Поскольку на руководителей коммунистической ячейки Кильского университета были выданы ордеры на арест, Клаус Фукс в течение нескольких месяцев скрывался у себя в комнате вместе с любовницей, которая порой выскальзывала наружу купить еды на деньги, выпрошенные у родственников, подозрительных и неохотно помогавших. Клаус часами раскладывал пасьянсы, до бесконечности читал и мрачно думал о будущем. Напряжение в ожидании приказов сказалось на них обоих, и они часто ссорились. Вся семья Фукса между тем испытала на себе бремя гонений. Одна из сестер Клауса, художница, бросилась под поезд и погибла накануне того, как ее должны были арестовать. У другого родственника случился нервный срыв. Презирая скрытность и изворотливость, преподобный доктор Фукс с высоко поднятой головой отправился в концентрационный лагерь, где пробыл девять месяцев.

Доктор Фукс еще раньше посылал письмо Клаусу, уговаривая его уехать из страны, потому что мальчик, как он полагал, ни нервно, ни физически не готов к подпольной работе. «Что же до меня, — заявил доблестный борец за проигранное дело, — то мое место здесь, в Германии, чтобы бороться с Гитлером!» Клаус возмущенно отверг призыв отца, но тут партия, оправившись от первоначального паралича после прихода к власти Гитлера, велела ему уехать и приготовиться к будущей роли научного вождя будущей Германии, которой суждено было в конце концов стать советской. Хильде не понравился приказ. Клаус должен был доказать ей, что поступает правильно, но его обязательства перед отцом были важнее. Если Клаусу Фуксу нужно уехать из Германии, то он обязан оправдать свой отъезд в виде будущей службы партии.

Более того, поскольку отношения с отцом играли ключевую психологическую роль в его жизни, Клаус Фукс должен был доказать, что его служба материалистическому заменителю религии даст Германии более полезные конкретные результаты, нежели квакерство его отца.

Найдя на некоторое время убежище во Франции, этот молодой коммунист, преданный двум разным идеям, попал в Англию при помощи Общества защиты науки и образования — некоммунистической организации, куда в какой-то степени удалось проникнуть коммунистам. Фукс посещал Бристольский университет, где с прямой и косвенной финансовой поддержкой партии смог получить докторскую степень по математике и физике, а затем Эдинбургский университет, где стал доктором наук и получил научную стипендию Карнеги. В те первые годы в Англии — с 1933 по 1939 г. — Фукс общался почти исключительно с коммунистами, но, по всей видимости, еще не занимался шпионажем. Есть сведения, что он в течение одного года платил взносы в коммунистическую партию Великобритании. Когда между Германией и Великобританией началась война, он настолько не скрывал своих политических убеждений, что предстал перед трибуналом, занимавшимся делами иностранцев, и представил свое членство в коммунистической партии в доказательство того, что он антифашист. Учитывая, какие либеральные иллюзии о коммунистах царили тогда на Британских островах, как, впрочем, и в Америке, его заявление приблизительно истолковали как верность Великобритании.

Через некоторое время британцы в качестве меры предосторожности интернировали Фукса и других немецких беженцев на острове Мэн. Можно ли назвать это действие суровым и чрезмерно подозрительным со стороны британцев? Клаус Фукс так считает. В своих показаниях 1950 года он, помимо прочих пустых предлогов для измены приютившей его стране и давшей место под научным солнцем, Фукс выразил большое сожаление о том, что не имел возможности быть свидетелем храбрости, проявленной британцами перед лицом вторжения.

Когда немецкие танки прорвались сквозь Нидерланды и Францию и казалось, что нацисты вот-вот попытаются совершить бросок через Ла-Манш, Фукса вместе с другими иностранцами перевезли в канадский лагерь. Фукс пришел к выводу, что эта неспособность оценить его доказывает склонность британцев к фашизму. Его особенно раздражал запрет на газеты в лагере. В своем признании 1950 года он намекал на то, что, если бы ему разрешили читать о ежедневной доблести англичан перед лицом лишений, все могло бы сложиться по-другому. (Как видно, этот человек так и не понял, что целью запрета на газеты в лагере было помешать фашистам и антифашистам драться из-за каждодневных поворотов военной фортуны.)

Британцы должны были бдительно выявлять нацистских шпионов, которые выдавали себя за беженцев. Заявление Фукса о принадлежности к коммунистической партии не давало абсолютных гарантий. Гитлер и Сталин подписали пакт в 1939 году, чем разрешили своим странам, по крайней мере временно, работать практически параллельно. Кто мог сказать в то время, станут ли Германия и Россия открытыми союзниками или предадут друг друга? В тогдашних обстоятельствах ждать от британцев, чтобы они дали Фуксу полную свободу слова на утесах Дувра, означало требовать слишком многого.

После вторжения Германии в Россию в июне 1941 года Клаусу Фуксу разрешили вернуться в Великобританию, где его ждала штатская должность в университете Глазго. Авторитетные источники намекали, что коммунистическая партия использует вполне невинных германских беженцев-ученых в США для того, чтобы они порекомендовали Фукса как человека, подходящего для научной работы. Профессор Рудольф Э. Пайерлс, выдающийся физик, бежавший в Англию из Германии, узнал о Фуксе и попросил его помочь в некоторых военных исследованиях, которые проводились в Бирмингемском университете. Заранее Фукс не знал, что будет работать над расщеплением ядра, но он бы все равно согласился, и все его последующие действия, по его словам, были бы такими же, независимо от того, чем ему пришлось бы заниматься во время войны. Как Фукс оказался в самом сердце исследований нового революционного вооружения, рассказывается в «Докладе об атомной бомбе» — британском аналоге американского «Отчета Смита», опубликованного в 1945 году:

«В первую очередь необходимо было установить те данные, от которых зависела осуществимость атомной бомбы и которые определяли ее величину. Эти работы уже велись в Ливерпуле в начале 1940 года под руководством профессора Джеймса Чедвика и затем ускоренно продвигались вперед… Многие теоретические аспекты проблемы были изучены профессором Пайерлсом при содействии доктора Фукса и прочих лиц. Они использовали экспериментальные данные, предоставленные Ливерпулем и Кембриджем, чтобы рассчитать критическую величину бомбы, рассмотрели механику реакции и вычислили количество энергии, которое с вероятностью будет высвобождено при атомном взрыве…»

Клаус Фукс, которому в 1941 году было тридцать и который еще не успел жениться, поселился в семье профессора Пайерлса в просторном деревянном доме в Бирмингеме. Он особенно хорошо поладил с профессорскими детьми. Среди незамужних женщин в кампусе он произвел некоторый ажиотаж, хотя так и не завел серьезных отношений ни с одной из них. Видимо, больше всего он привлекал женщин материнского типа. В отличие от Гарри Голда, Фукс не избегал обычных социальных контактов и не засиживался чересчур долго в лаборатории. Он часто погружался в собственные мысли, но не отличался замкнутостью. Остальные ученые считали его компетентным физиком-теоретиком, который не был против слегка посплетничать в клубе на факультете. Большинство считало его добросовестным, здравомыслящим и скучноватым.