Для Линча привлекательность сериальной формы как раз и заключалась в независимости, которую она давала, пускай и ненадолго, от таких понятий, как завершение. Во времена, когда большинство сериалов доводили все линии до логического финала и восстанавливали нормальное положение вещей к началу вечерних новостей, для канала и для большой части телеаудитории идея сериала, создатели которого, возможно, придумывают его по мере того, как он идет в эфире, была причиной для беспокойства. «Хорошо бы им удалось удовлетворить желание зрителей, вскормленных „Коломбо“ и „Перри Мэйсоном“, узнать, кто виноват», — предупреждали в «Чикаго трибьюн» еще до того, как вышла пилотная серия «Твин Пикса». В начале второго сезона, когда внятных ответов еще не предвиделось, телекритик из «Орландо сентинэл» жаловался: «Мне не нравится, когда меня держат за дурака».

Фрост и Линч всегда утверждают, что очень рано назначили Лиланда убийцей. «Мы знали, но даже шепнуть об этом боялись, когда работали, — говорил Линч Крису Родли. — Мы старались держать это подальше от осознанного мышления». Рассказ Линча о рабочем процессе дает понять, что там была некоторая доля спонтанности. Персонаж БОБа, воплощение зла в этом сериале, и Красная комната, его фирменная альтернативная реальность, пришли ему в голову уже тогда, когда работа над пилотом шла полным ходом. В чаще всего звучащей истории создания «Твин Пикса» Линч описывает возникновение БОБа как счастливую случайность. Фрэнк Сильва, художник-декоратор, двигал мебель в спальне Лоры на съемках пилотной серии, когда Линч решил включить его в актерский состав. Сильва пытался прокрасться в дверь и нечаянно отразился в зеркале в следующей сцене с Грейс Забриски, когда одурманенной лекарствами Саре является видение и она резко выпрямляется на диване. Линч решил оставить его в финальном кадре пилота, так что нечеткое отражение Сильвы на долю секунды показывается в зеркале напротив кричащей Сары.

Идея Красная комнаты пришла к Линчу, когда он ломал голову над тем, как закончить пилот, который, согласно контракту, должен был представлять собой самостоятельный фильм для европейского рынка домашнего видео. Жарким днем Линч выходил со студии звукозаписи в Лос-Анджелесе, где он монтировал пилот; он положил руки на крышу машины «и — раз! — появилась Красная комната», — писал он в «Поймать большую рыбу», вся, с красными портьерами, мраморными статуями, черно-белым зигзагообразным полом (напоминающим вестибюль дома Генри в «Голове-ластике») и с таинственными обитателями, среди которых был и говорящий задом наперед карлик. Европейская версия заканчивается в Красной комнате, и убийцей в ней оказывается БОБ, не связанный с Лиландом. Появившись как deus ex machina, Красная комната постепенно становилась все важнее. Линч ввел ее в третьей серии сериала, которую снимал сам, в качестве загадочного сна, где состарившийся агент Купер знакомится с Лорой. Это была как раз та серия, из которой стало ясно, что в «Твин Пиксе» не скоро выяснится, кто виноват. Купер читает лекцию об истории Тибета и положении тибетского народа и, используя дедуктивный метод «координации ума и тела», бросает камни в бутылки, чтобы сузить список подозреваемых. Проснувшись после сна о Красной комнате, он звонит шерифу Трумэну, чтобы сообщить, что знает, кто убил Лору. К следующему утру (и началу следующего эпизода) он это забывает.

Наивный Джеффри из «Синего бархата» был в большей степени пронырой и соглядатаем, чем детективом; многие из более поздних фильмов Линча — структурные головоломки, которые заставляют зрителя играть в детектива. «Твин Пикс» остается, возможно, единственным из его фильмов, который подходит под определение детективного произведения, жанра, более или менее придуманного Эдгаром Алланом По в «Убийствах на улице Морг». В какой-то мере Купер вписывается в старинную традицию эксцентричных детективов, с шерифом Труманом в роли простодушного помощника. Но «Твин Пикс» чаще нарушает правила жанра, чем следует им. Группа британских писателей, среди которых был Г. К. Честертон, основала в 1930-х годах Детективный клуб; один из его членов, Рональд Нокс, тоже католический священник, придумал для группы «десять заповедей детективной прозы». Список был отчасти шуточным, но удивительно, как много заветов месье Нокса «Твин Пикс» напрямую попирает: Нокс запрещает «сверхъестественные и аномальные силы», тайные ходы, использование интуиции и наличие близнецов и двойников. Подход создателей «Твин Пикса» ближе к прозе Хорхе Луиса Борхеса, еще одного последователя По, который адаптировал детектив к модернизму и говорил, что «раскрытие тайны всегда менее впечатляюще, чем сама тайна». Для Линча, который впоследствии говорил, что планировал раскрыть личность убийцы Лоры только в самом конце сериала, основная прелесть жанра детектива заключается в развитии действия; само наличие тайны предполагает новые пределы возможного, новый взгляд на мир.

Преобладавший медиадискурс, даже в скетче «Субботним вечером в прямом эфире», где Маклахлан в образе Купера упрямо игнорирует очевидные улики, указывающие на убийцу, гласил, что «Твин Пикс» играет на чувствах зрителей. Занервничавшие руководители канала Эй-би-си назначили несколько встреч с Линчем и Фростом и вытребовали у них заверения в том, что убийство будет скоро раскрыто. С большой помпой канал разместил рекламу в газете перед седьмой серией второго сезона: «Наконец. В субботу, 10 ноября. Узнайте, кто убил Лору Палмер. Правда». Линч и Фрост практически никому не рассказывали о том, что убийца — Лиланд, если это не было абсолютно необходимо. Актер Рэй Уайз узнал об этом непосредственно перед тем, как получил сценарий серии, которую снимал Линч. В одном из самых шокирующе жестоких убийств, когда-либо показанных на сетевом телевидении, Лиланд, одержимый злобным БОБом, всаживает Мэдди головой в картину в гостиной. Чтобы минимизировать возможность утечки информации, была снята альтернативная версия этой сцены с Ричардом Беймером, где убийство совершает Бенджамин Хорн.

Серии, следующие за откровением, в основном были заполнены разнородными сюжетами, в которых появлялись инопланетяне (возможно, это была ниточка, оставшаяся от «Лемурианцев»), театрализованные инсценировки эпизодов Гражданской войны и еще не снявшийся в «Секретных материалах» Дэвид Духовны в роли сменившего пол агента ФБР. Кайл Маклахлан, тогда встречавшийся с Ларой Флинн Бойл, отклонил подсюжет, в котором агент Купер вступал в романтические отношения со знойной Одри в исполнении Шерилин Фенн. В большой части второго сезона Фрост и Линч были задействованы лишь частично. Фрост работал над своим кинодебютом, «Сторивиллем», южно-готическим триллером с Джеймсом Спейдером в главной роли. Линч снимал свой необычный эксперимент с южной готикой, пятый полнометражный фильм «Дикие сердцем», осенью 1989 года и во время работы над вторым сезоном был занят его выпуском, а также своей выставкой в Музее современного искусства в Токио.

Совершив то, что многие расценили как попытку покончить с сериалом, в начале второго сезона канал переместил «Твин Пикс» на телевизионный пустырь субботнего вечера. Рейтинги продолжали падать, и в феврале 1991 года канал решил приостановить показ, что разгневало убежденных фанатов, создавших группу под названием «Коалиция противников убийства Пикса» и развернувших кампанию в письмах. Линч появился на «Позднем шоу с Дэвидом Леттерманом», чтобы опротестовать перенос на субботу, объяснил, что фанаты «Пикса» — «люди тусовые», и предложил зрителям писать письма Бобу Игеру, главе отдела развлекательных программ Эй-би-си, с просьбой продолжить трансляцию сериала. Руководство Эй-би-си получило больше десяти тысяч писем и через несколько недель согласилось на то, чтобы Линч и Фрост закончили сезон сериала в четверговом сегменте, но его судьба к тому времени была решена.