Почти не претерпела изменений система наружного наблюдения, за исключением улучшения технического оснащения его сотрудников. К 1941 году почти все они прошли курс обучения работе с аппаратурой для секретного фотографирования.

Политконтроль (ПК) продолжал оставаться одним из важнейших методов контрразведки и осуществлялся в соответствии с постановлением СНК СССР от 19 декабря 1939 года № 001414. Согласно этому руководящему документу, в его функции входил контроль всей международной корреспонденции, отборка писем по оперативным заданиям органов госбезопасности, проведение особых мероприятий, выборочный контроль за внутренней корреспонденцией, выявление по почеркам авторов антисоветских писем и учет всех лиц, поддерживающих письменную связь с заграницей и дипломатическими представительствами иностранных государств в СССР. В остальном задачи ПК оставались неизменными.

Весьма важным направлением деятельности органов госбезопасности являлась радиоконтрразведка. Зародилась она в мае 1921 года, когда в каждом штабе фронта и военного округа появилось по одной радиоприемной станции особого назначения (ОСНАЗ), передававшей все перехваченные материалы в Спецотдел. Они подчинялись РККА, однако уже в следующем году в Спецотделе появилась собственная радиостанция с четырьмя приемниками, которые обслуживали 20 сотрудников. В этом звене контрразведка соприкасалась с разведкой. Советская дешифровальная служба к середине 1930-х годов оформилась в организационном отношении и стала работать в более спокойном режиме, фактически войдя в систему госбезопасности, хотя ее руководитель Бокий по-прежнему чувствовал себя совершенно автономным от НКВД. Он игнорировал указания наркома, с 1920-х годов не посещал партийные собрания, во всеуслышание называя их пустой болтовней, и вообще всячески демонстрировал свою независимость. Как известно, закончилось это для него весьма плачевно. Многие историки полагают отстранение начальника Спецотдела от должности и его последующий расстрел страшным ударом, нанесенным по шифровальному и дешифровальному делу в СССР. Однако и в случае с Бокием все тоже обстояло далеко не однозначно. Действительно, к середине 1930-х годов советская криптография достигла впечатляющих результатов во вскрытии иностранных шифров и кодов, хотя в значительной степени не за счет дешифровальных работ, а благодаря ключам, добытым оперативным путем. Но приблизительно после 1935 года она стала все более отрываться от современности. Почти полностью игнорировались новейшие научные достижения, ввиду чего отечественная криптографическая наука значительно отстала от зарубежной, и их разрыв с каждым годом увеличивался. При этом ручные шифры просто вскрывались с трудом, а о существовании машинных советские дешифровальщики имели лишь самое общее представление. По этой причине прочтение закрытой с помощью “Энигмы” германской шифрованной переписки исключалось в принципе, то же относилось и к японским системам. Кроме того, существовавшая структура единой криптографической службы страны значительно ущемляла потребности армии. После 1934–1935 годов почивавший на лаврах предыдущих достижений и монополизировавший отрасль начальник спецотдела Бокий фактически стал тормозить развитие криптографического дела в Советском Союзе. Вероятно, это и стало основной причиной решения Сталина снять проблему испытанным способом — арестом руководителя службы. Безусловно, немалую роль сыграл и субъективный фактор, строптивость Бокия, его очевидное нежелание подчиняться вообще кому бы то ни было, а также его принадлежность к сподвижникам Ленина, ибо, вероятно, не существовало другой категории людей, столь же сильно раздражавшей Сталина.

После ареста Бокия система криптографии некоторое время не реформировалась, поскольку эта область разведки, как никакая другая, требует фундаментальных и, следовательно, длительных научных исследований. Положение начало изменяться лишь через несколько лет, когда на работу стали приходить выпускники специализированных факультетов, однако стратегическая линия на дешифровку машинных текстов так и не была определена, и начавшаяся война застала советских дешифровальщиков совершенно неподготовленными к ней.

Военные активно требовали у правительства разрешить им создать собственную криптографическую службу, но НКВД долгое время стоял насмерть, сохраняя монополию в столь влиятельной отрасли. Наконец, здравый смысл перевесил аргументы чекистов, и 4 июля 1939 года Комитет обороны при СНК принял постановление, на основании которого нарком обороны издал приказ от 16 июля об образовании Дешифровально-разведывательной службы (ДРС). Первоначально ДРС являлась 11-м отделом при 5-м отделе генштаба, а в августе следующего года она была реорганизована и подчинена Разведывательному управлению. НКВД передал туда все шифры, коды, дешифровальные документы и другие материалы, относящиеся к военной тематике. Криптография немыслима без радиоразведки, и с этой целью в Красной Армии были созданы тяжелые радиопеленгаторные роты, в середине 1930-х годов переформированные в отдельные радиодивизионы особого назначения (ОСНАЗ) в составе войск связи. К началу войны в составе действующей армии их насчитывалось уже 16 и 2 запасных, а в резерве Главного командования имелась радиобригада ОСНАЗ, состоявшая из 6 радиодивизионов и радиополка. Кроме того, каждый флот имел отдельный радиоотряд, внутренние военные округа располагали своими радиодивизионами. Эти подразделения осуществляли перехват сообщений противника в интересах армии и затем передавали добытые материалы в дешифровальную службу.

К этому времени Спецотдел был реорганизован и стал 7-м отделом ГУГБ (не путать с разведывательным отделом, также некоторое время носившим 7-й номер), его задачи были значительно сужены и включали теперь прочтение иностранной дипломатической, разведывательной (кроме войсковой разведки) и полицейской шифрпереписки. Однако разрыв между количеством перехваченных и прочтенных документов по-прежнему увеличивался, поскольку принципиальных прорывов в научной базе советской криптографии в предвоенный период так и не произошло. Руководство НКВД попыталось преодолеть эту негативную тенденцию и в августе 1940 года создало при 7-м отделе ГУГБ криптографическую Школу особого назначения (ШОН) с годичным сроком обучения, тогда как ранее дешифровальщики готовились на краткосрочных курсах. Впрочем, эта мера являлась совершенно недостаточной и результатов почти не принесла.

Пограничная разведка была отделена от ГУГБ и входила в систему Главного управления пограничной охраны и войск (ГУПОВ), ставшего затем Главным управлением пограничной и внутренней охраны (ГУПВО). Это значительно ухудшило оперативное обеспечение охраны границы, в первую очередь по причине того, что громоздкое и трудно управляемое ГУПВО отвечало за охрану не только границы, но также и железных дорог, важнейших промышленных предприятий и учреждений военного снабжения и военного строительства, и вдобавок руководило конвойными войсками. Совершенно естественно, что в подобной ситуации отделенные от общей системы госбезопасности оперативные органы погранвойск оказались забытыми, а их деятельность практически приостановилась. Пограничники фактически не располагали собственной агентурно-осведомительной сетью, а территориальные органы ГУГБ регулярно проводили на их территории свои операции без согласования с пограничным командованием, что порождало массу недоразумений и острых конфликтных ситуаций. Перечисленные факторы немедленно и крайне негативно сказались на охране границы и координации работы пограничников и госбезопасности и в 1935 году вынудили ГУПВО выйти с инициативой очередной реорганизации. Ранее оперработой в пограничной полосе руководил помощник начальника погранотряда по секретно-оперативной работе. Он имел в подчинении оперчасть, состоявшую из разведки по закордону (ИНО), по при-кордону (СПО) и службы по борьбе с