8 ноября Духонин получил директиву Совета народных комиссаров, подписанную В.И. Лениным, о немедленном вступлении в предварительные переговоры с противником о заключении перемирия. Как известно, генерал открыто отказался выполнить этот приказ, за что был 9 ноября решением Совета народных комиссаров отстранен от должности. Но ему предписывалось исполнять обязанности вплоть до прибытия нового Верховного главнокомандующего — назначенного на этот пост советским правительством прапорщика большевика Н.В. Крыленко. В тот же день Духонин направил всем главнокомандующим армиями фронтов телеграмму, в которой объяснял свой отказ выполнить указания новой власти о вступлении в переговоры с немцами и объявил решение не оставлять свое место. Главнокомандующие армиями трех из пяти фронтов (Юго-Западного — генерал-лейтенант Н.Г. Володченко, Румынского — генерал от инфантерии Д.Г. Щербачеви Кавказского — генерал от инфантерии М.А. Пржевальский) поддержали его.

10 ноября в Петрограде состоялось заседание ВЦИК советов по поводу позиции Ставки в проведении переговоров о перемирии с противником и смещения с должности Верховного главнокомандующего Духонина за отказ выполнить приказ из Петрограда. На следующий день, 11 ноября, Ленин провел совещание военных работников, на котором дал указание отъезжающим на фронт Н.В. Крыленко и А.А. Иоффе относительно ведения переговоров о перемирии с командованием противника. Кроме того, на совещании обсуждался вопрос в отношении Ставки и был намечен план ее захвата. В тот же день Крыленко с вооруженным отрядом солдат и матросов выехал из Петрограда в Двинск (где, как ранее указывалось, располагался штаб 5-й армии Северного фронта) с заданием вступить в переговоры с командованием противника.

Пока новый Верховный главнокомандующий выполнял эту миссию, о чем подробнее будет сказано далее, для защиты подступов к Могилеву в район Невель, Великие Луки, Витебск, Орша по приказу Ставки стягивались части 17-го и 22-го армейских корпусов. К этому времени в самом Могилеве были сосредоточены значительные силы: 2, 3 и 1-й Омский ударные батальоны, входившие в состав 1-го ударного полка под командованием подполковника В.К. Манакина, 1-й Сибирский казачий полк, отряд полковника Л.А. Янкевского, состоявший из ударного батальона 1-й Финляндской стрелковой дивизии, 4-го и 8-го ударных батальонов. Кроме того, на станции Жлобин стоял 2-й Оренбургский ударный батальон.

15 ноября Крыленко, выполнив задание советского правительства, вернулся из Двинска в Петроград. Вечером того же дня он выступил на объединенном заседании ВЦИК Советов, Всероссийского чрезвычайного крестьянского съезда и Петроградского Совета. В своей речи он заявил о твердом намерении взять штурмом не подчиняющуюся новой власти Ставку.

Через день, 17 ноября, Крыленко с вооруженным отрядом солдат и матросов выехал из Петрограда с целью овладения Ставкой. Предварительно в Полоцк, а затем в Минск был направлен уполномоченный нового Верховного главнокомандующего, представитель Петроградского ВРК, прапорщик большевик М.К.Тер-Арутюнянц с директивами об организации для участия в захвате Ставки вооруженных отрядов из состава войск Западного фронта. На совещании, состоявшемся 15 ноября в Полоцке в ревкоме 3-й армии, собрались М.К. Тер-Арутюнянц, председатель ВРК 3-й армии С.А. Анучин, председатель ВРК 2-й армии РИ. Берзин и члены ревкома 3-й армии А.Ф. Боярский и В.А. Фейерабенд. На совещании были выделены воинские части для наступления на Могилев и решено послать туда несколько агитаторов, которые держали бы связь с ревкомами 3-й армии и Западного фронта, а также командирами отрядов, предназначенных для овладения Ставкой.

После совещания Тер-Арутюнянц и Берзин отправились в Минск в ВРК Западного фронта, где совместно с исполнявшим обязанности главнокомандующего армиями Западного фронта В.В. Каменщиковым и председателем фронтового ревкома Н.В. Рогозинским разработали план захвата Ставки. Предполагалось осуществлять его путем наступления с двух направлений — с севера (из района Орши) и с юга (из района Жлобина). Для этого из войск, прибывших из Петрограда (балтийские матросы, солдаты лейб-гвардии Литовского полка и питерские красногвардейцы), частей 3-й армии и гарнизонов Орши и Витебска был сформирован Северный отряд. Командиром отряда был назначен председатель ВРК 2-й армии Р.И. Берзин, его помощником — председатель Оршанского ревкома И.Г. Дмитриев. Из частей 2-й армии и расположенных в ее тыловом районе гарнизонов был создан Южный отряд под командованием члена ВРК 2-й армии солдата Е.И. Лысякова. Этому отряду предстояло двигаться на Бобруйск, Жлобин в обход Могилева с юга. Таким образом, Северный отряд должен был охватить Могилев с севера и востока, а Южный — с юга, обеспечивая выполнение главной задачи, возложенной на отряд во главе с Н.В. Крыленко, прибывший тогда в Оршу.

В то время когда войска, сосредоточенные в Могилеве под командованием подполковника В.К. Манакина готовились к обороне города, в Ставке в течение 17 и 18 ноября происходили непрерывные совещания ее руководства, Общеармейского комитета при Ставке Верховного главнокомандующего, управлений штаба и представителей ударных батальонов. На этих совещаниях было выявлено четыре основные точки зрения. Так, Общеармейский комитет предложил объявить Ставку, как оперативно-технический орган, нейтральной и устранить ее от политической деятельности. Одновременно Общеармейский комитет предложил направить к Крыленко своих представителей для переговоров с целью не допустить дальнейшего движения на Могилев вооруженных отрядов.

Другой точки зрения придерживались некоторые участники совещаний. Они считали, что в целях сохранения аппарата Ставки ее следует немедленно передислоцировать в безопасное место — в Киев (Юго-Западный фронт) или в Яссы (Румынский фронт), где большевизация армии была незначительной. Третья точка зрения заключалась в том, чтобы оставить Ставку в Могилеве и защищать ее до конца. На этой точке зрения стояли военный комиссар Временного правительства при Ставке В.Б. Станкевич, бывший (до 8 ноября) генерал-квартирмейстер штаба Верховного главнокомандующего генерал-майор М.К. Дитерихс, несколько работников Ставки и особенно представители ударных батальонов.

И наконец, четвертой точки зрения придерживались некоторые генералы. Так, начальник Могилевского гарнизона генерал-майор М.Д. Бонч-Бруевич и полевой инспектор инженерной части Ставки генерал-майор К.И. Величко считали, что следует подчиниться новой власти и не препятствовать прибытию в Могилев вооруженных отрядов во главе с Крыленко. При этом они выдвигали такой довод: если Ставка подчинилась Временному правительству, которое «насильственно захватило власть у царя», то нет никаких оснований не подчиниться власти большевиков, которые тем же путем захватили власть у Временного правительства.

Не удались попытки представителей Общеармейского комитета при Ставке, направленных к Крыленко, выработать с ним компромиссное решение.

Выслушав мнение сослуживцев, Духонин в ночь с 18 на 19 ноября провел совещание, на котором было принято решение об эвакуации Ставки в Киев. Вскоре, однако, стало ясно, что это сделать не удастся. Украинская Центральная рада не дала согласия на перевод Ставки, ссылаясь на то, что Киев «мало пригоден по техническим условиям», и предложила искать место на Черниговщи-не. Несмотря на это были выделены автомобили для отправки наиболее важных документов Ставки в Киев. Однако об этом узнали большевики из Могилевского совета рабочих и солдатских депутатов и сочувствующие им солдаты батальона георгиевских кавалеров. Они задержали автомобили и заявили, что никого и ничего из Ставки не выпустят за пределы Могилева.