В ответ 25 августа Л.Д. Троцкий направил В.И. Ленину телеграмму с предложением об освежении личного состава Реввоенсовета Восточного фронта. Вождь ни за что бы на это не пошел, однако 30 августа он был тяжело ранен, и решающее слово осталось за самим Троцким. Вопрос имел принципиальное значение в свете начавшегося образования Южного и Северного фронтов. Дополнительно осложнило положение то обстоятельство, что создание революционных военных советов армий, входивших в состав Восточного фронта, одобрила коллегия Наркомвоена.

1 сентября Л.Д. Троцкий «преподал» «инструкции к точному выполнению» Реввоенсоветам Восточного и Северо-Восточного фронтов вследствие «имевших место недоразумений» в их деятельности. В документе РВС фронта в г. Арзамасе был объявлен Троцким «высшим руководящим оперативным и политическим органом Восточного и Северо-Восточного фронтов», непосредственно подчиненным наркому по военным и морским делам, т. е. самому Троцкому.

В соответствии с документом Главнокомандующему принадлежала «вся полнота командной власти на означенных фронтах без вмешательства в организационно-политическую сторону дела». В этой последней Главнокомандующий мог обращаться только к «наркому по военным делам», т. е. опять же к самому Троцкому, уточняя, «в какой мере те или другие мероприятия политических членов Революционного военного совета препятствуют осуществлению военных задач». Именно в руках комиссаров и членов революционных военных советов сосредоточивалась «вся полнота политического руководства». Троцкий напоминал, что комиссары не состоят при Главнокомандующем, а «являются самостоятельными и полномочными политическим руководителями армии, ответственными за ее дух, дисциплину и внутреннюю связь […]; за личный состав штабов со стороны их добросовестности и революционной благонадежности». Вследствие абсолютной «невозможности непосредственного руководства внутренней жизнью отдельных армий из одного центра» Троцкий предписал «немедленно во главе всех армий (отрядов) организовать революционные военные советы в составе одного командующего и двух комиссаров с тем же разделением функций и прав, какие установлены для Революционного военного [совета] всего фронта». Уточнялось, что командующие, как и политические комиссары Совета отделов политработы армий, утверждаются в должности народным комиссаром по военным и морским делам, т. е. опять-таки самим Троцким.

По всем вопросам переброски военных сил и средств на Восточный и Северо-Восточный фронты РВС Восточного фронта обязывался сноситься с Высшим военным советом, «сообщая каждое свое ходатайство в копии [Оперативному отделу] Наркомвоена», представлявшему собой свердловское «карманное» подразделение в ведомстве Троцкого. Инструкция устанавливала четкую субординацию в отношениях фронтов с вышестоящими органами военного управления. Формально все списывалось на необходимость ликвидировать «беспорядочное одновременное» обращение реввоенсоветов фронтов «в разные инстанции». На самом же деле имелись в виду постоянные апелляции руководства Восточного фронта в Совнарком как орган, принявший решение о создании Реввоенсовета Восточного фронта и непосредственно определявший его персональный состав. При необходимости новых законодательных мероприятий или изменений существующих положений и учреждений РВС фронта обязывался обращаться с соответствующим ходатайством, конечно же, непосредственно к наркомвоенмору, и только в случае невозможности наркома удовлетворить насущные потребности Восточного и Северо-Восточного фронтов за реввоенсоветами фронтов оставалось право непосредственного обращения в Совнарком, имевшего «по существу характер жалобы на деятельность» наркома. Вот тут, наконец, вещи были названы своими именами. В случае, если и на уровне Совнаркома необходимое решение не будет принято, за РВС закреплялось право апелляции к председателю ВЦИК. Оговорка об апелляциях к Я.М. Свердлову не была случайностью: летом-осенью 1918 г. был предельно лоялен к Л.Д. Троцкому именно председатель ВЦИК. В инструкции содержалось предупреждение (чтобы не сказать — угроза): любое «уклонение от предписанного выше порядка повлечет за собой суровое преследование».

Ввиду особо тяжелой обстановки на Восточном и СевероВосточном фронтах при каждой армии (отряде) указанных фронтов учреждался Революционный военно-полевой трибунал из трех лиц, утверждаемых в должности «для рассмотрения всех преступлений, связанных с воинскими и комиссарскими обязанностями», опять-таки наркомом по военным и морскими делам.

Другой приказ Л.Д. Троцкого Реввоенсоветам Восточного и Северо-Восточного фронтов от того же 1 сентября 1918 г. был посвящен ликвидации последствий крайне неприятного инцидента: «В одном из нескольких неуместных по содержанию и по форме заявлений […] РВС было указано, что член коллегии Наркомвоен[а] К.К. Юренев[26] вмешался в оперативные действия, задержав в Свияжске воинские части вопреки приказаниям Главкома и прочее». Кроме того, на основании сообщения, якобы полученного от К.К. Юренева через Л.Д. Троцкого о падении Симбирска, были произведены действия, пагубно отразившиеся на ходе военных операций. К.К. Юренев заявил Л.Д. Троцкому, что Главком на него клевещет. Обвинение против К.К. Юренева было вынесено «в условной форме», но И.И. Вацетис из принципа принялся настаивать на расследовании инцидента. После получения информации о падении Симбирска нарком предписал произвести расследование, запретив командному составу разглашать сведения о падении города.

Реввоенсоветам фронтов приказывалось немедленно указать Л.Д. Троцкому для привлечения «к суровой ответственности» виновных в проведении оперативных действий на основании не проверенных и официально не подтвержденных сообщений.

1 сентября, через день после ранения В.И. Ленина, Л.Д. Троцкий издал приказ, направленный на ликвидацию независимости от него как высшего руководителя Красной армии Реввоенсовета Восточного фронта, члены которого назначались лично В.И. Лениным и ему же и подчинялись. Л.Д. Троцкий был уверен, что извлечет из этого максимальные политические дивиденды, формально утвердившись в качестве единственного военного руководителя. Однако он даже не подозревал, что вставший в условиях ранения основателя партии у руля партийного и государственного механизма Я.М. Свердлов будет неуклонно продолжать ленинскую кадровую политику в военном ведомстве. Своими приказами от 1 сентября Л.Д. Троцкий только осложнил и без того непростые взаимоотношения с Главнокомандующим войсками Восточного фронта И.И. Вацетисом и старыми большевиками из Реввоенсовета Восточного фронта — главным образом, одним из первых советских наркомов П.А. Кобозевым и видным большевистским деятелем из вождей Социал-демократии Латышского края К.Х. Данишевским. Нарком по военным делам не подозревал, что в ближайшие же дни ему предстоит иметь дело с ними как со своими ближайшими соратниками.

Летом 1918 г., в условиях нарастания политического кризиса, начала активных боевых действий на фронтах Гражданской войны, фактического принятия высшим руководством партии курса левых коммунистов, Троцкий активизировал свои действия. В частности он как глава военного ведомства старательно вмешивался в компетенцию ленинских народных комиссариатов с целью их милитаризации. Так, 12 июля Троцкий доложил на заседании СНК РСФСР о «необходимости организации строжайшего контроля над водным пассажирским транспортом, для воспрепятствования свободному продвижению белогвардейцев, контрреволюционеров и мешочников». По итогам Совнарком поручил Наркомвоену, НКВД и Главоду образовать совещание по организации контроля над водным пассажирским транспортом и по выработке строжайших мероприятий вплоть до расстрела, для борьбы с хулиганством и безобразиями, творимыми некоторыми разложившимися частями организованной Главодом охраны. Наркомпроду поручалось доставить этому совещанию «весь информационный материал» по данному делу. Председателю ВСНХ А.И. Рыкову вменялась в обязанность организация «бдительного контроля над всем речным транспортом»; уничтожения возможностей контрреволюционерам «беспрепятственно передвигаться по рекам в целях заговоров и мятежей». Рыков должен был доложить Совнаркому о принятых мерах в недельный срок. Уточнялось, что контроль должен быть организован как на пароходах, так и на пристанях. Не позднее 13 июля фактически вставший во главе Наркомпрода вместо заболевшего А.Д. Цюрупы М.К. Владимиров писал вождю о договоре с Л.Д. Троцким, что у Владимирова появится «заместитель специально по военным делам».