В 1458 г. под давлением папы римского Каллиста III в Литве была образована отдельная епархия, независимая от московских митрополитов. Возглавил ее сторонник Исидора Григорий (Болгарин). Митрополит Иона развернул активную борьбу по непризнанию Литовской митрополии76. Был созван очередной церковный собор, на который тверской епископ Моисей не прибыл. В результате митрополит был вынужден отправить послание, где упрекал епископа за двукратный отказ приехать на приглашение Ионы и грозил наказанием, если Моисей не приедет и на третий призыв77. Как отреагировал тверской епископ, неизвестно, но спустя месяц после смерти великого князя Тверского Бориса Александровича в марте 1461 г. Моисея «свели съ владычества» и отправили в Отроч монастырь. Взамен ему был поставлен новый епископ — Геннадий Кожа, который происходил из боярского рода и был хиротонисан уже не в Твери, как бывало прежде, а в Москве. Возможно, приезд Геннадия в Москву был связан с болезнью митрополита Ионы, который спустя девять дней после назначения тверского епископа скончался. Но все же сам факт проведения церемонии рукоположения епископа Твери в Москве продемонстрировал все увеличивающуюся зависимость Тверского княжества от Московского и рост политического авторитета великих князей Московских78.

Между тем в Москве надеялись, что со временем можно будет восстановить канонические связи с Константинопольским патриархатом, но при непременном условии — отречении последнего от унии и возвращении в православие. Однако политика патриархов Константинопольских, направленная на то, чтобы постоянно вмешиваться в дела Русской церкви, а также зависимость Константинополя от мусульман-османов привели к закреплению ее автокефального статуса.

В 1449 г. на место умершего Иоанна Палеолога на престол взошел его брат Константин. Он не был таким сторонником унии, как Иоанн. В 1451 г. Константин изгоняет с поста патриарха униатски настроенного Григория Мамму. Винить русских за самовольное поставление митрополита Константинополь не стал. В 1452 г. великий князь Московский Василий Васильевич написал письмо в Константинополь с объяснением дела Исидора и Ионы. Вот что писал великий князь Василий II в послании к императору Константину XI о поставлении Ионы: «За великую нужду сие творихом, а не кичением, ни дерзостию. …Церковь наша русская святейшия митропольи Русскиа святыя Божия вселенския сборныя апостольския церкве премудрости Божия Святыя София цариградския благословения требует и ищет и во всем по древнему благочестию повинуется»79. Письмо отправлено не было, так как Константинополь 29 мая 1453 г. после почти месячной осады был взят турками. В результате Константинопольский патриархат потерял независимость, а Византийская империя окончательно пала. Вскоре после указанных событий Мехмед II в политических и конфессиональных интересах турок-осман объявил веротерпимость по отношению к христианам и не препятствовал избранию нового патриарха, которым стал Геннадий Схоларий (ок. 1440–1472). На имя патриарха султан издал особый фирман (высочайшую грамоту) и берат (указ), которые определили положение православной церкви в Османской империи. На основании этих документов патриарх, епископы и священники получили своего рода статус дипломатической неприкосновенности: христианские храмы нельзя было превращать в мечети, запрещено насильственно обращать христиан в мусульманство и др.

После этих трагических событий связи Руси, в том числе Руси Северо-Восточной, с Константинополем и Константинопольским патриархатом все же не прервались. Правда, носили они уже скорее эпизодический характер. Русь последней из славянских стран порвала свою церковную зависимость от Византии. А Константинополю со временем пришлось признать «незаконно» поставленного митрополита Иону.

Взяв на себя ответственность за бедствующую церковь, Геннадий Схоларий через послов обратился за помощью к единоверной Руси, отправив послом митрополита Игнатия. В 1454 г. Игнатий прибыл в Псков, а затем в Новгород. Он привез послание от патриарха, в котором Геннадий обращался за поддержкой к Русской церкви, прежде всего финансовой, а также просил московского князя прислать послов в Константинополь. Видя крайнюю нужду византийской церкви, великий князь Василий Васильевич и митрополит Иона отправили ответное посольство в Константинополь, а заодно рассчитывали на благосклонность патриарха Геннадия в связи с поставлением Ионы. Посольство имело успех. Константинопольский патриарх, учитывая невозможность для русских посещать Константинополь, в своей грамоте даровал Русской церкви право самой поставлять русских митрополитов, а также узаконил, чтобы русский митрополит почитался выше прочих митрополитов и занимал место после иерусалимского патриарха. В 1458 г. произошло окончательное разделение митрополии на Киевскую и Московскую: в Московском княжестве находился митрополит всея Руси Иона, а в Литве — назначенный константинопольским патриархом митрополит Киевский и всея Руси Григорий (булла папы Каллиста III).

Так Русская церковь стала самостоятельной. Подписание митрополитом Исидором унии привело Русскую церковь к независимости не только от Рима, но и от Константинопольского патриархата. С 1461 г. митрополиты, имеющие кафедру в Москве, стали титуловаться как «Московские и всея Руси»80. В преддверии своей кончины митрополит Иона обсудил кандидатуру преемника с великим князем, епископами и составил духовную грамоту — завещание81, согласно которой им стал архиепископ Ростовский и Ярославский Феодосий. Он стал первым русским митрополитом, которого московский великий князь утвердил в сане единолично, заменив в этой роли византийских императоров.

В грамоте Иона еще раз напоминал, что его поставление на митрополию состоялось «за нужу бывшаго ради церковнаго мятежа в Цариграде, в царех и в патриарынестве…». 31 марта 1461 г. Иона скончался и был погребен в Успенском соборе Московского Кремля82. Это событие почти совпало по времени и с уходом из жизни Василия II Темного 27 марта 1462 г.

Время с середины XIV до середины XV в. специалисты справедливо считают эпохой расцвета христианской православной культуры на Руси — так называемым Русским Возрождением. Русь испытала тогда благотворное влияние византийского исихазма — православного мистико-аскетического учения о пути человека к единению с Богом. В новую фазу вступили и русско-византийские церковные отношения. Русь — когда-то далекая окраина византийского мира — и Византия — ее церковно-религиозная митрополия, а также Константинопольский патриархат — выразитель основных внешнеполитических и дипломатических устремлений империи — как бы поменялись местами. Византия под ударами турок-османов ослабела, авторитет патриарха в православном мире, особенно после подписания унии с Римом, уже не всеми воспринимался так однозначно, как прежде, а Русь и Русская церковь благодаря дальновидной политике великих московских князей, направленной на собирание земель вокруг Москвы, напротив, окрепла, добилась больших успехов в своем стремлении быть независимой, а с середины XV в. стала автокефальной (до этого ее глава — митрополит назначался константинопольским патриархом), а после захвата Константинополя войсками турецкого султана Мехмеда II Завоевателя 29 мая 1453 г. Московская Русь оказалась почти единственным независимым православным государством и покровителем всех православных христиан, так как Болгария и Сербия еще раньше попали под власть турок. «Почти» — поскольку продолжали сохранять самостоятельность теснимые мусульманами Грузия и дунайские княжества Молдова и Валахия. Таким образом, Русь явилась не только преемницей Византии, но и хранительницей духовных православных ценностей. При этом региональная культура других центров Северо-Восточной Руси — Твери, Нижнего Новгорода, Ростова Великого — в своих контактах с Константинополем хотя во многом и отразила этапы политического и духовного противоборства с Москвой и великими князьями Московскими, но сохранила свою идентичность и региональное самосознание.