Де Рейтер в начале войны отсутствовал. Он совершал долгое плавание по Средиземному морю, у берегов западной Африки и Америки. Он вернулся домой северным путем — вокруг Шотландии — вскоре после боя у Лоустофта и 6 августа стал на якорь в северном порту Делфзейл. Голландцы обрадовались его возвращению, и в стране снова забрезжила заря надежды. Тысячи людей пришли в порт приветствовать де Рейтера, воздавая ему величайшие почести, когда-либо оказанные адмиралу. Его необычайная популярность усилилась еще и потому, что в отсутствии штатгальтера, в час опасности Голландии просто нужен был человек, вокруг которого можно было сплотиться. Раньше эту роль играли представители Оранской династии. Иохан де Витт для этого не подходил, а вот де Рейтер — вполне.

Так как решительно никто не сомневался в том, что де Рейтер является самым способным из адмиралов, 11 августа 1665 года он был назначен лейтенант-адмиралом провинции Голландия и главнокомандующим флотом Нидерландов. Последующие события показали, что это был мудрый выбор. В завершающие месяцы кампании 1665 года он провел домой большой конвой Ост-Индской компании, закупоренный в Бергене англичанами. Потом де Рейтер занял позицию возле устья Темзы, обеспечив благополучный переход других голландских торговых судов. В следующем году де Рейтер провел 2 самых жестоких сражения эпохи парусного флота. В Четырехдневном бою (11–14 июня 1666 года) он разбил британский флот под командованием Джорджа Монка (теперь герцога Албемарла) и принца Руперта, захватив или уничтожив 17 кораблей ценой потери 6 своих. Англичане потеряли также 8000 человек, голландцы — 2000. Англичане быстро снарядили новый флот. Монк и Руперт снова встретились с де Рейтером 4–5 августа, в день Св. Джеймса. Оба противника имели примерно по 90 кораблей и 20 брандеров. В основном из-за ошибочных действий голландского арьергарда, которым командовал сын Маартена Тромпа Корнелис, де Рейтер потерпел поражение. Тромп покинул строй, чтобы вести свой собственный бой. Де Рейтер проявил исключительное мастерство и сумел свести потери всего лишь к 2 кораблям, но не смог предотвратить другое несчастье. 8 августа англичане в ходе смелого рейда уничтожили 150 голландских торговых судов, стоявших на якорях у Текселя. Де Рейтер вернулся в море еще до конца месяца, надеясь добиться успеха, который уравновесил бы неудачи, но стечение обстоятельств не позволило флотам противников встретиться в этом году до наступления зимы.

В это время в голландском городе Бреда начались мирные переговоры. Военные расходы истощили ресурсы обоих правительств, особенно английского. Чтобы сэкономить средства, несмотря на протесты Монка, Карл II приказал разоружить английские линейные корабли, оставив в строю лишь фрегаты для продолжения атак против голландского судоходства. Узнав о таком неожиданном решении, Иохан де Витт решил усилить позицию Голландии на переговорах, нанеся впечатляющий удар: атаковав главную базу британского флота в Чатаме, в устье реки Медуэй.

В июне 1667 года де Рейтер вышел с Текселя, чтобы реализовать этот смелый план. Он имел 24 линейных корабля, 20 малых кораблей и 15 брандеров. Корнелис де Витт сопровождал адмирала в качестве специального представителя Генеральных Штатов. Их отвага была сполна вознаграждена. 20 июня голландцы захватили форт в Ширнесе, охранявший устье Медуэя и решительно пошли вверх по течению. Они прорвали заграждение, установленное поперек реки в Апноре, и сожгли 8 английских кораблей. Особое удовлетворение им доставил захват флагмана английского флота корабля «Ройял Чарльз». Когда 23 июня голландцы спустились по реке, по словам современного английского историка, они нанесли «один из самых блестящих ударов в истории морской войны, который имел немедленный и очевидный эффект». В Лондоне началась паника, все опасались высадки голландцев. Буквально вся Англия начала требовать немедленного заключения мира.

В течение следующих недель голландский флот продолжал держаться возле устья Темзы, нервируя англичан. После неудачной атаки форта Лэндпарт возле Гарвича 10–13 июня де Рейтер разделил свой флот на 2 части. Одна эскадра под командованием лейтенант-адмирала Арта ван Неса отделилась, чтобы блокировать Темзу, а сам де Рейтер повел остальные корабли вдоль Ла-Манша, что вызвало панику у населения прибрежных городов. Именно тогда знаменитый английский мемуарист Сэмюэль Пепис подслушал, как один член Совета Адмиралтейства воскликнул: «Ей-богу, я думаю, голландцам помогает сам дьявол!»

Де Рейтер оставался в Ла-Манше до конца апреля, пока не получил известие о подписании в Бреде мирного договора. Немедленным следствием его рейда в Медуэй стало улучшение условий мира в пользу Голландии. Условия английских Навигационных актов, подрывавшие голландскую морскую торговлю, были облегчены, и каждая сторона сохранила свои колонии, которые были захвачены в ходе военных действий. Так как голландцы захватили значительные территории на западном побережье Африки и в Ост-Индии, они больше выиграли от подобного обмена, хотя потеряли свои владения в Северной Америке, включая город Нью-Амстердам, который англичане переименовали в Нью-Йорк.

Жизнь де Рейтера вдохновляла многих авторов. Он является одной из самых значительных фигур Золотого века Нидерландов, и о нем мы знаем достаточно много, хотя сведения о годах юности адмирала довольно обрывочны. Брандт, которого больше интересовал де Рейтер-адмирал, иногда рассказывает кое-что о де Рейтере-человеке, его качествах мужа и отца. Поэтому мы знаем де Рейтера несколько лучше, чем остальных персонажей его эпохи. Эта картина никогда не изменялась. В наше время стало обычным принижать память о великих исторических деятелях, доказывая, что они были всего лишь людьми. Однако, насколько известно, его никто не пытался бросить тень на репутацию де Рейтера. Да это никому и не удалось бы, найдись даже подобный безумец. Величайший моряк, когда-либо плававший под голландским флагом, был не только выдающимся адмиралом, но и прекрасным человеком. Любая попытка запятнать его репутацию вдребезги разбивается о факты. Сначала любой историк, который изучает жизнь Михаэля Адриансзона де Рейтера, проходит через период недоверия. Встающая перед ним картина близка к абсолютному совершенству. Однако факты неоспоримы, и они лишь вызывают у исследователя восхищение не только адмиралом, «Правой рукой Генеральных Штатов», но и человеком, в котором голландский народ, признавший его одним из своих величайших сыновей, видит добродетели, достойные всяческого подражания.

На одном из витражей, установленном в 1966 году в ознаменование 300-летия Четырехдневного боя в Старой Церкви во Флиссингене, где похоронен де Рейтер, можно найти девиз: «Soli Deo Gloria» — «Слава принадлежит одному богу». Никакие другие слова не могут лучше характеризовать де Рейтера. Вся его жизнь является примером глубокой веры и благочестия. Процитируем Брандта: «Среди всех прочих чудесных и достойных вещей в этой жизни является то, что он, которого столь высоко ценили все остальные, столь мало думал о себе самом. Он считал, что не достоин славы за все победы, одержанные под его флагом, и приписывал все свои деяния и успехи богу». Это было действительно так. После своей великой победы у Текселя в 1673 году де Рейтер сказал: «Что я должен говорить? Наши языки не могут изрекать похвалу, но должны вознести благодарность богу за его доброту к нам. Благость его велика. Мы можем лишь надеяться, что нам посчастливится выказать должную благодарность ему». Сегодня можно заподозрить, что подобные речи были не более чем дежурными фразами, не выражающими истинных взглядов человека. Но в течение всей своей жизни де Рейтер ни разу не сказал и не написал ничего, во что не верил бы со всей искренностью. Эта цитата типична. Мы можем привести много подобных ей, они шли из самой глубины его благочестивого сердца и отражали веру, которая ниспослана немногим, даже в более благоговейную эпоху.