После завершения битвы на Марианских островах на уцелевших кораблях стали срочно усиливать зенитное вооружение. Первыми на верфь Куре Кайгун Косё 25 июня прибыли корабли 5-го дивизиона.

На палубе «Миоко» и «Хагуро» установили четыре строенные 25-мм пушки (две в центральной части и две на носу), а также шестнадцать одиночных 25-мм пушек. После завершения работ общее число 25-мм пушек достигло пятидесяти двух (4x3+8x2+24x1). Заменили также радары. Спереди фок-мачты установили антенну радара раннего предупреждения ПВО «13 го». Помещение операторов радара оборудовали в носовой рубке в районе телефонной станции. Дополнительно на корабль установили радар наводного предупреждения «22 го кай 4 М». Операторов этого радара разместили вместо калькулятора сокутеки. Радарные антенны в виде штырей расположили по бокам носовой рубки. Работы на обоих крейсерах завершили 29 июня 1944 г.

Два других крейсера «Асигара» и «Начи» прошли довооружение во вторую неделю сентября. В носовой части кораблей установили две сдвоенных 25-мм пушки, а на остальной палубе разместили двадцать одноствольных 25-мм пушек. В результате зенитное вооружение этих двух крейсеров составило 48 25-мм пушек (10x2+28x1). На крейсерах также поставили радар раннего предупреждения ПВО «13 го». Только у «Начи» помещение операторов радара оборудовали на фок-мачте. Эти два крейсера получили также усовершенствованный радар наводного предупреждения «22 го кай 4 S».

Чтобы уменьшить массу топовых частей на всех четырех крейсерах сняли два прожектора и кормовые торпедные аппараты. Число торпед в боекомплекте сократили с двадцати четырех до 16 (восемь в трубах и восемь в резерве). Высвободившееся в результате место использовали под кубрики для новых членов экипажа, численность которого теперь превысила 1100 человек, а также под орудийные погреба для 25-мм пушек. Боекомплект для зенитных пушек составил 2500 выстрелов на ствол.

Корабли оставались в Куре в полной готовности. 14 октября 21-й дивизион и дивизион эсминцев под командованием вице- адмирала Сима Киёхиде были направлены на уничтожения остатков американской эскадры, попавшей 10 октября под удар японской авиации с Формозы. Японские летчики повредили два американских крейсера, но доложили о фантастических результатах о потоплении множества линкоров и авианосцев, а также оставленных на воде множестве поврежденных крейсеров. Уже через несколько часов после выхода в море эскадра была атакована американской подводной лодкой “Besugo” (SS-32I). Лодка также передала радиограмму о выходе в море японских кораблей. На перехват японской эскадры тут же выдвинулась лодка “Skate” (SS-305), которая 15 октября в 22:24 пустила в сторону тяжелых крейсеров три электроторпеды. Все они прошли мимо целей. Но через два дня японская эскадра, состоявшая из тяжелых крейсеров «Начи» и «Асигара», легкого крейсера «Абукума» и семи эсминцев «Акебоно», «Усио», «Касуми», «Сирануи», «Вакаба», «Хаухимо» и «Хацухару» была остановлена «до прояснения ситуации». Спустя несколько часов поступил приказ о повороте в Амами-о-Симу, где японские корабли сумели пополнить запас топлива.

«Начи» атакован 5 ноября 1944 года около острова Коррехидор.

На следующий день после завершения работ на борту «Миоко» и «Хагуро», крейсера направились в Хсирадзиму, где приняли пехотный десант и грузы. 1 июля в последний раз корабли подняли якоря у родных берегов, которые им так больше не суждено было увидеть. Запасы топлива в Японии подходили к концу, поэтому корабли переводили на другие базы. Через три дня крейсера прибыли в Манилу, высадили здесь часть пассажиров и выгрузили часть груза, а затем через Замбоангу (8 июля) прибыли 12 июля в Сингапур. Здесь 19–28 июля «Хагуро» встал в док, а 31 июля оба крейсера перебазировались в Лингга-Роудс. В сентябре во время учений, отрабатывающих маневр в строю «Миоко» получил радар «22 го кай 4S». приспособленный для управления огнем артиллерии.

Для японских стратегов после завершения кампании на Марианских островах стало очевидно, что следующей целью американцев станут Филиппины. До 26 июля 1944 года был разработан план «Сё-Го», имевший целью провести очередное решающее морское сражение. В рамках плана крейсера 4-го дивизиона («Такао», «Атаго», «Майя» и «Чокай»), а также 5-го дивизиона вошли в состав «первого ударного отряда» (№ 1 бугай).

Утром 17 октября американские десантные корабли подошли к берегам острова Лейте (Филиппины). На следующий день в 11:10 из Лингаа-Роудс в море вышла оперативная группа, начавшая операцию «Сё 1» («Победа 1»), Командующий «Первого ударного отряда» вице-адмирал Курита вел в бой суперлинкоры «Ямато» и «Мусаси», линкоры «Нагато», «Фусо» и «Ямасиро», линейные крейсера «Конго» и «Харуна», тяжелые крейсера «Такао», «Атаго» (флагман), «Майя». «Чокай», «Хагуро». «Миоко», «Кумано», «Судзуя», «Тоне» и «Чикума», крейсер-авианосец «Могами», легкие крейсера «Носиро» и «Яхаги» в сопровождении 19 эсминцев. Через два дня весь отряд прибыл к Бруней. 22 октября ранним утром в порт вошел отряд вице-адмирала Куриты, а в 15:00 отряд вице-адмирала Нисимуры в составе линкоров «Фусо» и «Ямасиро». крейсера-авианосца «Могами» и четырех эсминцев направился в пролив Суригао. Адмирал Курита пошел в направлении пролива Сан-Бернардино.

Тем временем 21-й дивизион («Начи» и «Асигара») вместе с легким крейсером и семью эсминцами получили приказ выйти из Амами-О-Симы и присоединиться ко «Второму ударному отряду» в Маниле. 18 октября в 10:30 подводная лодка “Sterlet” (SS-392) на дистанции 15 миль обнаружила отряд крейсеров и доложила об этом. Получив это известие, на перехват вышли еще четыре подлодки, но только две из них — “Tigger" (SS-237) и “Tang” (SS-306) — смогли найти цель. Первая из них атаковала с дистанции 5 миль, но ее обнаружил и контратаковал самолет, заставивший лодку уйти под воду и прервать атаку. Вторая лодка никак не могла занять подходящую позицию, поскольку корабли шли со скоростью 19 узлов. 20–21 октября отряд провел на Формозе, пополняя запасы топлива. Выйдя из порта, крейсера снова наткнулись на подводные лодки противника: “Shark” (SS-314), “Seadragon” (SS-194) и "Blackfish” (SS-221). Первая из них пошла в атаку на крейсер и «авианосец», выпустив четыре электрические торпеды, которые ушли в никуда. Другие лодки сумели обнаружить цель, но не смогли занять позиции для атаки. Утром 22 октября в 8:00 капитан лодки “Icefish” (SS-367, капитан I — го ранга Петерсен) снова перехватил японские корабли, но опять не смог занять позиции для атаки. После двухчасового преследования, он поднялся на поверхность, чтобы передать донесение. Но бурное море и кружащие в небе японские самолеты заставили его снова уйти под воду, поэтому выйти на связь удалось только вечером. Несмотря на кишащие подводные лодки, эскадра вице- адмирала Симы 23 октября в 8:00 благополучно вошла в залив Колон.

Еще до входа в пролив Палаван отряд вице-адмирала Куриты построился в две колонны. В левой колонне первым шел крейсер «Атаго» (флагман), за ним следовали «Такао», «Чокай», «Нагато», «Кумано», Судзуя» и «Харуна». В правой колонне двигались «Миоко», «Хагуро», «Майя», «Ямато», «Мусаси», «Тоне», «Чикума» и «Конго». С флангов обе колонны прикрывали два легких крейсера и 15 эсминцев. Интервал между колоннами составлял 4000 м, скорость движения 16 узлов. Среди экипажей росла нервозность, наблюдатели то и дело докладывали о появлении американских подводных лодок. Тем временем, на пути у японского флота действительно стояли две подводные лодки: “Darter” (SS-227, капитан 3- го ранга Д.Х. Макклинток) и “Dace” (SS- 247, капитан 3-го ранга Б.Д. Клаггетт). В 01:16 24 октября 1944 года на радаре “Darter” появились импульсы, означавшие наводную цель. Перепроверив результаты визуально, командир передал сообщение во Фремантл, а оттуда его передали в штаб адмирала Холси.