Непродолжительное правление Фоки обернулось для империи настоящей катастрофой. Хосров II начал войну на востоке, желая отомстить за убийство Маврикия, тем самым предоставив новому императору возможность продемонстрировать византийской элите свою мощь. Война затянулась больше чем на два десятилетия. Персы неудержимо продвигались вперед. Всего за несколько лет они один за другим захватили несколько ключевых городов – Феодосиополь (современный турецкий город Эрзерум), Дару, Амиду, Эдессу. Потеря контроля над такими значимыми регионами, разумеется, означала сокращение налоговых поступлений, снижение поставок сельскохозяйственной продукции и утрату престижа. В Италии бесчинствовали лангобарды, усиливая свой контроль над северными территориями. В самой империи Фока не пользовался широкой поддержкой. Единственным, кто оказывал ему содействие, был римский папа Григорий I, который, вероятно, надеялся договориться о титуле вселенского патриарха и о помощи в борьбе против лангобардов, которую ему отказался предоставить Маврикий.

Практически все правление Фоки сопровождалось восстаниями, которые организовывала сенатская элита, поскольку именно против нее император предпринимал особенно жесткие меры. Крупные мятежи начались в Африке. Экзарх Ираклий, ветеран войны с Персией, которую вел еще Маврикий, поддержал кампанию, начатую его сыном (которого также звали Ираклий) и племянником. Они планировали вести наступление на Фоку с моря и по суше. Обычным военным переворотом это назвать нельзя: повстанцы пользовались огромной поддержкой – к примеру, к ним присоединилось могущественное и чрезвычайно богатое семейство Апионов. Этот древний египетский род сам чеканил монеты (в том числе и золотые), так что попытка свергнуть Фоку вскоре превратилась в полномасштабную гражданскую войну. Где бы ни останавливался флот Ираклия, его везде горячо приветствовали, в том числе и в Константинополе, куда он привез икону Пресвятой Богородицы. Сторонники Фоки от него отвернулись, и в 610 г. Ираклий Младший вошел в Константинополь и приказал казнить поверженного императора.

В армии были проведены чистки, чтобы избавиться от всех сторонников Фоки. За первые два года правления Ираклия были устранены все те, кто пытался оказывать сопротивление верным соратникам нового правителя. Что касается внешнеполитической ситуации, империя находилась как на западе, так и на востоке в плачевном состоянии. Балканы фактически остались без защиты, ведь в результате гражданской войны возникла необходимость перебросить войска на персидскую границу. По этой причине в течение последних лет правления Фоки и в начале царствования Ираклия возобновилась активная миграция славян, оседавших в Греции. Этот процесс протекал медленно, однако именно из-за него Византия по сути утратила владычество над этим регионом, за исключением некоторых отрезков побережья, которые находились под защитой имперского флота, а также нескольких крупных городов-крепостей, которые славянам захватить было не под силу. Славяне были организованы в так называемые склавинии – общности, которые проживали неподалеку от укрепленных «градов». Во главе склавинии стоял свой лидер, хотя время от времени возникала и форма коллективного правления. Племена эти, однако, не имели какой-либо структуры, напоминающей государственную, а значит, не представляли серьезной угрозы, в отличие от народов с более централизованным строем.

На востоке персы одерживали одну победу за другой и явно не намеревались принимать предложенное перемирие, условия которого, сформулированные Ираклием совместно с членами сената, были для персов довольно унизительными. В течение первых пяти лет правления Ираклия, несмотря на некоторое военное сопротивление, персы смогли захватить ряд важных городов – Дамаск и Кесарию в 613 г., Иерусалим – в 614 г. Взятие Иерусалима сопровождалось кровавыми расправами. К ужасу верующих, одна из главных христианских реликвий – Животворящий Крест – была вывезена и отправлена в персидскую столицу Ктесифон вместе с бесчисленным количеством пленников. В 615 г. персидские набеги достигли побережья, лежащего напротив Константинополя, а уже в следующем году враги смогли завоевать Палестину, тем самым освободив себе путь к Египту, который был захвачен в 619 г. Потеря этой провинции повлекла за собой серьезные последствия: прекратились поставки бесплатного хлеба в Константинополь. Существует предположение, что, оказавшись в этой катастрофической ситуации, Ираклий решил оставить Константинополь и перенести столицу в хорошо знакомый ему Карфаген, который все еще казался безопасным. Он так и не воплотил задуманное – то ли под давлением отговаривавших его советников, то ли, как гласит легенда, из-за недоброго предзнаменования: внезапно затонул корабль с имперскими сокровищами.

Пережитые Византией потери нашли отклик среди представителей религиозной общины, которая начала формироваться в Аравии: в одной из глав (сур) того текста, который в будущем стал называться Кораном, лидер этого движения, пророк Мухаммед, перечислил все поражения византийцев, при этом высказав убеждение в том, что однажды ситуация в корне изменится. Его посыл звучал обнадеживающе. По его словам, некая монотеистическая империя должна была сокрушить языческое государство Сасанидов. Мухаммед был прав. Однако есть определенная ирония в том, что в скором времени именно по вине возглавляемой им религиозной общины (представителей которой позднее стали называть мусульманами – приверженцами ислама) в истории произошел очередной коренной перелом.

Для обеспечения безопасности своих границ Византии приходилось одновременно следить за угрозой нападения с двух фронтов, ведь слухи о сближении аваров с персами не могли не вызывать опасений. После первой неудачной попытки найти общий язык с аварами (император попал в засаду, и ему едва удалось спастись бегством) в 620 г. с ними был подписан мирный договор, согласно которому Византия должна была выплачивать непосильную дань. По-видимому, именно тогда Ираклий стал налаживать связи с тюрками, жившими за северной границей с Персией, в попытке заключить с ними союз против Сасанидов. Средства, необходимые для финансирования кампании против Сасанидов, были добыты довольно необычным путем: церковь предоставила деньги и священные сосуды, которые в 622 г. были переплавлены в монеты. Император лично взял на себя обучение солдат в Малой Азии и отправился в поход, взяв с собой чудотворную икону Спаса Нерукотворного. Он хотел застать персов врасплох, напав на их империю с севера. Первые одержанные византийцами победы, вероятно, спровоцировали ответный удар со стороны персов: в 626 г. объединенное войско авар, славян и персов двинулось на Константинополь, на тот момент практически необороняемый. Предполагалось, что осада столицы отвлечет Ираклия от начатой военной кампании, однако император отправил в Константинополь немногочисленное войско, не тронув основной контингент. Столица была спасена вопреки всем ожиданиям: по мнению современников, это было возможно лишь благодаря помощи Всевышнего. На городские ворота повесили изображения Богородицы, а по крепостной стене шли процессии с изображениями Христа. Очевидцы рассказывали, как видели, что Дева Мария разрушила славянские корабли, наслав на них страшную бурю. Одно из самых знаменитых произведений византийской поэзии было написано в честь Богородицы, которая помогла жителям города в тот день. В нем Дева Мария восхваляется как военачальница и защитница града Константинополя.