С казнью Бесса война не закончилась. Спитамен возглавил еще более грозное восстание, но в итоге ему пришлось уйти в земли своих союзников массагетов, которые отрубили ему голову, отослали ее Александру и признали его власть (лето 328 г.). Однако восставшие по-прежнему удерживали Паретакену. В середине снежной зимы Александр начал осаду твердыни одного из согдийских вождей, Оксиарта, известной как Согдийская скала и считавшейся неприступной. В ответ на его призыв 300 горцев-македонян, используя веревки и железные колья, взобрались на утес. 30 разбились насмерть, но, когда остальные появились на вершине над крепостью, гарнизон сдался. Александр влюбился в одну из пленниц – Роксану, дочь Оксиарта, славившуюся своей красотой, – и объявил о намерении жениться на ней. Тогда Оксиарт сдался и стал помогать Александру. Свадьбу Александра и Роксаны отпраздновали в крепости другого вождя, Хориена, который капитулировал под впечатлением очередного подвига скалолазов. Брак Александра отвечал и политическим расчетам, так как честь, оказанная согдийской знати, и сохранение за Оксиартом и Хориеном их привилегий весной 327 г. привели к прекращению всякого сопротивления.

В 330 г. Александр впервые столкнулся с оппозицией в рядах македонской армии. Люди хотели вернуться домой. В то время как Александр намеревался покорить горные области Персидской империи, они полагали, что смерть Дария означает конец кампании. Поскольку, по сути, они представляли собой македонский народ, Александр собрал их и произнес речь как в народном собрании. Солдаты согласились продолжить войну. Персидская политика Александра вызывала серьезное недовольство среди гетайров. Поскольку Александр назначал персов на высшие должности и требовал от них верности себе как царю Персии, он и со своими персидскими подданными обращался на персидский манер. Когда Дарий погиб, Александр при решении персидских дел стал носить персидское платье, не слишком бросающееся в глаза. Позже он судил и казнил Бесса по персидскому обычаю, а персиянку Роксану сделал царицей. Наиболее важным аспектом персидской монархии являлось «родство» царя с персидскими аристократами. В качестве «родственников» они образовывали его окружение и получали от него земли и власть; они судили предателей, сражались за него как конная царская гвардия и служили ему как министры, сатрапы и полководцы. Будучи принят в персидскую царскую семью, Александр претендовал на такое «родство», и после брака с Роксаной и завоевания внутренних областей знатные персы признали его притязания. В Александре они видели «царя земель всех народов», получившего это божественное право от Ахура-Мазды, и падали перед ним ниц как перед своим повелителем.

Теоретически политика Александра была понятна гетайрам-македонянам. Македонское государство было устроено почти аналогичным образом: знатные македоняне считались «родственниками» царя, получали от него земли и полномочия и исполняли те же самые обязанности; а македонское народное собрание судило изменников согласно своим законам. Однако македоняне были более склонны видеть различия, чем сходство. Особенно сильно разницу подчеркивали греки, служившие среди гетайров и в армии. Они всегда рассматривали персидскую монархию как противоположность греческой свободе в политике и религии. Больше всего недоразумений вызывал обычай падать ниц перед царем (proskynesis), так как для грека, а возможно, и для македонянина он означал преклонение перед богом. Александр пытался побороть скрытую оппозицию среди гетайров, всячески подчеркивая, что он тоже македонянин, не воспринявший персидских обычаев, и прибегает к ним только из политических соображений. Он шагал вместе с македонянами через покрытые снегами горы и через безводные пустыни; в Бактрии он был дважды ранен; он охотился и пил со своими гетайрами так же, как в Европе. Из Македонии были вызваны знатные юноши, чтобы пополнить ряды пажей и в должный срок стать гетайрами. Александр спрашивал мнения у совета гетайров, выступал перед македонским народным собранием и прикладывал македонскую печать ко всем документам Македонского государства. В отношении своей веры он оставался стопроцентным македонянином. «По обычаю предков» проводились игры, жертвоприношения и богослужения; македонский двор Александра оставался незатронут религиозными представлениями египтян, вавилонян и персов. Царь считался наследником Зевса, основателем его династии, и вслух взывал к Зевсу во время битвы при Гавгамеле. Он всегда носил с собой «Илиаду». Он был diogenes, то есть «происходил от богов», и для потомка Геракла и Ахилла покорность восточных жрецов и знати не имела никакого религиозного значения.

Разногласия подтачивали верность некоторых гетайров и вызывали у Александра подозрительность, что привело к катастрофическим последствиям. Осенью 330 г. Филот, сын Пармениона и командир конницы гетайров, узнал о заговоре, но ничего не сообщил Александру, которому о заговоре стало известно из других источников. Заговор был раскрыт, Александр обвинил Филота и других заговорщиков перед собранием македонян, и Филота единственного посчитали виновным в измене и казнили. По македонскому закону об измене казне подлежали все взрослые мужчины в его роду, в том числе и Парменион, который блестяще служил Филиппу и Александру и в войнах Александра потерял двух других сыновей. Сейчас он командовал сильной македонской армией, контролировавшей коммуникации Александра. Делать для Пармениона исключение было слишком опасно, так как это могло вызвать бунт. Посланцы Александра, обогнав известие о казни Филота, убили Пармениона и зачитали перед его войском приказ царя. В это время македонское народное собрание приговорило к смерти Александра Линкийского, арестованного в 333 г. в качестве претендента на престол.

Осенью 328 г. на пиру Александра и гетайров в Самарканде Клит, спасший жизнь царю при Гранике, начал насмехаться над персидскими обычаями Александра. Немолодой уже Клит, один из современников Филиппа (которому в этот момент было бы 53 года), был в числе наиболее недовольных политикой молодого царя. Когда Клит обозвал Александра «сыном Амона, а не Филиппа» и высмеял персов, падающих ниц перед своим монархом в белых одеяниях, Александр вышел из себя и потянулся за кинжалом, но оказалось, что его унес страж. Он закричал по-македонски, призывая стражу, но никто не отозвался, и тогда Александр выхватил у караульного пику. Тем временем друзья Клита вытолкали того из помещения, но Клит вернулся через другую дверь. В тот самый момент Александр закричал: «Клит!» Он ответил: «Александр, Клит здесь», и царь пронзил его пикой. Клит умер на месте. Александр три дня пребывал в глубоком раскаянии, отказываясь от пищи, пока гетайры не вломились к нему в комнату и не вынудили вернуться к исполнению царских обязанностей.

Весной 327 г. Александр попытался наладить контакты между македонянами и персами. После смерти Дария он включил брата Дария, уже возглавлявшего персидских «родственников», в число гетайров-македонян. Теперь он повелел, чтобы гетайры падали ниц в присутствии мидийских и персидских «родственников», которые последуют их примеру. Первым исполнил приказание Гефестион, ближайший друг Александра, а за ним другие македоняне, и отказался только летописец Каллисфен из Олинфа, грек родом. Александр больше никогда не настаивал на своем требовании, но его враждебное отношение к Каллисфену проявилось снова, когда был раскрыт заговор среди пажей, которых обучал Каллисфен. Юноши сознались в своей вине, предстали перед судом македонского народного собрания и были, согласно обычаю, побиты камнями. Каллисфен, арестованный одновременно с ними как соучастник, был казнен позже. Был ли он виновен или нет, неизвестно; вожди аристотелевской школы перипатетиков, к которой принадлежал Каллисфен, позже писали об Александре с такой же ненавистью, с какой Демосфен отзывался о Филиппе.