Начало русско-японской войны Столыпин воспринял критично. Согласно воспоминаниям дочери, в кругу семьи он сказал: «Как может мужик идти радостно в бой, защищая какую-то арендованную землю в неведомых ему краях? Грустна и тяжела война, не скрашенная жертвенным порывом».

П. А. Столыпин принимает рапорт от волостного старшины в селе Пристанном Саратовской губернии (1904 год)

После поражения в войне с Японией Российскую империю захлестнули революционные события. При наведении порядка Столыпин проявлял редкое мужество и бесстрашие, что отмечают свидетели того времени. Он безоружным и без какой-либо охраны входил в центр бушевавших толп. Это так действовало на народ, что страсти сами собой утихали.

П. А. Столыпин на санитарном осмотре города Царицына во время холеры (сентябрь 1904 года)

Современник Столыпина В. Б. Лопухин так описывает один из эпизодов революционных событий того времени: «Достаточно известен эпизод, когда Столыпин в относительно скромной роли саратовского губернатора в ту пору, когда губернаторов расстреливали, как куропаток, врезывается в бунтующую толпу. На него наступает человек с явно агрессивными намерениями, с убийством во взгляде. Столыпин бросает ему на руки снятое с плеч форменное пальто с приказанием, отданным так, как умеет повелевать одно только уверенное в себе бесстрашие: «Держи». Ошеломленный презумптивный «убийца» машинально подхватывает губернаторское пальто. Его руки заняты. Он парализован. И уже мыслью далек от кровавой расправы. Столыпин спокойно держит речь загипнотизированной его мужеством толпе. И он, и она мирно расходятся».

П. А. Столыпин в селе Булгаковка Вольского уезда (июль 1904 года)

Благодаря энергичным действиям Столыпина жизнь в Саратовской губернии постепенно успокаивалась. Действия молодого губернатора были замечены Николаем II, который дважды выразил ему личную благодарность за проявленное усердие.

Во второй половине апреля 1906 г. Столыпина вызвали в Царское Село телеграммой за подписью императора. Встретив его, Николай II сказал, что пристально следил за действиями в Саратове и, считая их исключительно выдающимися, назначает его министром внутренних дел.

Дети Столыпиных в Саратове, 1905 г. Слева направо: Наташа, Елена, Александра, Мария, Ольга. На полу сидит Аркадий

Переживший революцию и четыре покушения Столыпин пытался отказаться от должности. Примечательно, что двое из его предшественников на этом посту — Сипягин и Плеве — были убиты революционерами. О страхе и нежелании многих чиновников занимать ответственные посты, боясь покушений, неоднократно в своих мемуарах указывал первый премьер-министр Российской империи Витте.

На это государь ответил:

— Петр Аркадьевич, я вас очень прошу принять этот пост.

— Ваше величество, не могу, это было бы против моей совести.

— Тогда я вам это приказываю.

Столыпину ничего не оставалось делать, как только принять назначение.

П. А. Столыпин — министр внутренних дел, с супругой. (1906 г.)

Ко времени его вступления в должность министра внутренних дел 26 апреля 1906 года, то есть ко времени начала его широкой политической деятельности, ему было 44 года. Это был мужественный, почти богатырского сложения человек, с привлекательным, величаво-спокойным, внушавшим невольное доверие и уважение лицом.

Начало его работы на новом посту совпало с началом работы I Государственной думы, которая была в основном представлена левыми, с самого начала своей работы взявшими курс на конфронтацию с властью. Столыпин оказался хорошим оратором, а некоторые его фразы становились крылатыми. Всего на посту министра внутренних дел Столыпин выступал перед депутатами I Государственной думы трижды. При этом все три раза его речи сопровождались шумом, криками и выкриками с мест «Довольно», «Долой», «Отставка».

Столыпин изначально дал понять, что «надлежит справедливо и твердо охранять порядок в России». Отвечая на упреки о несовершенстве законов и, соответственно, невозможности их правильного применения, он произнес фразу, которая получила широкую известность: «Нельзя сказать часовому: у тебя старое кремневое ружье; употребляя его, ты можешь ранить себя и посторонних; брось ружье. На это честный часовой ответит: покуда я на посту, покуда мне не дали нового ружья, я буду стараться умело действовать старым».

О революционности Думы говорит ее отказ принять к требованию общей политической амнистии поправку депутата М. А. Стаховича, осуждавшую террор против власти. На его доводы о том, что на 90 казненных за последние месяцы приходится 288 убитых и 388 раненых представителей власти, большей частью простых городовых со скамей левых кричали: «Мало!»

Председатель Совета Министров, Статс-Секретарь П. А. Столыпин (1907 г.)

Такое противостояние между исполнительной и законодательной властью создавало трудности для выхода из послевоенного кризиса и революции. Последним решением Думы, которое окончательно склонило царя к ее роспуску, стало обращение к населению с разъяснениями по аграрному вопросу и заявлением, что она «от принудительного отчуждения частновладельческих земель не отступит». 8/21 июля 1906 года I Государственная дума была распущена императором. Столыпин заменил И. Л. Горемыкина на посту председателя Совета министров с сохранением должности министра внутренних дел.

На посту премьер-министра Столыпин действовал весьма энергично. Его запомнили как блестящего оратора, многие фразы из речей которого стали крылатыми, человека, справившегося с революцией, реформатора, бесстрашного человека, на которого было совершено несколько покушений.

Отношения Столыпина со II Государственной думой были весьма напряженными. В законодательный орган власти входило более сотни представителей партий, которые напрямую выступали за свержение существовавшего строя, — РСДРП и эсеры, чьи представители неоднократно устраивали покушения и убийства высших должностных лиц Российской империи. Польские депутаты выступали за выделение Польши из Российской империи в отдельное государство. Две самые многочисленные фракции Думы, кадетов и трудовиков, ратовали за принудительное отчуждение земель у помещиков с последующей передачей крестьянам.