тысячи червонцев на «устроение экипажа». Неутомимый генерал в это время был уже в Царицыне. По дороге он видел, в какое разорение пришел край, испытавший ужасы истребительной смуты: восставшие не только поголовно уничтожали помещиков с их женами, детьми и родственниками, но, как правило, убивали их слуг и дворовых людей, сжигали дома, грабили храмы.

Как ни спешил Суворов, но всё же опоздал. Еще 25 августа в 95 верстах ниже Царицына полковник Михельсон нанес самозванцу решающий удар. Пятнадцатитысячная толпа пугачевцев была разгромлена. Спаслись около тысячи человек, но и они были настигнуты при переправе через Волгу и рассеяны. Пугачев бежал за Волгу. С ним были предводители мятежников, казаки и его личная охрана — всего 150 человек. Разобравшись в обстановке, Суворов 3 сентября донес из Царицына Панину о принятых мерах, чтобы Пугачева «истребить или же заключить от всех мест в такой зев, которого бы не мог миновать». Правительственные войска образовали кольцо окружения, вырваться из которого самозванец не мог.

Еще во время кампании в Польше Суворов оценил Михельсона как отличного боевого офицера. Через 12 лет после пугачевщины он честно признал в автобиографии: «…ежели бы все были, как г. Михельсон… разнеслось бы давно всё, как метеор». А в 1774 году, забрав у Михельсона кавалеристов и оставив ему пехоту, Суворов устремился в заволжские степи вслед за передовыми отрядами донских и оставшихся верными власти яицких казаков. «Иду за реченным Емелькою, поспешно прорезывая степь», — писал он 10 сентября командиру одного из правительственных отрядов гвардии поручику Гавриле Державину, не зная, что Пугачев уже схвачен. В первую же ночь после бегства за Волгу ближайшие сообщники самозванца Иван Творогов и Федор Чумаков «возобновили… намерение связать злодея» и привлекли на свою сторону еще несколько человек. Пугачев предлагал уходить на Каспий и далее в Персию, но был арестован и 8 сентября доставлен на собранный казачий круг. Из 186 мятежников только 32 не одобрили ареста и лишь один высказался против. Лжеимператор грозил Божьими карами, местью наследника престола, пытался бежать — всё было тщетно. Оказывая самозванцу внешние знаки почтения, как государю, его бывшие сообщники направились в Яицкий городок (после подавления мятежа он был переименован в Уральск). Из правительственных манифестов они знали, что всем, кто захватит или убьет «набеглого царя», обещано прощение.

«Среди Большого Узеня я тотчас разделил партии, чтоб его ловить, — вспоминал Суворов, — но известился, что его уральцы, усмотря сближения наши, от страху его связали и бросились с ним, на моем челе, стремглав в Уральск, куда я в те же сутки прибыл. Чего ж ради они его прежде не связали, почто не отдали мне, то я был им неприятель и весь разумный свет скажет, что в Уральске уральцы имели больше приятелей…»

Стремительное преследование мятежников в заволжских степях ускорило развязку. Узнав от яицкого коменданта, что Пугачев арестован и находится в крепости, Суворов поспешил донести Панину: «Как-то кончитца? Однако призываю Бога! Беру смелость, поздравляю Ваше Высокографское Сиятельство! Рука дрожит от радости. На походе 60 верст от Яицкого городка. Спешу туда».

Генерал-поручик оказался первым из старших начальников, прискакавших в Яицкий городок. К этому времени гвардии капитан-поручик Савва Иванович Маврин уже допросил самозванца. «Описать того невозможно, сколь злодей бодрого духа», — отмечал по горячим следам Маврин. Емельян Иванович каялся в преступлениях и всю вину валил на яицких казаков. Гвардеец дважды предъявлял самозванца его вчерашним сторонникам, явившимся с повинной и численно превосходившим гарнизон крепости. Расчет Маврина оказался точным: признание Пугачева в том, что он простой донской казак, толпа встретила криками возмущения и рыданиями. Узнав о том, что были обмануты, мятежники осознали тяжесть совершённого ими греха.

Суворов, приняв Пугачева в Яицком городке, 18 сентября выступил в обратный путь. С дороги он предложил Панину доставить «государственного злодея» прямо в Москву. Можно представить себе, с каким восторгом встретили бы его жители древней столицы, еще недавно трепетавшие от страха за свою участь. Но Панин не собирался уступать Суворову славу спасителя Отечества и приказал везти Пугачева к себе в Симбирск. 2 октября Суворов сдал самозванца Панину.

В донесении императрице граф Петр Иванович отметил заслуги и труды генерал-поручика Суворова и генерал-майора Голицына, «которые по степи с худшею пищею рядовых солдат, в погоду несноснейшую, без дров и без зимнего платья, с командами, приличествующими чинам больше майорским, нежели генеральским, гонялись до последней крайности злодея и собственной своей отваги».

Панин прибавил, что отпустил Суворова в Москву «для свидания с душевною его обладательницею, прилепленность к которой уже совершенно утверждает сию истину, что преданность к любовному союзу совершенно владычествует над самыми строгими героическими и философическими дарованиями и правилами». Государыня поручила объявить Суворову и Голицыну свою благодарность. «Отпуск первого к Москве на короткое время к магниту, его притягивающему, — писала Екатерина, — я почитаю малою отрадою после толиких трудов».

Но эти светские любезности прикрывали тонкую политическую игру. Императрица уже имела еще одно донесение из Симбирска. Павел Сергеевич Потемкин писал: «Всего горше, Всемилостивейшая Государыня, что при самом первом свидании Господина Генерал-Порутчика Суворова и моего, Его Сиятельство удостоил пред целым народом изъяснить благодарность Господину Суворову Священным имянем Вашего Величества и всей Империи, якобы Суворов поймал злодея Пугачева; с такою холодностию, ко мне изъявляемою, что нетрудно было видеть в нем внутреннюю ко мне досаду. Может, сие происходит от того, что не скрыл я от Его Сиятельства, каким образом в самом деле злодей был пойман, а Господин Суворов не устыдился при всех зрителях целовать шесть раз в руки и полы одобрителя».