Революция щедро награждала своих героев: в марте 1793 года Журдан был произведен в бригадные, а уже в июле того же года — в дивизионные генералы.

Во главе дивизии участвовал в деблокаде Дюнкирхена (Дюнкерка) и в сражении при Ондскоте (7—8 сентября 1793 года), где был ранен пулей в грудь. В конце сентября 1793 года назначен командующим Северной армией, освободил от осады крепость Мобеж, сражался при Ваттиньи, но вскоре из-за столкновения с комиссарами Конвента, которые требовали от него немедленного перехода в наступление, несмотря на плохое состояние армии, был снят со своего поста. Весной 1794 года назначен командующим Самбро-Мааской армией (90 тыс. чел.), во главе которой одержал знаменитую победу над австрийцами при Флерюсе (26 июня 1794 года) и отбросил противника за Рейн. В 1795 году после осады Журдан взял сильно укрепленную крепость Люксембург, переправился через Рейн и осадил мощную крепость Майнц. Однако эта кампания завершилась для него неудачно. К концу 1795 года армия Журдана была оттеснена противником за Рейн, понеся при этом тяжелые потери. В 1796 году Журдан снова предпринял поход в Германию. Перейдя Рейн, он вновь осадил Майнц, но затем потерпел поражения при Амберге (22 августа 1796 года) и Вюрцбурге (3 сентября 1796 года) и снова был вынужден отступить за Рейн. Две неудачные кампании подряд вызвали во Франции шквал обвинений против Журдана. Поражения, понесенные им, были тем более разительны на фоне блистательных побед, одержанных в 1796 году генералом Н. Бонапартом в Северной Италии. И это при том, что лучшие войска Французской республики находились на Рейне. Журдан был вынужден подать в отставку (29 сентября 1796 года). Один из членов Директории Ларевельер-Лепо выдает тогда генералу убийственную характеристику: «Посредственность, не способная привнести систему в свои действия. Из-за недостатка характера он не мог заставить повиноваться себе командиров дивизий. Неуверенный в себе, нерешительный и теряющий голову при первой неудаче».

Весной 1797 года Журдан был избран в Совет пятисот (нижняя палата Законодательного Собрания Французской республики), в котором попеременно занимал должности секретаря и президента, проявлял высокую политическую активность. В 1798 году по его инициативе Совет пятисот принял закон о конскрипции (воинской повинности).

Осенью 1798 года Журдан оставил политическое поприще, будучи назначен командующим Дунайской армией (ок. 40 тыс. человек).

Перейдя весной 1799 года Рейн, он вторгся в Южную Германию, но вскоре недостаток сил заставил его приостановить наступление. Это вызвало недовольство Директории, потребовавшей от Журдана более решительных действий и одновременно отказавшей ему в подкреплениях. По приказу из Парижа он возобновил наступление, но вел его очень медленно. Противник воспользовался этим, сосредоточил против Журдана вдвое превосходящие силы и в сражении пои Острахе (21 марта 1799 года) нанес ему поражение.

Через 4 дня при Штокахе (25 марта 1799 года), несмотря на большое превосходство противника в силах, Журдан сам атаковал его, но в ходе упорного сражения вновь был разбит и отступил за Рейн. Через несколько дней он был смещен с должности командующего армией. Через месяц снова избран в Совет пятисот, где выступал за продолжение войны и выделение на эти цели достаточных средств.

Во время переворота 18 брюмера 1799 года, в результате которого власть во Франции захватил Наполеон Бонапарт, Журдан занимал нейтральную позицию, но тем не менее как ярый сторонник республиканского строя, а потому считавшийся вероятным противником военного переворота, был включен в список лиц, подлежащих изгнанию из Франции. Но после прихода к власти первый консул Наполеон Бонапарт собственноручно вычеркнул Журдана из этого списка и, желая привлечь его на свою сторону, назначил генерал-губернатором Пьемонта (1800). На этом посту Журдан проявил себя как хороший администратор, полностью оправдав доверие нового властителя. Его усердие и способности не остались незамеченными. В 1802 году он был введен в состав Государственного Совета, а в начале 1804-го назначен командующим Итальянской армией. В этот период Наполеон осыпал его почестями и наградами: 1803-й — орден Почетного легиона, 1804-й — командорский крест ордена Почетного легиона, маршал Франции, 1805-й — Большой крест ордена Почетного легиона (высшая награда наполеоновской Франции).

При коронации Наполеона королем Италии Журдан командовал войсками, собранными по этому случаю в военном лагере близ Кастильона. Но с началом в 1805 году войны с Австрией Наполеон не решился доверить Журдану командование действующей Итальянской армией. Новым главнокомандующим на Итальянском ТВД был назначен маршал А. Массена. Обиженный этим Журдан обратился с жалобой к Наполеону, который успокоил его любезным письмом и вскоре назначил командующим войсками на Рейне (из них формировалась «Великая армия», возглавить которую должен был сам Наполеон). Командной должности в действующей армии в войне 1805 года Журдан так и не получил.

В 1806 году, когда королем неаполитанским стал Жозеф Бонапарт (старший брат Наполеона), он был назначен военным губернатором Неаполя. В 1808 году Жозеф Бонапарт стал королем Испании, одновременно возглавив главное командование французскими войсками в этой стране. Начальником штаба к нему был определен Журдан. В 1809 году по собственной просьбе был отозван во Францию. Причина такого решения Журдана заключалась в том, что наполеоновские маршалы, командовавшие войсками в Испании, открыто игнорировали не только начальника Главного штаба Испанской армии маршала Журдана, но и ее номинального главнокомандующего «его католическое величество» короля Жозефа.

Находясь во Франции до 1811 года, Журдан никакой должности не занимал. В предвидении войны с Россией он вернулся в Испанию на прежнюю должность (1811), но обстановка там к этому времени значительно ухудшилась. Постоянные интриги в высших военных и придворных кругах Мадрида, следовавшие одна за другой неудачи французских войск, прямые обвинения его в сдаче Мадрида (август 1812 года) и, наконец, поражение французской армии в сражении при Витории (21 июня 1813 года) заставили Журдана снова оставить свой пост и уехать во Францию, где он не получил никакого нового назначения. Лишь со вторжением противника во Францию Наполеон вспомнил о Журдане и назначил его командующим 14-м и 15-м военными округами (Руан, январь 1814 года).

После отречения Наполеона перешел на сторону Бурбонов и получил от них орден Св. Людовика.

Во время «Ста дней» примкнул к Наполеону, получил от него титул графа Империи, звание пэра Франции и назначение командующим 6-м военным округом (Безансон), но активного участия в событиях не принимал.

После второго отречения Наполеона вновь признал власть Бурбонов и перешел на службу к ним. Был назначен председателем военного суда над маршалом М. Неем, но отказался от этой сомнительной чести, за что лишился звания пэра (восстановлен в 1819 году).

В 1816—1819 годах командовал 7-м военным округом (Гренобль). В дальнейшем заседал в палате пэров. В 1825 году был награжден командорским крестом ордена Св. Духа.

В 1830 году король Луи-Филипп назначил Журдана губернатором Дома инвалидов (одна из не очень обременительных, но самых почетных должностей во Франции), обязанности которого он и исполнял до конца своих дней.