На берегу реки войско поставило двенадцать алтарей и принесло благодарственные жертвы за все свои победы. Возвращаясь к Гидаспу, Александр отдал завоеванные им земли Пору, получил знаки покорности от Абисара и установил количество дани, которую должны были платить два эти вассальных царя. В Александрии на Акесине были поселены некоторые ветераны-наемники и индийцы, завершено строительство Александрии и Букефалы на Гидаспе, а из Македонии прибыли крупные подкрепления и медикаменты. Обнаружив в бассейне Инда крокодилов и такие же, как в Египте, бобы, Александр сперва подумал, что Инд – это Верхний Нил, великая река юга, аналогичная Танаису на севере. Позже он узнал, что Инд впадает в море, и решил, что это море и есть океан. Построив тысячу кораблей, Александр принес жертвы речным богам, македонским богам, Посейдону и самому океану, после чего армия и флот отправились в обратный путь (ноябрь 326 г.). В верховьях Инда Александр встречался в основном с народами индоевропейского происхождения, но южнее он столкнулся с религиозным фанатизмом брахманов, вдохновлявших дравидские народы на более упорное сопротивление. Александр был полон решимости расчистить путь по Инду до самого моря и, когда местные племена отказывались ему повиноваться, часто прибегал к массовой резне и порабощению. Во время кампании против маллиев Александр с тремя воинами возглавлял штурм крепости и оказался отрезанным внутри стен. Александр был ранен пронзившей его грудь стрелой. Когда его, потерявшего сознание, вынесли из боя на щите, прошел слух, что он погиб. Армия была в отчаянии, пока он не показался перед бойцами на лодке, подняв в приветствии руку; войско в ответ разразилось криками ликования.

В июле 325 г. войско прибыло в Патталу, где начиналась дельта Инда, и Александр послал людей вырыть большую гавань и построить причалы. Он был уверен, что обнаружил морской путь в «Красное море» (Персидский залив), который связывает Персию и Индию. Уже покоренная часть Индии была разделена на сатрапии, в которых построили и заселили несколько Александрий, а вассальные царства исполняли роль буферных государств на востоке. Часть армии под командованием Кратера, забрав обоз, отправилась на запад дорогой, проходящей в глубине материка. Александр вышел в море, принес жертвы Посейдону и бросил в воду золотую чашу. В сентябре Неарх с флотом отплыл из очередной Александрии (Карачи); ему было приказано исследовать и сделать карту побережья, чтобы в будущем можно было установить регулярную навигацию. Александр с оставшейся частью армии отправился вдоль побережья, покоряя местные племена и устраивая склады для флота, который двигался медленно из-за встречных ветров. В Оре Александр основал еще одну Александрию и оставил Леонната с частью армии, сам же примерно с 10 тысячами бойцов и множеством сопровождавших армию гражданских лиц поспешил вперед. В Индии он похоронил многих македонян, в том числе и своего малолетнего сына Геракла, которого Роксана родила ему во время кампании.

Дойдя до реки Томер (Хингол), Александр повернул в глубь материка, огибая горы, и вскоре оказался в безводной Гедросийской пустыне. Проводники заблудились. Вьючных животных пришлось съесть, армия могла идти лишь по ночам, когда жара спадала, и тех, кто падал, оставляли умирать. Сам Александр спешился и шел во главе своих людей; он бросил свой багаж и отказывался от воды, если ее не хватало на всех. Большинство солдат добрались до Пуры, где устроили передышку, но многие из тех, кто шел за армией, погибли в пустыне. Моряки Неарха, плывя вдоль побережья, также страдали от нехватки продовольствия и воды. Однажды они пустились в погоню за стадом китов. В другой раз, высадившись, нашли аборигенов, питавшихся сырой рыбой и живших в хижинах, сложенных из китовых костей. Но в конце концов они добрались до входа в «Красное море» (Персидский залив) и после восьмидесяти дней плавания встали на якорь в устье реки Аманис. Оттуда Неарх отправился в глубь страны и встретился с Александром. Когда Неарх сообщил царю, что флот цел, Александр расплакался и вознес благодарственные молитвы греческому Зевсу и ливийскому Амону, так как уже начал терять надежду. После празднества в честь воссоединения армии и флота они направились в глубь залива, а оттуда вверх по Тигру в Сузы, куда прибыли весной 324 г. Там уже был и Леоннат; Александр возложил на него и Неарха золотые венцы.

За долгое отсутствие Александра некоторые его сатрапы и полководцы начали злоупотреблять властью. Александр арестовал и казнил четверых персидских сатрапов и трех военачальников и приказал всем сатрапам распустить любые наемные войска, находившиеся в их распоряжении. В вакантные сатрапии были назначены македоняне; один из них, Певкест, сатрап Персии и Сузианы, стал носить персидское платье и заслужил преданность персидского народа. Гарпал, роскошно живший за счет сокровищ Александра, бежал в Эгейское море с флотом, 6 тысячами наемников и 5 тысячами талантов. По совету Демосфена Афины запретили ему вход в Пирей, но летом 324 г. его с двумя триремами впустили в город и арестовали. Вскоре после этого он бежал, и Ареопаг начал расследование с целью узнать, кому он давал взятки. В Египте Клеомен притеснял местных купцов, монополизировал экспорт зерна и продавал его по непомерным ценам, сколотив состояние в 8 тысяч талантов. Александр не спешил ничего предпринимать против него, опасаясь, что он восстанет и укрепится на египетской границе. Хотя эти злоупотребления были очень досадными для царя, суровые меры Александра в восточных сатрапиях, продемонстрировавшего, что он намерен охранять интересы подданных, положили им конец.

Оставшуюся часть 324 г. Александр посвятил организации своей восточной империи. Хотя он знал, что его политика непопулярна среди македонян, он намеревался слить наиболее здоровые элементы персидской аристократии с македонскими гетайрами и создать армию из представителей самых воинственных народов империи. В Сузах Александр и 80 гетайров совместно отпраздновали свадьбу по персидскому ритуалу с невестами из персидских и мидийских аристократических семейств. Сам Александр взял себе второй женой Барсину, старшую дочь Дария, а Гефестион женился на ее сестре Дрипетиде. Там же Александр наблюдал парад 30 тысяч персидских юношей, проходивших военное обучение, в македонском строю. Было рекрутировано много персидских конников в кавалерию; как и в Индии, ее зачислили в состав существующих гиппархий, а некоторых знатных юношей записали в конную царскую гвардию (agema). Любых македонских солдат, взявших себе азиатских наложниц, освобождали от военной службы. Их сожительство было оформлено как официальные браки, и Александр вручил всем таким парам, которых набралось больше 10 тысяч, свадебные подарки. Таким образом, Александр старался развивать взаимное уважение двух народов на административном и военном уровне, но он понимал, что эти действия возбудят негодование у македонян старшего возраста.

Летом 324 г. Александр собрал свои македонские войска в Описе и объявил об увольнении всех, кого раны или возраст делали непригодными для военной службы. Он уже оплатил личные долги всей армии, а теперь щедро отблагодарит их и поможет вернуться в Македонию. Солдаты разразились негодующими криками: они думали, что царь хочет избавиться от них, а взамен набрать азиатов, и их гордость была задета. Некоторые кричали, чтобы он распустил всю армию и «воевал со своим отцом», то есть Амоном Ливийским. Александр и его офицеры устремились в толпу, схватили 13 коноводов и велели их вывести. В наступившей тишине Александр снова поднялся на помост. Он напомнил македонянам об услугах, оказанных им самим и Филиппом своей стране; о своих трудах, ранах и подарках для воинов; о своей готовности и на войне и в мире полностью разделять их образ жизни. Если они все хотят отправиться домой, пусть уходят и расскажут македонскому народу правду: они бросили своего царя. В молчании Александр покинул армию и провел два дня во дворце, не выходя и никого не пуская к себе. Затем он послал за виднейшими персами, назначил их на высокие военные должности и позволил всем, кого объявил своими «родственниками», облобызать его. При вести об этом македоняне поспешили во дворец и бросили наземь свое оружие как просители. Когда Александр вышел к ним, старший по чину из присутствовавших гетайров от имени всех выразил сожаление, что Александр называет персов «родственниками» и позволяет им, а не македонянам, целовать себя. «Но я и вас всех считаю сородичами!» – воскликнул Александр. Воины окружили его, целуя и крича от радости. Затем они подобрали оружие и вернулись в лагерь.