В 1387 году брат Антонио Секко в деле еретиков вальденских долин начал с того, что вывесил по церквам Пиньероля объявление, что всякий, кто в течение восьми дней сам донесет на себя или на других, избавится от публичного наказания за свои грехи, за исключением случаев ложной клятвы, данной перед инквизицией. Все, кто отказывался явиться, отлучались от церкви и попадали в ведение суда.

Бернар Ги утверждает, что этот порядок ведения дел был очень плодотворен не только потому, что он вызывал много обращений в католичество, но и потому, что он помогал выявлять многих еретиков: всякий кающийся был обязан указывать всех, кого он знал или подозревал. Легко представить себе, какой ужас охватывал общину, когда в ней неожиданно появлялся инквизитор и начинал собирать доносы. Никто не мог знать, какие толки ходили о нем; никто не мог знать, к чему прибегнут личная вражда и фанатизм, чтобы скомпрометировать его перед инквизитором. И католики, и еретики имели равное основание волноваться. Человек, который почувствовал склонность к ереси, не имел уже более ни минуты покоя при мысли, что слово, сказанное им мимоходом, могло быть сообщено инквизитору его родственниками и самыми дорогими друзьями; под влиянием этой мысли он уступал чувству страха и сам выдавал близких людей из боязни быть выданным самому. Родители выдавали своих детей, дети — родителей, мужья — жен, жены — мужей. Мы смело можем верить Бернару Ги, что всякое разоблачение вело за собой новые, пока в конце концов вся страна не покрывалась невидимой сетью.

В первое время местом заседания судилища был монастырь нищенствующих; к услугам инквизитора была также общественная или епископская тюрьма, где размещали арестованных им людей. Со временем были выстроены специальные здания, снабженные одиночными камерами и темницами, где несчастные всегда находились под наблюдением своих будущих судей. Здесь же обыкновенно происходило судебное разбирательство, хотя иногда оно имело место во дворце епископа, особенно если епископ действовал вместе с инквизитором.

В первое время минимальный возраст инквизитора не ограничивался, и были случаи назначения молодых неопытных людей. Климент V определил минимальный возраст инквизитора в сорок лет. Дела велись одним инквизитором, иногда двумя. Инквизитор обычно имел помощников, которые производили следствие и снимали предварительный допрос; он мог просить провинциала дать ему столько помощников, сколько находил нужным, но не имел права сам выбирать их. Иногда епископ сам становился помощником инквизитора; чаще же им был приор местного доминиканского монастыря. В 1246 году собор в Безье дал инквизитору право назначать вместо себя уполномоченного, когда нужно было произвести расследование на месте, куда он не мог отправиться сам. Иногда таким уполномоченным давались особые поручения.

Провинции инквизиторов были настолько обширны, что приходилось разделять работу, в особенности в первое время, когда еретики были многочисленны и требовалась целая армия следователей. Но право назначать полномочных комиссаров было признано за инквизитором законом только в 1262 году Урбаном IV и подтверждено Бонифацием VIII. Эти комиссары стали существенным элементом инквизиции. После реформ Климента в 1317 году они, как и их начальники, не могли быть моложе сорока лет. Комиссары были облечены полной инквизиторской властью, они могли вызывать, арестовывать и допрашивать свидетелей и подозреваемых, могли даже прибегать к пытке и приговаривать к тюрьме. Но, в отличие от инквизиторов, комиссары не имели права назначать вместо себя уполномоченных. Право приговаривать к смертной казни принадлежало только одному инквизитору, хотя на практике это ограничение соблюдалось далеко не всегда.

Позднее появился еще один член суда инквизиции — советник. Его официальное положение было неопределенно. Советник вступал в дело, если обвиненный проявлял упрямство и у суда возникала нужда в советах лица, знакомого с законами и с налагаемой ими ответственностью, чтобы избегнуть ошибок, которые могут повредить инквизиции, вызвать вмешательство папы и даже лишить места самого инквизитора или комиссара. Состав суда дополнялся нотариусом, видным и весьма уважаемым должностным лицом.

Так как глубокая таинственность была существенной чертой деятельности инквизиции, то стало общим правилом, что показания и свидетелей и обвиняемых делались обязательно в присутствии двух беспристрастных людей, не принадлежавших к инквизиции, но приносивших клятву хранить в тайне все, что услышат. Инквизитор мог для этого пригласить любое лицо по своему усмотрению. Преимущественно такими представителями общества были лица духовного звания, обычно доминиканцы, «люди скромные и религиозные», которые вместе с нотариусом подписывали протокол показаний и удостоверяли его соответствие сказанному. Частое подтверждение этого правила папами и то, что оно было внесено в канонические законы, показывают, что ему придавали большое значение как средству придать судопроизводству беспристрастный вид.

Никто из посторонних не имел права присутствовать на суде; исключение делалось в течение нескольких лет только в Авиньоне, где в середине XIII века представители городских властей временно добились для себя и нескольких сеньоров права присутствовать при судоговорении. В других же местах несчастные, защищавшие перед судьями свою жизнь, были всецело в руках инквизитора и его креатур.

Все судопроизводство инквизиции, все вопросы и ответы записывались; всякий свидетель и всякий обвиняемый были обязаны удостоверить правильность своих показаний, когда они прочитывались им в конце допроса, и приговор основывался исключительно на показаниях, добытых таким путем. Поэтому особая нагрузка ложилась на нотариуса; иногда в помощь ему приглашались писцы, но он был обязан лично удостоверять все документы. Текущие дела судилища порождали груду бумаг; их все надо было переписывать для архивов; кроме того, инквизиции в разных местах постоянно обменивались копиями своих дел — все это была гигантская работа. Инквизитор мог и здесь потребовать бесплатной помощи любого подходящего для этого лица; но было опасно доверять ведение таких бумаг людям, не получившим специальной подготовки. Поэтому старались привлекать грамотных нищенствующих монахов — в идеале раньше бывших нотариусами. В городах, где происходили постоянные заседания, у инквизиции был свой штатный нотариус, получавший жалованье как должностное лицо. Климент V предписал, чтобы этот нотариус давал присягу перед епископом и перед инквизитором.

В 1235 году признания стали тщательно записывать в особые специальные книги. Инквизиторам было приказано сохранять все судопроизводство от первого вызова в суд до приговора. Этот указ неоднократно повторялся; кроме того, было предписано, чтобы со всех документов снимались копии и одна из них помещалась в безопасном месте или передавалась епископу. Книга приговоров тулузской инквизиции за 1308–1323 годы кончается перечнем 636 осужденных, расположенных в алфавитном порядке; против каждого имени сделаны ссылка на страницу, где оно упоминается, и краткое указание на наложенное на наказание и все в нем последовавшие изменения. Таким образом, если должностному лицу нужно было собрать сведения о жителях какого-нибудь поселка, то он сразу мог узнать, кто из жителей находился под подозрением и какое решение относительно него было принято. Первый попавшийся пример из этой книги показывает, насколько точны и подробны были первоначальные списки. В 1316 году была приведена на суд одна старуха; благодаря записям определили, что в 1268 году, то есть почти за полвека до этого, она отреклась от ереси и была воссоединена с церковью. Так как это увеличивало ее вину, несчастную приговорили провести остаток дней в оковах.