Враждебность якобинцев к Дезе все более нарастала. Несмотря на самые лестные отзывы о нем его непосредственных начальников — генерала Ш. Пишегрю (командующий Рейнской армией) и Л. Сен-Жюста (комиссар Конвента при Рейнской армии), Комитет общественного спасения принял решение об аресте Дезе. Но когда прибывшие из Парижа с этой миссией комиссары Конвента появились в дивизии Дезе, то солдаты, обожавшие своего командира, их просто прогнали. После этого инцидента якобинские правители, боявшиеся армии, оставили Дезе в покое.

Возглавляя одну из дивизий Рейнской армии, Дезе успешно действовал в кампаниях 1794 и 1795 годов, неоднократно подтверждая свою высокую боевую репутацию. Его слава гремела по всем фронтам Республики. В 1796 году, находясь в Рейнско-Мозельской армии (генерал Ж. Моро), которая считалась главной и самой лучшей армией Французской республики, Дезе участвовал в походе Моро за Рейн.

Как всегда, его действия в Германии отличались большим искусством и смелостью. В результате внезапного и стремительного удара он разгромил корпус французских эмигрантов (принц Л. Конде) и овладел городом Оффенбург (на правом берегу Рейна, юго-восточнее Страсбурга). В сражении при Раштадте (на правом берегу Рейна, северо-восточнее Страсбурга) Дезе командовал левым крылом французской армии. Особенно отличился при отступлении Моро из Баварии через горы Шварцвальд, в ходе которого, прикрывая отход главных сил, Дезе командовал арьергардом армии, а затем упорной обороной плацдарма на правом берегу Рейна в районе Келя сковал действия всей австрийской армии эрцгерцога Карла. Он удерживал плацдарм до тех пор, пока всякая опасность для главных сил отступающей за Рейн армии Моро не миновала. Только после этого Дезе оставил занимаемый плацдарм. Его отход за Рейн ввиду многократно превосходящих сил противника был проведен блестяще.

В кампаниях 1796 и 1797 годов на Рейне Дезе был одним из ближайших сподвижников Моро. Но подобно многим другим генералам французской армии того времени Дезе восхищался подвигами генерала Наполеона Бонапарта в Италии.

Желая познакомиться лично с этим прославленным полководцем, который в считанные месяцы затмил своей славой всех других полководцев Французской республики и стал в системе ее военной иерархии звездой первой величины, Дезе после завершения кампании 1796 года устроил себе командировку в Итальянскую армию. Бонапарт радушно принял знаменитого генерала, о боевых подвигах которого на Рейне он также был хорошо осведомлен.

Знакомство, к удовольствию обеих сторон, состоялось. Дезе был очарован не только приемом, который оказал ему командующий Итальянской армией генерал Наполеон Бонапарт, но и личностью этого человека. С этого времени Дезе сделался его горячим поклонником. Дезе также пришелся по душе Бонапарту. Поэтому когда Наполеон задумал предпринять экспедицию в Египет, сомнений у Дезе по поводу своего участия в ней не было. Бонапарт с большим удовольствием предложил ему командование одной из дивизий своей экспедиционной армии (Восточная армия). Так Дезе вошел в число ближайших боевых соратников Наполеона.

Египетская экспедиция Наполеона Бонапарта началась 19 мая 1798 года. В этот день корабли французской эскадры и транспорты, имея на борту экспедиционную армию, покинули берега Франции и взяли курс на Египет. Возглавляемая Наполеоном Бонапартом Восточная армия насчитывала 38 тыс. человек (5 дивизий) и 120 орудий. Из 31 генерала, составлявших командование армии, около 20 являлись сподвижниками Бонапарта по Итальянскому походу 1796—1797 годов. Высадка войск на египетском побережье произошла 1—3 июля. Последней высаживалась дивизия Дезе. После взятия Александрии (2 июля 1798 года), в котором дивизия Дезе не участвовала, французская армия направилась к реке Нил. Ее авангардом командовал Дезе. Тяжелейший переход по безводной песчаной пустыне, во время которого в изнуренных палящим зноем и невыносимой жаждой войсках едва не вспыхнул мятеж, был осуществлен за трое суток.

13 июля возглавляемый Дезе авангард в бою при Уамбо (Шебрейс) на левом берегу Нила наголову разгромил передовой отряд (свыше 4 тыс. человек) армии мамлюков (Мурад-бей) и двинулся на Каир. 21 июля 1798 года произошло знаменитое сражение у Пирамид, перед которым Наполеон Бонапарт, обращаясь к своим войскам, произнес ставшие знаменитыми слова: «Солдаты, сорок веков смотрят на вас!» В этом сражении Дезе командовал правым крылом французском армии, по которому мамлюкская конница Мурад-бея нанесла свой главный удар. Все яростные атаки противника разбились о несокрушимую стойкость французских каре дивизии Дезе. В сражении у Пирамид армия мамлюков потерпела сокрушительное поражение. 24 июля французы заняли столицу Египта — Каир. Однако полностью уничтожить армию Мурад-бея им не удалось, ее остатки начали отступление в Верхний Египет. Их преследование Бонапарт поручил Дезе, который должен был завоевать Верхний Египет и завершить уничтожение армии мамлюков. Главнокомандующий армией особо подчеркнул, что эта задача является главной в данный момент для Восточной армией.

Кампания в Верхнем Египте продолжалась более 9 месяцев (с августа 1798 года по май 1799 года). Все это время Дезе, располагавший весьма ограниченными силами (до 3 тыс. человек с 2 орудиями), неутомимо гонялся за неуловимым Мурад-беем, имевшим многократное численное превосходство (свыше 10 тыс. человек). Не давая противнику ни малейшей передышки, французы проводили многочисленные рейды с целью разгрома его отдельных группировок, отрядов или баз, усмирения взбунтовавшихся населенных пунктов или районов. Стычки с небольшими отрядами противника происходили постоянно. В ходе этой напряженной и изнурительной борьбы Дезе с непоколебимым упорством и настойчивостью решал поставленные перед ним задачи. Наиболее крупные бои в ходе этой кампании произошли под Седиманом (7 октября 1798 года), Самхудом (22 января 1799 года) и Абиудом (8 марта 1799 года). Все они закончились разгромом мамлюков, несмотря на их подавляющее численное превосходство. К концу мая 1799 года основные силы мамлюков были уничтожены, и покорение Верхнего Египта завершено. Мурад-бей был вынужден прекратить сопротивление, изъявить покорность и признать установление французского правления в Египте.

За время своего пребывания на юге Египта Дезе показал себя умелым и умным военным администратором. Управляя завоеванным краем, он снискал не только признательность, но и уважение местного населения, называвшего его «султаном Эль-Адель» (справедливый правитель).

Боевые заслуги Дезе во время Египетского похода получили высокую оценку со стороны Наполеона Бонапарта, приславшего ему драгоценную саблю при очень лестном письме. Покидая 24 августа 1799 года Египет, Бонапарт в числе наиболее близких к нему генералов намеревался забрать с собой и Дезе. Однако ввиду поспешности отъезда, подготовка к которому проводилась в строжайшей тайне и в очень ограниченное время, своевременно вызвать Дезе из Верхнего Египта не представлялось возможным. Поэтому Бонапарт передал своему преемнику на посту главнокомандующего Восточной армией генералу Ж. Клеберу просьбу отправить Дезе во Францию при первой же возможности. Такая возможность появилась только после заключения Клебером Эль-Аришского договора с Турцией (24 января 1800 года) о перемирии и последующей эвакуации французских войск из Египта на почетных условиях. Но Англия отказалась признать этот договор, и под ее давлением турки разорвали его.