В 343 г. до н. э. царь Филипп пригласил в Македонию известного греческого философа Аристотеля, чтобы тот стал наставником юношей из знатных македонских семей. Филипп стремился сделать свой двор более цивилизованным, а кроме того, имея под своим контролем наследников аристократических семей, он рассчитывал, что знать не станет открыто выражать недовольство его властью. Аристотелю пообещали хорошо заплатить, и ученый согласился приехать. В его новой школе самыми заметными учениками стали Александр и Арридей, которым на тот момент исполнилось тринадцать и пятнадцать лет соответственно. Ученый преподавал им такие важные предметы, как физика, математика, география, теология, и оба брата, судя по всему, занимались одинаково успешно. Такой вывод можно сделать хотя бы потому, что позже, когда Аристотель написал свой труд «О Космосе», он посвятил его двум юношам, которых он сам назвал «лучшими государями», что позволяет предположить, что Арридей учился так же хорошо, как его младший брат.

Олимпиаде удалось добиться практически всего, чего она хотела, но в 340 г. до н. э. ее отношения с царем резко испортились. Она имела огромное влияние на сына, и это, очевидно, начинало все больше раздражать Филиппа. Видимо, отец и сын все дальше отдалялись друг от друга, но вину за это Плутарх, например, возлагает на одну Олимпиаду. В 339 г. до н. э. Филипп принял решение женить Арридея на дочери одного знатного персидского вельможи. Таким образом царь, по всей видимости, готовил почву для того, чтобы вновь признать наследником своего старшего сына. В точности это неизвестно, однако Олимпиада постаралась убедить Александра в том, что именно так отец и собирается поступить. У Плутарха читаем:

Учитель Александра Аристотель позже разочаровался в своем ученике, однако великий полководец бережно хранил воспоминания о мудреце из Стагиры

Свадьба по какой-то причине расстроилась, и Александр по-прежнему оставался наследником престола, однако после этой истории отношения Филиппа с младшим сыном начали стремительно портиться. В августе 338 г. до н. э., когда Филипп готовился сокрушить союз греческих городов во главе с Фивами и завоевать Южную Грецию, он получил ранение во время солдатского мятежа. Александр отразил нападение мятежников, однако Филипп так никогда и не узнал, что своим спасением он обязан сыну. Более того, после битвы при Херонее Филипп, похоже, позавидовал славе, которая выпала на долю Александра, и даже начал высмеивать его перед войсками, говоря, что у его сына такой высокий голос, что он разговаривает, словно женщина. К этому времени Александр потерял всякое уважение к отцу и, по словам Плутарха, открыто заявлял, что единственное, чем он обязан своему отцу, так это своим рождением. Он даже говорил, что больше любит своего наставника Аристотеля, потому что «…один дал ему жизнь, а другой научил его, как жить».

В 337 г. до н. э. Филипп, похоже, потерял терпение и решил, наконец, избавиться и от Олимпиады и от Александра. Во всяком случае, его женитьба на македонянке Клеопатре ясно указывала на то, что он собирается дать стране нового наследника престола. История на свадебном пиру, когда Филипп на глазах у гостей попытался ударить Александра, а тот открыто насмехался над царем, стала последней каплей, и вскоре Олимпиада с сыном покинули Македонию. В отсутствие Александра Филипп не мог лишить его наследства, кроме того, выяснилось, что большинство знати не желает больше признавать наследником царя никого другого. Филипп опасался, что среди македонской аристократии возникнут разногласия по этому вопросу, и не мог рисковать в тот момент, когда большая часть его армии находилась далеко за пределами страны. Однако, если бы Клеопатра все же родила ему сына, все могло измениться. На самом деле, через несколько месяцев даже Арридей мог бы показаться значительно более подходящей фигурой, чем прежде, для того чтобы унаследовать престол. Теперь, когда Олимпиады не было в столице, его здоровье начало резко улучшаться. Здесь можно предположить, что постоянный прессинг со стороны царицы и жизнь в тени своего младшего брата оказывали серьезное психологическое воздействие на юношу. С другой стороны, возможно, Плутарх был прав, когда обвинял Олимпиаду в том, что она просто закормила пасынка какими-то снадобьями.

В любом случае на тот момент Александр продолжал оставаться угрозой и мог превратиться в знамя для всех недовольных властью Филиппа. Кроме того, наследник пользовался в армии огромной популярностью. Поэтому царь сделал все, чтобы заставить Александра через несколько месяцев возвратиться в Пеллу, где его тут же посадили фактически под домашний арест. Теперь Филипп наконец почувствовал, что может развестись с неугомонной Олимпиадой и лишить Александра права на наследство. Это было вполне вероятно, поскольку его молодая жена все-таки родила мальчика, которого назвали Каран и о котором упоминает Юстин, либо царь мог вновь подумать о том, чтобы сделать наследником Арридея. Так или иначе, но ситуация складывалась таким образом, что Александру для того, чтобы сохранить себе жизнь, требовалось немедленно унаследовать трон. А значит, Филипп должен был умереть, и умереть быстро. И через несколько месяцев, в октябре 336 г. до н. э., царь Филипп Македонский действительно был убит молодым человеком по имени Павсаний. Тут же возникает вопрос: действовал ли этот знатный македонянин в одиночку?

Согласно сообщению Юстина, Павсаний убил Филиппа в отместку за то, что тот отказался наказать своего военачальника Аттала, который изнасиловал Павсания.

Аттал пригласил его на пир, напоил и не только сам удовлетворил с ним свою похоть, но и позволил поступить с ним, как с блудницей, всем, кто разделял с ним трапезу, из-за чего тот стал объектом насмешек со стороны своих сверстников. Разъяренный таким отношением, Павсаний часто жаловался Филиппу, однако ему под разными предлогами отказывали; продолжая подвергаться насмешкам и видя, как его враги пользуются благосклонностью военачальника, он в конце концов обратил свою обиду на самого Филиппа.

Диодор в своем сочинении также упоминает об изнасиловании, однако добавляет еще один мотив для убийства. По его словам, Павсаний был любовником македонского царя, и причиной убийства стала ревность, поскольку Филипп предпочел ему другого мужчину.