Вступая в командование полубригадой, Дюгомье вскоре проявил себя как один из наиболее способных генералов Итальянской армии. Ему неизменно сопутствовала удача. Умелые и инициативные действия Дюгомье обеспечили французам достижение успеха в целом ряде боев с австрийскими и пьемонтскими войсками. Его боевые заслуги и военные способности были высоко оценены командованием — уже через 4 месяца после прибытия в Итальянскую армию он был назначен командиром дивизии и произведен в дивизионные генералы. Особую известность ему принесла победа при Жилетте (октябрь 1793 года), где он наголову разгромил пьемонтскую дивизию, потерявшую только убитыми свыше 4 тыс. человек.

Еще в июле 1793 года роялистским мятежникам при поддержке английской эскадры удалось захватить Тулон — основную военно-морскую крепость на средиземноморском побережье Франции. Длительная осада Тулона республиканскими войсками успеха не имела. Главная причина неудачи заключалась в том, что командование армией, осаждавшей эту крепость, возглавляли некомпетентные в военном деле генералы, один бездарнее другого. За 4 месяца сменились 3 командующих Тулонской армией, первый из которых был художником, а второй — беллетристом. Наконец в конце ноября 1793 года в командование ею вступил Дюгомье.

С его прибытием боевые действия республиканских войск под Тулоном заметно активизировались, стали более осмысленными и целеустремленными. Под огнем французских батарей английская эскадра была вынуждена отойти от города, занимавшие его роялисты лишились мощной огневой поддержки. Началась интенсивная подготовка к штурму крепости. План штурма Тулона еще до прибытия Дюгомье был разработан помощником начальника артиллерии армии капитаном Наполеоном Бонапартом (фактически Бонапарт в это время исполнял обязанности начальника артиллерии армии). Однако невежественные в военном отношении, но чрезвычайно амбициозные и самонадеянные, как и все дилетанты, предшественники Дюгомье генералы Ж. Карто, а затем сменивший его Ф. Доппе, упорно отвергали его, считая несостоятельным. Дюгомье же, ознакомившись с этим планом, сразу же оценил его, утвердил и принял к исполнению. Его решение единодушно поддержали также находившиеся при Тулонской армии комиссары Конвента (Рикор, Саличетти и Фрерон), возглавляемые младшим братом вождя якобинцев Огюстеном Робеспьером, чье мнение в таких вопросах было решающим.

После 3-дневной артиллерийской подготовки, в которой участвовали 45 тяжелых орудий, возглавляемые Дюгомье революционные войска в ночь на 17 декабря 1793 года пошли на штурм Тулона. Одной из 4 штурмовых колонн командовал Бонапарт. Тем самым командующий армией оказал ему особое доверие, несмотря на его небольшой чин (остальные ко лонны возглавляли генералы). Ожесточенное сражение продолжалось до вечера 18 декабря, когда наконец республиканцы, подавив все очаги сопротивления противника, полностью овладели городом и крепостью[61]. Остатки вражеского гарнизона спаслись бегством. Тулон стал крупной победой Республики. Конечно, эта победа не решила исход всей войны, но это была знаковая победа революционной армии над объединенными силами внутренней и внешней контрреволюции. Достигнуть ее удалось благодаря тому, что был принят смелый, замечательный своей простотой и ясностью план операции, предложенный Бонапартом и блестяще реализованный Дюгомье.

Дюгомье первым из французских военачальников оценил выдающиеся военные способности Наполеона Бонапарта и как бы благословил начало его блистательной полководческой карьеры. Только благодаря Дюгомье дотоле безвестный артиллерийский капитан Бонапарт смог проявить себя под Тулоном как подающий большие надежды военачальник. Именно там, в Тулоне, в дымно-кровавых отблесках ожесточенного сражения взошла удивившая вскоре весь мир звезда Наполеона, мрачно сверкавшая своим неповторимо загадочным светом на европейском небосклоне более 20 лет. Для современников Наполеона слово «Тулон» стало символом резкого и стремительного поворота судьбы. На острове Святой Елены, когда все было уже позади, Наполеон, возвращаясь к минувшим событиям, чаще и охотнее всего вспоминал именно Тулон — свой первый шаг к славе. В его долгой полководческой деятельности было много блестящих побед, любая из которых могла увенчать его лаврами выдающегося полководца, но дороже всех этих побед ему был Тулон… Из всех прежних начальников, под командованием которых Наполеону довелось служить в первые годы своей военной карьеры, самым уважаемым для него был генерал Дюгомье.

Кровавый террор, развязанный якобинскими властями в поверженном Тулоне, глубоко возмутил Дюгомье. Но пресечь бесчинства было не в его власти. Комиссары Конвента, с ведома которых все это творилось, ему не подчинялись, а пойти на прямую конфронтацию с ними он не решался, хорошо зная, чем для многих генералов все это кончилось (только что погиб на гильотине его недавний начальник — командующий Итальянской армией генерал Брюне).

Победа под Тулоном принесла Дюгомье громкую боевую славу и широкую известность. Его имя стало неизменно фигурировать в числе лучших полководцев республики.

В начале 1794 года он был назначен командующим Восточно-Пиренейской армией, сражавшейся против испанцев. Армия эта находилась далеко не в блестящем состоянии и с большим трудом сдерживала натиск вторгшегося в пределы Франции противника. Вступив в командование, Дюгомье энергично взялся за повышение ее боеспособности. В сравнительно короткий срок поставленная им цель была достигнута. В апреле 1794 года возглавляемая Дюгомье Восточно-Пиренейская армия перешла в наступление. Под ее ударами противник был вынужден очистить территорию Франции. Боевые действия переместились на испанскую территорию. Развивая достигнутый успех, войска Дюгомье взяли штурмом сильно укрепленные форты Монтескье и Сен-Эльм. При штурме последнего Дюгомье был тяжело ранен, когда лично вел в решительную атаку колонну гренадеров. Но, несмотря на ранение, он не покинул поля боя до конца сражения, которое завершилось полной победой французов. Испанский генерал Коллиура с остатками своих войск был вынужден положить оружие. По распоряжению Дюгомье, его отпустили под честное слово не сражаться против французов до окончания боевых действий, но испанский генерал нарушил данное им слово. В ответ на это Конвент принял постановление — больше в плен испанцев не брать. Однако Дюгомье проигнорировал это бесчеловечное решение. Он считал, что подобные методы ведения войны неприемлемы для честного воина и уважающей себя армии.

Едва оправившись от ранения, Дюгомье вернулся в армию и в мае 1794 года нанес в Восточных Пиренеях сокрушительное поражение испанской армии, спешившей на выручку осажденной французами крепости Беллегард. Противник потерял только пленными свыше 2 тыс. человек и всю артиллерию (до 100 орудий). Сама крепость после длительной осады затем была принуждена к сдаче голодом. Недостаток сил не позволил Дюгомье осуществить вторжение в глубь Испании. Осенью противник попытался перейти в наступление. Собрав свои силы в кулак, Дюгомье нанес встречный удар. 17 ноября 1794 года при Сен-Себастьяне произошло решительное сражение, в котором испанцы были разбиты. Но праздновать радость победы Дюгомье не довелось. В самый решающий момент сражения, когда левое крыло противника было уже опрокинуто стремительной атакой французов, выдвинувшийся в боевые порядки своих войск командующий армией был сражен осколком вражеской гранаты. Для Восточно-Пиренейской армии триумф победы превратился в скорбную церемонию прощания со своим доблестным командармом.