Вечером 18 ноября руководство Ставки было вынуждено было отказаться и от ее вооруженной защиты, так как воинские части, на которые оно рассчитывало (35-й армейский корпус, 1-я Финляндская стрелковая дивизия и другие) при первом же соприкосновении с отрядами Крыленко отказались защищать Ставку. Текинский конный полк самовольно ушел в Быхов. Начальник Могилевского гарнизона генерал-лейтенант М.Д. Бонч-Бруевич по согласованию с городским советом рабочих и солдатских депутатов отправил 4-й Сибирский казачий полк в Жлобин.

Ударные батальоны по личному распоряжению Духонина также покинули город. «Я не хочу братоубийственной войны», — говорил он в эти дни своим сослуживцам. Находившийся в Ставке командир 1-го Польского стрелкового корпуса генерал-лейтенант Довбор-Мусницкий пытался убедить Духонина ни в коем случае не сдавать Ставку, ибо его долг — бороться до конца. Духонин отвечал, что «это все теория», на практике из всего этого «выйдет ерунда». Собирался ли генерал покинуть Ставку? Если собирался, то с последним эшелоном, как капитан тонущего корабля. Духонин считал, что тайное бегство Верховного главнокомандующего, пусть и смещенного, несовместимо с воинской честью. «Я имел и имею тысячи возможностей скрыться, — признавался он тогда. — Но я этого не сделаю. Я знаю, что меня арестует Крыленко, а может быть, даже расстреляют. Но это смерть солдатская».

Утром 19 ноября Духонин отдал свое последнее распоряжение об освобождении генералов, арестованных в связи с корниловским выступлением в августе 1917 г. Для этого он командировал в Быхов, где содержались под арестом в здании бывшей женской гимназии корниловцы, состоявшего в распоряжении начальника штаба Верховного главнокомандующего полковника П.А. Кусонского. Вечером того же дня все арестованные генералы, в том числе и Л.Г. Корнилов, покинули Быхов. Есть сведения, что, дав указание об освобождении из-под ареста корниловцев, Духонин сказал: «Этим распоряжением я подписал себе смертный приговор». Позднее в своих воспоминаниях А.А. Брусилов также отметил, что этот шаг «погубил окончательно рыцарски честного Духонина».

Пока руководство Ставки пыталось найти выход из создавшегося положения, немногочисленные могилевские большевики с приближением к городу войск под командованием Крыленко, стали действовать более активно. Направленные в помощь им в Могилев представитель Северо-западного областного комитета партии большевиков подпоручик И.Н. Полукаров, представители ревкома 3-й армии солдат В.А. Фейерабенд, С.И. Зобков и председатель Оршанского ВРК И.Г. Дмитриев развернули борьбу за подчинение новой власти исполнительных комитетов — Могилевского совета рабочих и солдатских депутатов, губернского совета крестьянских депутатов, а также местного гарнизона. Благодаря этому стало возможным 18 ноября образовать в Могилеве ревком, в который вошли представители исполкома Могилевского совета, местного гарнизона и 3-й армии.

На следующий день Могилевский ВРК объявил себя высшей властью в городе и взял на себя контроль над деятельностью Ставки. Приказом Могилевского ВРК № 8, изданным 19 ноября, Духонин был объявлен подлежащим домашнему аресту. В том же приказе говорилось: «Во исполнение приказа правительства народных комиссаров Общеармейский комитет [при Ставке] объявляется распущенным и содержащимся под домашним арестом. Временно функции Общеармейского комитета берет на себя Военно-революционный комитет и для принятия дел его посылает своего комиссара. Для образования Военно-революционного общеармейского комитета Военно-революционный комитет гор. Могилева созывает к 26-му сего месяца представителей от всех дивизий, избранных на основании равного, прямого, тайного и всеобщего голосования».

Вечером 19 ноября Крыленко, находившийся со своим отрядом в Витебске, получил первые известия о событиях в Могилеве. Им было принято решение немедленно отправить эшелоны с отрядом в Могилев.

Ночью, накануне вступления в Могилев отряда Крыленко, члены ликвидированного Общеармейского комитета (за исключением большевика М.Т. Максимова), а также В.Б. Станкевич, М.К. Дитерихс и другие покинули Могилев. Утром 20 ноября в город вошли матросы и солдаты отряда во главе с Крыленко. В тот же день новый Верховный главнокомандующий сообщил в своем воззвании к армии: «Сего числа я вступил в Могилев во главе революционных войск. Окруженная со всех сторон Ставка сдалась без боя».

В тот же день, 20 ноября, вечером находившийся под домашним арестом Н.Н. Духонин был отправлен на автомобиле на вокзал в вагон Крыленко для формальной передачи дел. Но бывший Верховный главнокомандующий стал жертвой самосуда собравшихся вокруг вагона солдат и матросов. Разъяренная толпа выволокла генерала из вагона и выбросила на поднятые штыки.

По поводу этого инцидента Крыленко писал в приказе от 25 ноября: «Не могу умолчать о печальном факте самосуда над бывшим главковерхом Духониным. Народная ненависть слишком накипела. Несмотря на все попытки спасти, он был вырван из вагона на станции Могилев и убит. Бегство генерала Корнилова накануне падения Ставки было причиной эксцесса. Товарищи! Я не могу допустить пятен на знамени революции. С самым строгим осуждением отнеситесь к подобным фактам, будьте достойны завоеваний свободы, не пятнайте власть народа. Революционный народ грозен в борьбе, но должен быть мягок после победы».

Небезынтересно, что в работе «Смерть старой армии», написанной через год после этих драматических событий, Крыленко уже оправдывал самосуд над Духониным. Вот что он писал по этому поводу: «Еще через час Духонин был уже доставлен в вагон. Как молния в это время распространилась по революционным войскам весть, что генерал Корнилов бежал из Быхова, станции верстах в 40 южнее Могилева, вместе с Деникиным, Эрдели и др., что накануне бежали на лошадях Станкевич, Перекрестов и другие члены Общеармейского комитета. А под Жлобиным уже шел бой. Этим судьба Духонина была решена. Дальнейшее известно. Духонин был растерзан матросами. Объективно нельзя не сказать, что матросы были правы. Их отправляли на смерть в бой, и в тылу они оставляли живым виновника их возможной смерти, объявленного еще в Двинске врагом народа (13 ноября. — С.Б.). Было бы правильнее, пожалуй, со стороны новой власти приказать тут же расстрелять Духонина. Post factum об этом говорить, конечно, поздно».

После инцидента с Духониным Крыленко отправился в Ставку, работники которой были накануне подвергнуты домашнему аресту и содержались в местной гостинице. Вечером они были освобождены и вернулись к исполнению служебных обязанностей. Начальником штаба Верховного главнокомандующего Крыленко назначил начальника Могилевского гарнизона лояльно настроенного к большевикам генерал-майора М.Д. Бонч-Бруевича. Большевистские газеты тут же поспешили заявить, что «начальники отделов Ставки и весь ее состав был представлен новому главковерху; они единодушно обещали работать на пользу армии».

Однако факты говорили об обратном. В первой половине декабря в Ставку поступил запрос Совнаркома о том, что делается во исполнение указаний правительства о направлении войск для борьбы с вооруженными выступлениями A.M. Каледина и А.И. Дутова. Ответив по существу запроса, начальник штаба Верховного главнокомандующего Бонч-Бруевич обратился в Совнарком с просьбой о помощи: «Прошу доложить, что положение в армиях крайне серьезное. На Северном и Западном фронтах продовольственный кризис, Южный [Юго-Западный] фронт усиленно дезорганизуется генеральным секретарем [Центральной рады] по военным делам Петлюрой… Нисколько не преувеличивая, считаю положение на фронтах близким к критическому и прошу всевозможного содействия… Усердно прошу помощи». Ленту этих переговоров Бонч-Бруевич передал в управление генерала-квартирмейстера генерал-майору А.С. Гришинскому, и там на ней было наложено две резолюции: одна — «К делу», другая — «Пускай сами и расхлебывают».