Узнав о бунтовщиках, Петр спешно вернулся в Москву 25 августа 1698 года и подверг стрельцов новым пыткам и казням, после чего стрелецкие слободы в Москве были навсегда ликвидированы. Несколько стрельцов было повешено под окнами кельи царевны Софьи в Новодевичьем монастыре.

Петр заставил постричься Софью и ее сестру Марфу в монахини. Этим же моментом он воспользовался, чтобы насильственно постричь и свою жену.

После подавления заговора Цыклера 1697 года и стрелецкого восстания 1698 года боярская оппозиция притихла. Продолжал раздаваться лишь негодующий голос высшего духовенства в связи с наступлением светской власти на огромные церковные владения землей и крестьянами. Но со смертью в 1700 году патриарха Адриана первого иерарха Русской Православной Церкви больше не избирали, и постепенно управление церковными делами и имуществом стало переходить в руки государства.

Петр много времени проводил в Немецкой слободе у своего друга Франца Лефорта. Он скончался 12 марта 1699 года на сорок шестом году жизни и сохранил веселость и присутствие духа до конца жизни. Чувствуя приближение последней минуты, велел играть тихую мелодию и читать вслух оду Горация к Делию, где беспечный поэт и философ, вспоминая смерть, говорит шутя:

Торжественные похороны первого русского адмирала состоялись в Москве 21 марта. На них присутствовали в траурных одеждах царь, иностранные послы, бояре и войска. Печальная музыка во время шествия, пушечная пальба при опускании гроба в могилу изумили москвичей. Петр I рыдал неутешно. Но многие бояре не могли скрыть своей радости, видя царского любимца мертвым.

Лефорт был похоронен в Немецкой слободе, на кладбище лютеранской церкви. На его могилу по повелению Петра I положили мраморную плиту со словами: «На опасной высоте счастья стоял непоколебим, был Зопир в отечестве и Цинеас вне его, покровитель наук, Меценат ученых, друг своего Государя, любимый им, как Эфестион Александром. Все, чему он научил Россию своею жизнью, трудом и мужеством, будет незабвенно. Остерегись, прохожий, не попирай ногами сего камня: он омочен слезами Великого Монарха!»

Петр I в келье царевны Софьи

Петр I вернулся из Европы в иноземном платье и вскоре принялся вводить новшества в старозаветный быт москвичей. Лишь крестьяне и духовенство избегли этой участи. Историк первых десятилетий XIX века А. Ф. Малиновский отмечал: «Брить бороды и носить европейское платье государь Петр I повелел при наступлении XVIII века, 1700 [года] генваря 4-го. Чрез двенадцать дней появились на всех городских воротах развешенные для образца кафтаны, и жители московские, исполняя волю царскую, чрез одни сутки преобразились. Скоро дошло дело и до женских нарядов; московские щеголихи должны были расстаться со старинными русскими нарядами и носить по образцам чепцы, кунтуши, бостроги, юбки немецкого покроя и черевики. Кто не успел или не хотел сделать себе иностранного платья или выбрить бороды, тех останавливали на улицах и брали денежную пеню, с пеших по 40 копеек, а с экипажных по 2 рубля. Фельдшеры, портные и сапожники богатели, а пристрастные к старине горевали. Кому жаль было расстаться с бородою и усами своими, на таких упрямщиков наложена была ежегожная в казну подать: первостатейные купцы платили за право оставаться бородатыми сто рублей, приказные и служащие шестьдесят рублей, прочие ж все состояния по тридцати рублей. Для свободного им везде пропуска давалась медная монета величиною в грош с изображенною на одной стороне бородою и с подписью на обороте: “Деньги взяты”. При Екатерине I сей знак переменен».

В Москве появляются новые лавки для продажи иноземного платья. Была открыта также продажа еще недавно запрещенного табака.

В 1699 году был образован союз России с Польшей, Саксонией и Данией против Швеции. Константинопольский договор России с Турцией о 30-летнем перемирии от 3 июля 1700 года позволил России 19 августа того же года объявить войну Швеции. Началась Северная война. Началась она неудачно, под Нарвой 19 ноября 1700 года русские войска разбил шведский король Карл XII. Но через год удалось нанести поражение шведам близ Дерпта, а 11 октября 1702 года взять шведскую крепость Нотебург (Орешек, впоследствии Шлиссельбург).

В 1707 году появились известия, что Карл XII собирается напасть на Москву, и Петр I приказал укрепить Кремль и Китай-город земляными бастионами. Увидев начавшееся строительство оборонительных сооружений, москвичи встревожились. Петр прислал успокаивающую депешу с театра военных действий: «Известно нам здесь учинилось, что у вас на Москве немалый страх произошел, оттого что стали крепить Московские городи; и то нам зело дивно и смеху достойно, что мы час от часу от Москвы далее, а вы в страх приходите». Он посоветовал москвичам избавиться от страхов, веселиться по-прежнему и его не забывать.

Перед бастионами выкопали ров, куда пустили речку Неглинную, а перед Китайгородской стеной уничтожили все строения.

Главной победой России в Северной войне стал Полтавский бой, в котором 27 июня 1709 года шведская армия была разгромлена. Тотчас после Полтавской победы поднялся престиж России и русского царя за границей.

От гонца, посланного с поля битвы, Москва 1 июля 1709 года узнала о разгроме шведов под Полтавой. А через полгода и сам Петр I прибыл в первопрестольный град, чтобы торжественно отметить Полтавскую победу.

Северная война была закончена Ништадтским мирным договором от 30 августа 1721 года. К России были присоединены Лифляндия, Эстляндия, Ингерманландия (Ижорские земли), часть Карелии с Выборгом и часть Южной Финляндии. Через два месяца Петр I принял титул «Отца Отечества, Императора Всероссийского Петра Великого».

Другой исторической вехой деяний Петра I является основание в 1703 году Санкт-Петербурга. Царь теперь редко бывал в Москве, поглощенный войнами и строительством будущей столицы.

В 1712 году город на Неве был провозглашен столицей Российского государства, и главные правительственные учреждения стали переезжать из Москвы в Петербург. Московский Кремль, жизнь которого определялась пребыванием в нем царя, постепенно пустел.

Но правительство продолжало считаться с политическим положением Москвы. В последние годы жизни императора Петра I здесь проходили торжественные празднования Ништадтского мира (с 28 января по 4 февраля 1722 года) и коронование Екатерины (1724 год).

С перенесением главной столицы в Санкт-Петербург и учреждением в 1708 году губерний Москвой стали управлять царские наместники, которые напрямую подчинялись императору и никому более.

В 1716–1717 годах Петр I предпринял вторую поездку в Западную Европу, где пробыл более полутора лет. Больше всего времени он пробыл во Франции, где была достигнута цель его визита: шведский король лишился субсидий из Парижа и вынужден был начать переговоры о мире с Россией. Петр I возвратился в Санкт-Петербург в октябре 1717 года и, дождавшись зимнего пути, направился в Москву, где не был почти восемь лет, – решать судьбу сына Алексея…