Однако это был лишь внешний успех. В отчаянном порыве бургундского национализма или из-за народного недовольства, вызванного бесчинствами солдат и новыми поборами, Франш-Конте, а затем и герцогство Бургундское восстали против оккупации, подкрепленной значительными силами, и против появления новых чиновников-чужестранцев. Жан де Шалон перешел на сторону Марии, напал на Тремуйля и заставил его отступить из-под стен Везуля; французские гарнизоны были вынуждены оставить несколько городов и заперлись в Грэ. Взбунтовался Доль, потом Ок-сон и Дижон, где мятеж, вдохновленный новостями о сражениях и победах Жана де Шалона, принял драматический оборот. Сначала поднялись народные окраины, затем мятеж перекинулся на весь город. Главари бургундской партии поддерживали его извне благодаря множеству агентов — виноградарей, слуг, а главное, возчиков. Вожаки выкрикивали антифранцузские лозунги и велели ковать пики. 26 июня 1477 года толпа под предводительством богатого бакалейщика Кретьенне Виона и герольда Марии Бургундской захватила городскую «артиллерию», разграбила и сожгла дома видных сторонников короля. Жан Жуар был заколот кинжалом, и повстанцы провозгласили Марию единственной законной правительницей.

«Реконкиста» заняла некоторое время и была успешна наполовину. JIa-Тремуйль отправил в Дижон три роты солдат. С помощью горожан, призванных защищаться от мужичья, в каждом приходе были учреждены комитеты по надзору; им удалось подавить бунт и провести безжалостные репрессии. Пятерых «смутьянов» казнили. Однако король был не в силах развить наступление. Максимилиан быстро набрал крупные части из немцев и швейцарцев. Оба соперника хотели выиграть время и 11 июля 1478 года подписали перемирие на один год. Едва истек этот срок, как Людовик XI снова пошел войной на Франш-Конте. Он отобрал управление Бургундией и командование главными войсками у Ла-Тремуйля («который, как человек чрезвычайно тучный и жирный, был весьма доволен тем, что мог отправиться домой, где ему неплохо жилось») и передал их Карлу Ангулемскому. Тот поначалу лишь вел переговоры со швейцарцами, чтобы они отвели войска, помогавшие повстанцам, и это обошлось королевской казне очень дорого: двадцать тысяч франков за год четырем объединившимся городам — Берну, Люцерну, Цюриху и Фрибургу, плюс еще двадцать тысяч франков разным «частным лицам». В начале мая 1479 года его армия все же отбила несколько городов, примкнувших к принцу Оранскому, — сначала в Бургундии (Бон, Семюр), потом и во Франш-Конте, в том числе Доль, который был почти полностью разрушен, затем Оксон («город очень сильный, но внутри него были верные сообщники»), 7 августа 1479 года французы вступили в Безансон и были хорошо приняты нотаблями и аристократами, а также архиепископом Шарлем де Нефшато.

Однако оккупация крепостей людьми короля встречала сильное сопротивление, особенно в народных кругах, среди мастеровых. Прием, оказанный французам в Безансоне, не был единодушным, на улицах выкрикивали враждебные лозунги. Архиепископ не отваживался жить в городе; он получил в комменду епископство Байе.

В конечном счете Людовик XI сумел победить: где силой, а где лаской, сокращая налоги и раздавая юридические привилегии, а главное — навязывая мощное военное присутствие и полную «францизацию», реорганизацию административного управления. Он построил или обновил множество крепостей, первым делом в Дижоне, Боне и Оксоне, взимая с этой целью налог с очага. 30 июля 1479 года он отправился в Дижон, поселившись у Рене де Масиля, генерального инспектора фортификационных сооружений в Бургундии; его дом стоял у крепостной стены. В Сен-Бенине он принял присягу эшевенов, которые поднесли ему двадцать бурдюков с лучшими винами. На административных зданиях, в частности на резиденции короля, герб Бургундии замазали известью, витражи с его изображением вынули, и повсюду теперь красовались гербы короля и дофина Карла. В ходу были только парижские деньги, и приближенный короля Людовика Жан де Камбре получил под свое начало бургундский монетный двор. Луи д'Амбуаз, епископ Альбигойский, которому было поручено учредить бургундский парламент, разместил его, несмотря на решительные протесты жителей Бона, в Дижоне для герцогства и графства Оксон и в Салене для Франш-Конте. Его брат Жан д'Амбуаз, епископ Мальезесский, председательствовал на первом заседании парламента в Дижоне, 11 ноября 1480 года.

Наконец, в феврале 1481 года король предоставил жителям Безансона то же право, что и парижанам, — не быть судимыми вне их города. Он разрешил им проводить по две вольные ярмарки в год. Университет перевели из Доля в Безансон.

Максимилиан предоставил сторонникам Марии одним сражаться в Бургундии с армиями короля, а сам продолжил наступление в Артуа и Фландрии. 7 августа 1479 года при Гинегатте, под Эр-сюр-ла-Лис, его пехота и фламандские пикейщики нанесли тяжелое поражение кавалерии Филиппа де Кревкёра. Людовик XI напал на равнинную часть страны, сжег урожай и селения; он также натравил своих каперов, в том числе зловещего «капитана» Колумба, на фламандские и голландские корабли, подвозившие провиант. Но победить было нелегко. Эдуард IV торопил его с завершением войны с бургундцами и уже не ограничивался красивыми словами: в августе 1480 года он подписал договор о союзе с Марией и Максимилианом, одолжив им крупную сумму денег и пообещав прислать полторы тысячи лучников. Людовик XI, который к тому времени был уже тяжело болен и слаб до того, что не решался показываться на люди, в конце концов решился заговорить о мире. Мария Бургундская умерла 27 марта 1482 года, упав с лошади; она оставила двоих детей: Филиппа (Филипп Красивый), родившегося 22 июня 1478 года, и Маргариту, родившуюся в феврале 1480 года. Эдуард IV хотел выдать свою дочь Анну за Филиппа. Король же вел переговоры о браке своего десятилетнего сына, дофина Карла, с Маргаритой, которой было несколько месяцев. В итоге мирный договор, которому долгое время мешали притязания всякого рода, был подписан 22 декабря 1482 года. В нем говорилось, что Маргарита будет воспитана во Франции и помолвлена с дофином. Поэтому 2 июня 1483 года мэр и эшевены Дижона получили просьбу направить двух нотаблей из их числа для присутствия при бракосочетании, которое должно было состояться в Париже, но затем, «ввиду большой жары и опасности смертельных болезней», было перенесено в Амбуаз. Назначили двух эшевенов. Ни Артуа, ни Бургундия не были упомянуты, так что их присоединение к французской короне как бы негласно признавалось. Только Фландрия оставалась ей неподвластна.

В то же время Людовик приобрел Анжу и Прованс. В несколько лет несчастья подкосили Анжуйский дом, лишив короля Рене нескольких наследников. Его сын Иоанн Калабрийский и зять Ферри Лотарингский, граф де Водемон, супруг Иоланды Анжуйской, умерли в один год — в 1470 году; его брат Карл дю Мэн — в 1472 году. В следующем году Николай Калабрийский, сын Иоанна, которого Карл Смелый хотел женить на своей дочери Марии Бургундской, почувствовал ужасные боли в животе, выходя из церкви после мессы, и испустил дух 27 июля того же 1473 года. Эти смерти, особенно последняя, вызвали пересуды. Поговаривали об отравлении; подозреваемого схватили, пытали, бросили в тюрьму, но скоро следствие заглохло.

Рене хотел оградить свои княжества от чужих притязаний, а главное — от присоединения к французской короне. 22 июля 1474 года он составил третье и последнее завещание, передав Анжу и Прованс своему племяннику, Карлу III дю Мэну (сыну Карла, скончавшегося в 1472 году), а герцогство Бар — своему внуку Рене II Лотарингскому, сыну Иоланды. Людовик XI не мог этого допустить. Охваченный гневом, он заявил, что, поскольку прямого наследника нет, эти уделы должны перейти к нему. На самом деле он уже упредил события, назначив несколько чиновников в Анжу (он использовал каждую возможность, чтобы вмешаться в дела этого края). Через несколько дней после того как он ознакомился с завещанием, в конце февраля 1475 года, он торжественной хартией предоставил Анжеру право иметь городской совет. В документе намеренно долго перечислялись полномочия и привилегии мэра и эшевенов, выбранных им самим и рекомендованных для голосования в совете. Он объявил о конфискации Анжу и Барруа, и его агенты осуществили это на исходе 1475 года.