Во главе армий ставились командующие, а при них, а также в дивизиях и полках — «политические комиссары, ответственные за политические деяния армии и штабов и за личный состав последних в политическом отношении».

1 августа В.И. Ленин направил письмо членам Реввоенсовета Восточного фронта — старым большевикам П.А. Кобозеву, К.Х. Данишевскому, К.А. Мехоношину и Ф.Ф. Раскольникову — с просьбой сообщить, достаточно ли «энергично» действовал И.И. Вацетис и другие военные руководители, напоминая, что «вся судьба революции» стояла «на одной карте». Вождю была нужна «быстрая победа над чехословаками на фронте Казань — Урал — Самара».

5 августа приказ Л.Д. Троцкого зафиксировал участившиеся «конфликты между комиссарами и военными руководителями». Нередко комиссары присваивали себе командные и административные функции или отравляли отношения с военспецами «мелкой придирчивостью, в духе самого недостойного местничества». Имели место случаи, когда, несмотря на присутствие комиссаров, военные руководители перебегали на сторону врагов. Троцкий напомнил, что: «1. Комиссар не командует, а наблюдает, но наблюдает зорко и твердо. 2. Комиссар относится с уважением к военным специалистам, добросовестно работающим, и всеми средствами советской власти ограждает их права и человеческое достоинство. 3. Комиссар не перекоряется (так в тексте. — С.В.) по пустякам, но когда бьет, то бьет наверняка. 4. Дальнейшее нарушение этих указаний повлечет за собой суровые кары». И главное: «5. За перелеты тушинских воров на театре военных действий комиссары отвечают головой». По сути дела комиссары, как и командиры, отвечали за вверенные им части жизнью. С революционной вольницей в армии, восходящей к комитетам Временного правительства, Троцкий решил покончить раз и навсегда.

В соответствии с правами командиров и комиссаров фронтов и армий строились взаимоотношения в частях более низкого уровня. 11 августа был издан приказ, в соответствии с которым для руководства действиями красноармейских частей под Казанью был организован Военный совет Казанского участка Восточного фронта. Военным руководителем был назначен «генштабист 1917 года» (выпускник ускоренных курсов академии Генштаба) П.М. Майгур, комиссаром при нем — член Реввоенсовета Восточного фронта П.А. Кобозев, начальником штаба — бывший полковник П.В. Благовещенский, комиссаром штаба — старый большевик С.И. Гусев. На следующий день Л.Д. Троцкий телеграфировал в Высший военный совет, в специализирующийся на «внутреннем фронте» Оперативный отдел Наркомвоена (Оперод) и Главнокомандующему войсками Восточного фронта И.И. Вацетису: «Сейчас общего командования Восточным фронтом фактически не существует. Необходимо выработать в кратчайший срок новую схему управления Восточным фронтом, сообразуя [ее] с новой конфигурацией фронта. Общее командование считал бы необходимым по-прежнему оставить в руках Вацетиса». В заключение Троцкий предлагал всем трем адресатам «незамедлительно представить по телеграфу свои соображения об организации управления всем Чехословацким фронтом».

И.И. Вацетис, очевидно, не желая высказываться о себе самом, соображения не представил, зато Л.Д. Троцкий получил ответные телеграммы от военного руководителя Высшего военного совета М.Д. Бонч-Бруевича и заведующего Оперодом старого большевика из меньшевиков-интернационалистов С.И. Аралова. Первый предложил сформировать четыре группы «по типу дивизий», которые должны будут действовать по разработанному И.И. Вацетисом общему плану. Второй считал необходимым сохранение Восточного фронта как общего фронта под командованием И.И. Вацетиса для действий «против англо-французов и чехословаков».

14 или 15 августа В.И. Ленин принял с докладом о причинах падения Казани одного из лично преданных товарищей — К.Х. Данишевского, в дореволюционный период — «товарища Германа». Председатель Совнаркома в подробностях ознакомился с оперативной обстановкой и принятыми Реввоенсоветом Восточного фронта мерами по организации обороны города, настроением рабочих Казани и крестьян в татарских деревнях, выяснил причины запоздалого прибытия новых пополнений и, между прочим, запросил, достаточно ли помогал фронту возглавляемый Л.Д. Троцким Наркомат по военным делам РСФСР. Не доверяя Троцкому, вождь стремился получить информацию из первых рук. Между 15 и 30 августа В.И. Ленин еще раз переговорил с К.Х. Данишевским и попросил регулярно информировать его о положении на Восточном фронте.

15 августа Л.Д. Троцкий телеграфировал В.И. Ленину: «Аппарат командования слаб», следствием чего стали «злоключения, местами беспричинные панические отступления и пр. Но и тут мы (Л.Д. Троцкий и его легендарный “летучий аппарат управления”, сформированный в ночь на 8 августа поезд с вооруженными до зубов архаровцами, которыми для сравнения с чертями не доставало разве что рогов и копыт. — Авт.) делаем успехи. Организовали аппарат снабжения, ввели институт военных контролеров» и т. д. «Сегодня приезжает Вацетис и новый командующий Казанского и 5-го отряда, — с оптимизмом заявил нарком. — Твердо рассчитываю, что все это обеспечит нам в скором времени благоприятный перелом. Тем не менее, — подчеркнул глава военного ведомства, — я строю организацию в расчете на длительную войну». И вот, строя эту самую «организацию», Троцкий своими распоряжениями, формально вроде бы ставя в известность РВС Восточного фронта, а фактически минуя этот ленинский по персональному составу орган, стал создавать революционные военные советы армий, поскольку постановление СНК от 13 июня декретировало лишь создание реввоенсовета фронта, а приказы Главкома И.И. Вацетиса не поспевали за оперативной обстановкой. Именно так и появился Военный совет 5-й армии. В поползновениях Л.Д. Троцкого создавать органы армейского управления без санкции Совнаркома и согласия Реввоенсовета Восточного фронта И.И. Вацетис и члены РВС Восточного фронта П.А. Кобозев и К.Х. Данишевский небезосновательно усмотрели ограничение своих полномочий, широта которых была определена Совнаркомом и лично В.И. Лениным, однако глава военного ведомства применил старую тактику: лучшая защита — нападение.

Л.Д. Троцкий дал указание членам РВС Восточного фронта предложить И.И. Вацетису отказаться от решения вопросов оперативных и сосредоточиться на организационных. Реввоенсовет признал подобное предложение «по меньшей мере» бестактным, т. к. «вопрос о форме организации управления армиями не есть только вопрос политический, ибо от конструкции организации управления армией зависит успех или неуспех операции». РВС Восточного фронта отметил, что в его компетенцию входила забота о политической организации и состоянии армии. О Главкоме Троцкий писал в РВС фронта, что «Вацетис […]член Совета и его подпись рядом с подписью других членов Совета всегда будет иметь место и под приказами, телеграммами, указаниями, проектами, воззваниями и пр. [документами] политического характера».

Реввоенсовет Восточного фронта в ответ резонно заметил, что И.И. Вацетис сосредоточил на Казанском фронте «максимум лучших боевых сил и технических средств. Там же находится целый ряд комиссаров и образовавшийся Совет под непосредственным наблюдением самого Троцкого».

Постоянное игнорирование Л.Д. Троцким вопросов организации управления фронтом заставило РВС Восточного фронта апеллировать к В.И. Ленину[25]: «считая расширительное толкование декрета о военных советах наркомвоен[ом] Троцким для себя обязательным и впредь до разрешения этого спорного вопроса Совнаркомом», реввоенсовет считал «себя обязанным допустить существование образовавшихся без его ведома и против его воли военсов[етов] отдельных армий». Таким образом, РВС Восточного фронта не только высказался против существования реввоенсоветов армий, но и поднял неосмотрительно брошенную Троцким перчатку.