К началу войны Роберт Блейк был единственным морским генералом. Вероятно, парламент предполагал, что исход войны быстро решится в одном большом сражении. Но дела пошли иначе. К осени 1652 года флот слишком увеличился, чтобы один человек мог контролировать действия всех отдельных эскадр. За 4 дня до боя у Данджнесса парламент подтвердил полномочия Блейка и назначил морскими генералами Ричарда Дина (во второй раз) и Джорджа Монка.

Данджнесс стал серьезной неудачей для англичан, но парламент не потерял веры в Блейка. Его отставка не была принята, и ему были присланы выражения полного доверия. В течение следующих нескольких недель все 3 морских генерала занимались оснащением флота. В начале февраля 1652 года парламент поблагодарил их за возвращение флоту боеспособности в столь короткое время.

В этот период Блейк показал, что его административные способности не уступают военным. Многие реформы Блейк проводил лично, и последующие успехи показали, что он шел правильным путем. Особенно Блейка беспокоило положение простых моряков. В декабре 1652 года он информировал правительство о потребностях флота и упомянул «недостатки и ошибки, особенно неудовлетворенные потребности моряков». Через неделю он написал парламенту, чтобы тот

Блейк отмечал, что голландским матросам платят больше, чем английским, которые «вынуждены стиснуть зубы и смирить гордость, которая в иных обстоятельствах могла бы принести много пользы государству».

Увеличение численности и улучшение качества британского флота сказались немедленно. К середине февраля 1653 года примерно 75 кораблей были подготовлены к выходу в море, чтобы встретить флот Тромпа, который должен был прибыть в Ла-Манш из Ла-Рошели, сопровождая большой конвой. Последовавшее сражение, известное как бой у Портленда, длилось 3 дня — с 28 февраля по 2 марта. Первый день, несмотря на отвагу, проявленную обоими противниками, закончился безрезультатно. Тромп приказал конвою следовать в Голландию, а сам с флотом прикрывал его отход. Второй день превратился в погоню в Ла-Манше. Англичане пытались прорвать строй голландского флота и добраться до торговых судов. Когда утром третьего дня Блейк снова атаковал Тромпа, у того осталось не больше 30 боеспособных кораблей из 70, имевшихся в начале боя, но даже у них не хватало боеприпасов. Поэтому, когда быстроходные английские фрегаты атаковали хвост голландского конвоя, Тромп мало что мог сделать. С наступлением темноты бой завершился, и Англия могла праздновать крупную победу.

Всего голландцы потеряли 11 кораблей, 30 торговых судов и 2000 человек. Англичане потеряли 1 корабль и 1000 человек. Пострадал и сам Блейк, раненный в бедро. Когда его доставили в Портленд, он находился в очень плохом состоянии, и командование флотом перешло к Монку. Поползли слухи, что состояние здоровья Блейка помешает ему снова выйти в море.

Когда Блейк немного оправился и смог перенести небольшое путешествие, его перевезли в Вестминстер. Он прибыл туда 20 апреля 1653 года, как раз в тот день, когда Оливер Кромвель распустил «охвостье» Долгого парламента. Приезд Блейка породил слухи, что он выступил против действий Кромвеля. Некоторые историки полагают, что так и было, но большинство современных биографов адмирала отмечают, что в действительности Блейк приветствовал установление нового режима, так как надеялся на усиление гражданской власти. Имеющиеся свидетельства, точнее их отсутствие, показывают, что, если Блейк и был недоволен разгоном «охвостья», он воздержался от выступлений по этому поводу, принял свершившееся как факт и предпочел служить новой власти. Хотя мы не имеем доказательств, что Блейк поддерживал ее, прекрасно известно, что он заявил: «Не дело моряка обсуждать государственные дела. Он должен помешать иностранцам надуть нас».

К концу весны голландцы привели в порядок свой флот и совершили короткую вылазку, чтобы провести домой несколько торговых судов и атаковать британское судоходство. Более 100 кораблей под командованием Ричарда Дина и Джорджа Монка расположились у Норт Форланда, чтобы встретить неприятеля. В течение мая Блейк, выздоровление которого затянулось, делал все возможное, что позволяло его состояние, чтобы как можно быстрее вывести в море весь британский флот, чтобы превосходство в силах принесло англичанам победу. Узнав, что голландцы вышли в море, он прибыл на борт своего нового флагмана «Эссекс», стоящего на Темзе.

Прежде чем на сцене появился Блейк со своей эскадрой из 18 кораблей, 12 июня начался бой на банке Габбард. Его прибытие во второй половине дня решило исход боя, и на следующее утро голландцы отошли к Фламандским отмелям, потеряв 20 кораблей и почти 1400 человек. Англичане потеряли 1 корабль и почти 400 человек, в том числе морского генерала Ричарда Дина.

Монк и Блейк немедленно установили блокаду голландского побережья. Вскоре стало ясно, что Блейк еще не выздоровел, и в начале июля ему снова пришлось сойти на берег. Один чиновник пишет, что нашел генерала

Снова поползли слухи, что Блейк, даже если выздоровеет, не сможет больше командовать флотом. Началось обсуждение его возможных преемников.

Блейк был слишком болен, чтобы участвовать в последнем крупном сражении этой войны — бое у Шевенингена в начале августа 1653 года. Монк одержал победу, и в этом же бою погиб старый противник Блейка — Тромп. В сентябре Блейк вернулся на флот, однако война уже закончилась. 15 апреля 1654 года был подписан мир.

Первая Англо-голландская война и роль, которую в ней сыграл Блейк, занимают особое место в британской истории. Англия захватила в 4 раза больше призов, чем потеряла, и начала свое восхождение к вершинам морского господства. Война также дала толчок развитию британского флота. Вероятно, самым значительным событием стало появление в 1653 году «Инструкций по наилучшему управлению флотом в бою». Этот документ стал первой попыткой сформулировать тактическую доктрину, рекомендовал использовать строй кильватерной колонны и атаковать с наветренной стороны.

После окончания войны у Англии остался флот из более чем 150 кораблей. Кромвель, который стал верховным правителем в качестве Лорда-Протектора, решил использовать эту силу главном образом против исконного врага Англии — католической Испании. Атаковав ее богатую вест-индскую торговлю, Кромвель надеялся перехватить поток драгоценных металлов, идущий из Нового Света, и таким образом улучшить тяжелое финансовое положение, в котором оказалась Англия. Кроме того, эти действия должны были восстановить репутацию Британии как лидера протестантского мира.

Прошло всего 2 месяца после окончания Голландской войны, и Кромвель собрал в Даунсе большой флот. Одна его часть должна была направиться в Вест-Индию, вторая — на Средиземное море. Он решил, что флотом, предназначенным для атаки Вест-Индии (так называемый «Западный проект»), должен командовать Уильям Пенн. Блейк должен был командовать флотом, отправленным на Средиземном море для восстановления там английского престижа. Испанцы, французы и берберийские корсары использовали то, что флот республики увяз в войне с голландцами, и нанесли тяжелый урон английскому судоходству. Оба флота вышли в море без формального объявления войны, так как англичане надеялись собрать богатый урожай раньше, чем противник успеет отреагировать.