При этом его функции перешли к шести непосредственно подчинённым кайзеру командным инстанциям: 1. главному инспекторскому бюро флота, 2. имперскому морскому министерству, 3. главному морскому штабу, 4. морскому кабинету, 5. главным командирам портов Балтийского и Северного морей, 6. начальникам эскадр – практической и крейсеров, среди которых главную роль в командовании играли имперское морское министерство и морской кабинет.

Однако штабное отделение высшего командования оставили и присвоили ему на будущее название морского генерального штаба, чем регламентировали его непосредственное участие в планировании будущих операций военно-морского флота Германии. Начальник штабного отделения вице-адмирал Бендеманн стал первым начальником морского генерального штаба.

Одновременно 1-ю эскадру напрямую подчинили непосредственно самому кайзеру, а во главе главного инспекторского бюро флота поставили одного из старейших адмиралов.

Морской кабинет также сохранил своё существование, причём, кроме своих постояннних функций, в круг его компетенции включили решение кадровых вопросов (назначения, награды, браки и пр. офицерского состава флота).

Тактической деятельностью и оперативными разработками теперь ведал главный морской штаб посредством своих служебных инстанций, основным из которых стал морской генеральный штаб. До первой мировой войны на посту начальника морского генерального штаба сменилось семь адмиралов. Рассматривая предметы ведения министерства и штаба, можно видеть, что вопросы боевой подготовки были поручены как тому, так и другому учреждению.

Идею генерала фон Каприви – нападение на северное побережье Франции – разделяли и высшее командование флотом, и морской генеральный штаб, и её положили в основу оперативных планов как на случай изолированного конфликта с Францией, так и военного столкновения Двойственного или Тройственного союзов.

В зависимости от соотношения сил план этот или расширялся, или от него вовсе отказывались, как, например, в 1900 г., когда германский флот был ослаблен посылкой на Дальний Восток большого числа военных кораблей и, в частности, четырёх линкоров типа «Бранденбург».

Начальник морского генерального штаба адмирал фон Дидерихс потребовал тогда укрепления острова Боркум и западных гольштинских островов, чтобы французы не смогли использовать их в качестве опорных пунктов для блокирующих сил.

Из пяти кораблей типа «Кайзер», построенных после броненосцев (с 27 февраля 1899 г. линкоров) типа «Бранденбург», первый линкор «Кайзер Фридрих III» являлся флагманским кораблём командующего флотом, а второй – «Кайзер Вильгельм II» использовали для размещения штаба эскадры.

21 октября 1899 г. «Кайзер Фридрих III» вступил на место выведенного за день до этого из состава флота устаревшего броненосца 3-го класса «Баден». Новый линкор практически сразу же сделали флагманским кораблём 2-й дивизии 1-й эскадры, однако начальник дивизии контр-адмирал Бюксель не стал поднимать свой флаг на его борту, держа его на устаревших броненосцах – сначала «Баерне», затем «Вюрттемберге».

Причиной такого положения явилось то, что «Кайзер Фридрих III» получил особое задание. Линкор вместе с лёгким крейсером «Хела» планировали использовать в качестве кораблей почётного эскорта для сопровождения императорской семьи, поскольку в то время императрица Виктория на борту яхты «Гогенцоллерн» совершала визит в Англию. 17 ноября линкор вышел в море в догонку яхты кайзера, 18 ноября, уже находясь перед Дувром, присоединился к сопровождению яхты «Гогенцоллерн». 20-23 ноября во время пребывания в Англии линкор стаял на якоре в гавани Портсмута и вместе с остальными кораблями флотилии возвратился на родину сначала во Флиссинген (24-29 ноября), затем в Киль (1 декабря).

1900 г.

Первоначально управление действиями 2-й дивизии начальник дивизии контр-адмирал Бюксель осуществлял с флагманского линкора 1-й эскадры «Курфюрст Фридрих Вильгельм». Начальником штаба являлся офицер морского генерального штаба капитан-лейтенант фон Услар. Прежде чем началась активная служба новых линкоров в составе флота, в правительстве появился несколько необычный политический план, в котором их хотели использовать. Поводом к его появлению явилась всемирная выставка в Париже.

В связи с этим в правящих кругах Германии возникла идея послать во Францию германскую эскадру в составе линкоров «Кайзер Фридрих III», «Кайзер Вильгельм II» и броненосного крейсера «Фюрст Бисмарк». Данное мероприятие хотели осуществить в рамках проводимой в то время кайзером Вильгельмом II политики улучшения отношений с Францией. Но оно не состоялось по причине того, что названия выбранных для визита кораблей имели скорее провоцирующий, чем примиряющий характер.

24 января 1900 г. обычное несение службы линкора «Кайзер Фридрих III» прервали фактической передачей ему функции флагманского линкора 2-й дивизии 1-й эскадры. В этот день контр-адмирал Бюксель перешёл с устаревшего «Вюрттемберга» на свой новый флагманский корабль, и с этого момента началась активная служба линкора «Кайзер Фридрих III» в составе флота. В состав 2-й дивизии входили следующие корабли: линкор «Кайзер Фридрих III» (флагманский корабль), устаревшие броненосцы «Баерн» (до 12 февраля 1900 г., затем его сменил новый линкор «Кайзер Вильгельм II», проходящий испытания), «Саксен», «Вюрттемберг» и авизо «Яагд».

Вторым в феврале 1900 г. был готов для активной службы и 13 февраля введён в строй «Кайзер Вильгельм II». Быстрее, чем можно было ожидать, уже в июне после проведения сдаточных и ходовых испытаний корабль зачислили в состав 2-й дивизии 1-й эскадры вместо устаревшего броненосца «Байерн». Хотя переход нового линкора из Вильгельмсхафена в Киль задерживался из-за состояния фарватера, на него уже возложили функции флагманского корабля 1-й эскадры.

Когда 13 февраля 1900 г. линейный корабль «Кайзер Вильгельм II» вошёл в состав флота и на нем впервые подняли флаг корабля и командирский вымпел, это означало знаменательный рубеж в развитии военно-морского флота кайзеровской Германии. С этого дня флот обладал линейным кораблём, специально спроектированным и соответственно оборудованным для выполнения функций флагманского корабля. Флагманским кораблем командующего флотом он оставался до 1906 г.

Свои первые походы линкоры 1-й эскадры совершили со 2 по 8 апреля в Данцигскую бухту и с 7 мая в северную часть Северного моря. С 12 по 15 мая они посетили Лервик (Шетландские острова), с 18 по 22 мая Сёгне-Фиорд и Берген, а 26 мая эскадра возвратилась в Киль.

Согласно решению морского кабинета от 25 июня 1900 г., командование флота произвело некоторые организационные изменения. Как оперативное соединение 2-ю дивизию упразднили, и она оставалась лишь как тактическая боевая единица. Её начальник теперь носил служебное звание «младший флагман» эскадры.

«Кайзер Фридрих III» продолжал и дальше нести флаг коитр-адмирала Бюкселя, распоряжением от 25 июня назначенного «младшим флагманом» 1-й эскадры.

К этому времени стало ясно, что в связи с планируемым походом линкоров типа «Бранденбург» к берегам Китая в 1900 г. осенние манёвры учебного флота состоятся в сокращенном составе и с меньшим размахом, чем в прошлом году, и что командующий флотом адмирал Кёстер. которого предполагали назначить па пост главного командира портов Балтийского моря, эту должность занять пока не сможет. Соотвествующий приказ официально последовал лишь 27 июля.